7月28日，《自然微生物学》（Nature　Microbiology，《自然》子刊）发表一篇探讨新冠病毒起源的论文，提出新冠病毒可能在约40－70年前就从与之关系最紧密的蝙蝠病毒中分化出来了。这一发现意味着：产生新冠病毒（SARS－CoV－2）的病毒谱系可能已经在蝙蝠中传播了数十年。

该研究由来自美国宾夕法尼亚州立大学、比利时KU鲁汶雷加研究所、英国爱丁堡大学、英国格拉斯哥大学病毒研究中心等多家研究机构的科研团队完成。

最早分化时间可能是1948年

追溯新冠病毒SARS－CoV－2的演化历史一直是件困难的事，因为病毒会重组，即不同病毒之间交换遗传物质，而冠状病毒具有高度的重组能力。对于冠状病毒来说，重组意味着病毒的小的基因组亚区可能具有不同的祖先起源。

此前，有中国科学家的研究指出，新冠病毒和一种从蝙蝠中采集到的RaTG13冠状病毒关系很近，序列相似性达到96％，提示新冠病毒病COVID－19的暴发可能源于蝙蝠。也有科学家在穿山甲体内发现了相似的冠状病毒（Pangolin－2019），因此认为穿山甲可能是新冠病毒的中间宿主。

新冠病毒是一种新的Sarbecovirus　亚属的β冠状病毒。研究团队使用有关sarbecovirus（新冠病毒所在亚属）的基因组数据，分析了新冠病毒的演化历史。他们采用了三种生物信息学方法来鉴定未经历重组的、以及可用于重构病毒演化历史的SARS－CoV－2病毒区域。

所有方法均表明，RaTG13和SARS－CoV－2拥有共同的单一祖先谱系。三种不同方法估算的新冠病毒SARS－CoV－2从相关的蝙蝠病毒中分化出来的时间，分别是1948年、1969年和1982年。

穿山甲不太可能是中间宿主

研究人员还检查了SARS－CoV－2刺突蛋白的受体结合域（RBD），它使病毒能够利用人ACE2受体进入细胞。虽然已经表明SARS－CoV－2的刺突蛋白在遗传上更接近穿山甲病毒而非RaTG13，但是作者没有在刺突蛋白上发现证据，可表明在产生SARS－CoV－2的病毒和其他已知的sarbecovirus病毒之间发生了重组。

根据这一发现，他们提出刺突蛋白及其RBD是产生SARS－CoV－2的病毒、RaTG13和Pangolin－2019的先祖特征，并得出结论：虽然SARS－CoV－2和穿山甲病毒拥有一个共同祖先，而且穿山甲可能在SARS－CoV－2传人的过程中发挥了一定的作用，但是它们不太可能是SARS－CoV－2的中间宿主。

作者认为，SARS－CoV－2分化时间长，表明可能存在未取样、具有潜在传染力的蝙蝠病毒谱系，这种传染力来源于承自祖先的SARS－CoV－2　RBD上人适应接触残基的遗传位点。不过还需要更好地进行采样来评估这一点。

研究者在论文中总结表示，蝙蝠病毒谱系中病毒重组的现有多样性和动态过程，证明了要事先鉴定出有可能引发重大人类疫情暴发的病毒有多么困难！这突出表明，我们需要建立一个人类疾病的全球实时监测系统，具备快速鉴定病原体的能力。