在吴军硅谷之谜一书中，完整的分析了硅谷的奥秘，为什么他是世界独一无二的，别的国家地区想模仿也模仿不了。过去媒体上常见的解释总结成5点。

1.气候说，即硅谷拥有良好的气候条件。

2.斯坦福之说，即硅谷是靠斯坦福大学不断孵化新的公司而维持繁荣的。

3.风险投资说，即硅谷的成功是靠风险投资促成的。

4.政府扶持说，即硅谷的成功靠的是政府的支持。

5.知识产权保护说，即对专利的保护是硅谷能够不断创新的原因。

这些原因都是我们耳熟能详，经常见诸于报刊电视的，也是大众普遍接受了的。但是，吴军却并不认为上述特点就是硅谷所独有的成功的秘诀，换句话说，即使具备了上述条件，也不可能再造一个硅谷。在《硅谷之谜》中，吴军一一剖析了这五种说法，并且列举对比了世界上其他一些具有这几个特点而且各方面条件良好的地区，比如美国东部的波士顿地区，但那些地区却没有在IT领域获得类似硅谷的成功。吴军以波士顿地区作为反例，说明即使有了好大学，有了高科技，甚至有了足够多的人才，依然不足以形成高科技产业。波士顿地区拥有包括哈佛大学和麻省理工学院等世界名校在内的50多所大专院校，在技术储备和人才储备上，并不比硅谷地区差，甚至当地的128号路沿线地区在20世纪80年代之前也曾经是比肩硅谷的高科技产业中心。但是进入了80年代之后，整个波士顿地区都没有诞生一家能够进入美国财富500强的企业，而同期硅谷地区却诞生了思科、雅虎、eBay、谷歌、特斯拉和Facebook等伟大的公司。为什么两个曾经同步发展、条件相似的地区会有如此大的差异呢？吴军认为，硅谷地区具有波士顿地区所没有的特质，而这些特质则是硅谷成功的真正奥秘所在。

创新工场创始人李开复就重点总结了吴军其中的最重要的是三点。

第一是叛逆精神和对叛逆的宽容与支持。举例被称为全世界半导体字母的仙童半导体公司，这家公司的8个创始人都是从先前的雇主肖克利半导体公司叛逃出来的，而仙童公司的创始人和员工后来继续着这种叛逆行为，并且由此派生出了近百家公司，包括著名的英特尔公司。正是靠着这种叛逆行为，才形成整个硅谷地区的半导体产业，硅谷也在因此而得名。

同时还举了个有意思的例子，硅谷的长期繁荣和不断发展很大，程度上靠的是全社会对叛逆的宽容和许可。2011年加州政府起诉苹果、谷歌、英特尔和Adobe 四家公司，原因居然是它们之间相互不挖角。2014年法院判定这四家著名的高科技公司败诉，一共赔偿3.24亿美元，这四家公司不服判决上诉，上诉法庭的判决却是把罚金增加到4.15亿美元。为什么加州的公权力要支持公司之间的相互挖角呢？因为只有这样才能促进公司之间的人才流动，加强公司的竞争力，并且从长期来看促进技术进步。

第二是多元文化。硅谷是个以移民为主的地区，它的发展得益于多元文化，这不仅使得它的产品都是针对全球市场的，而且使得当地即使是小公司，也都是跨国公司。相比之下，中国高科技企业基本上是单一文化，产品也只是针对中国国内市场的。即使它们有幸成长为成功的大型企业，依然会遇到国际化的瓶颈。吴军也曾经向中国的一些领导人建议，中国如果想要打造一个真正的硅谷，甚至是比硅谷更卓越的开发区，最好的办法就是给100万印度人，100万犹太人发绿卡。

第三，拒绝平庸，追求卓越，宽容失败。虽然所有的投资人和创业者都希望自己能够成功，不希望看到失败，但是对于创新来讲，失败是常态，成功是特例，如果没有对失败的宽容，就难以有持续不断的创新，就没有伟大的发明创造。相比世界上绝大部分地区，硅谷是对失败最为宽容的地方，这一点不仅体现在风险投资对创业失败的宽容，还体现在对公司内部失败项目的宽容。我们总是会看到谷歌、苹果和Facebook等公司能不断推出在全世界受到追捧的产品和服务，但是它们内部开展的项目比外界能够看到的多得多，而很多项目都失败了，因此大家看不到相应的产品。但是这些耗资几亿甚至几十亿的失败项目，并没有妨碍这些公司继续在新技术和新产品上大力投入。正是靠着对失败的宽容，硅谷的公司才敢于尝试前人没有做过的事情，从而引领了全球科技产业的发展。