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  • ATAC-seq(5) - deeptools可视化及peaks注释

  • 1. deeptools可视化将bdg文件转为bw文件ls *treat_pileup.bdg | while read id;dosample=${id%%_*}bedGraphToBigWig ${sample}_treat_pileup.bdg ~/my_data/ref_data/mouse

  • ATAC-seq(4) - 使用macs3找peaks

  • 使用macs3找peaksls *.bam | while read id;
    do
    sample=${id%.*}
    macs3 callpeak -f BAMPE -t ${sample}.bam -g mm --shift -50 --extsize 100 -n ${sample} -B -q 0.0

  • ATAC-seq(3) - 比对

  • bowtie2 比对其中bowtie2比对加入了-X 2000 参数，是最大插入片段，宽泛的插入片段范围(10-1000bp)cat >bowtie2.sh
    index=~/my_data/ref_data/mouse/bowtie2_index/mm10
    ls *.f

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