康奈尔大学Weill Cornell医学院Christopher Mason等研究人员耗时3年在全球各地60个主要城市的公共交通系统（因为人流复杂，样本有代表性）采集了4,728个环境样本并分析了其菌群构成(1)。

研究人员鉴定了4,246种已知菌株，并新发现了10,928种未知病毒1,302种未知细菌以及838,532种未知CRISPR簇状序列元件。

研究人员进一步分析了城市间绝大部分样本共同存在“核心”菌株以及受气候、地理环境等影响的特征性菌株，乃至城市菌群的“指纹图谱”以及抗性序列。

研究人员认为将来需要进一步扩大样品序列分析“深度”（比如覆盖RNA病毒等）并绘制动态城市菌群图谱，从而帮助公卫人员监测有威胁的菌群的动向以及帮助法医做相关鉴定(1, 2)。

该项工作2021年5月26日发表在Cell(1)。

Comments:

非常庞大复杂的数据，值得进一步分析，也许还蕴含着抗性细菌的“解药”。

https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(21)00585-7

通讯作者简介：

https://physiology.med.cornell.edu/people/christopher-mason-ph-d/

参考文献：

1. D. Danko et al., A global metagenomic map of urban microbiomes and antimicrobial resistance. Cell. 184, 3376-3393.e17 (2021).

2. Scientists Create First Global Atlas of Urban Microorganisms | ArchDaily, (available at https://www.archdaily.com/963313/scientists-create-first-global-atlas-of-urban-microorganisms?utm_source=feedburner&utm_medium=feed&utm_campaign=Feed%3A+ArchDaily+%28ArchDaily%29).

原文链接：

https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(21)00585-7

注：原载于2021年8月30日公号“CNS导读”