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宏基因组与代谢组/脂质组学R软件数据可视化研讨会【3月25-26日】

日期: 来源:生物医学科研之家收集编辑:医药加


 

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宏基因组与代谢组/脂质组学R软件数据可视化研讨会

2023年3月25-26日 腾讯会议网络会议室


【背景介绍】

微生物是自然界中分布最广、种类最多、数量最大的生物类群。以肠道微生物为例,人体内微生物的总数量约是人体细胞总数的10倍 —— 越来越多的研究发现,肠道微生物与人体健康有着密切的关系,而微生物产生的代谢物是调控过程中最主要的中间递质之一。

宏基因组研究包括16s测序和宏基因组测序,可以获得微生物群落丰度以及组成。通过分析可以获得关键菌群以及功能,为疾病治疗提供研究基础。

代谢组学和脂质组学是基于LC-MS液质联用技术对生物样本中的小分子代谢物/脂质分子进行定性和相对定量分析。严格来讲,脂质组也是代谢组的一种。

宏基因组-代谢组/脂质组的联合分析能够从多个维度阐释一个科学问题,可以用来解释差异菌群与差异代谢物的关联性,从而帮助建立微生物-代谢物-表型之间的逻辑关系。

基于以上原因,医药加推出宏基因组+代谢组/脂质组联合分析R软件实操课程,带您充分挖掘数据,掌握生信高级分析能力。

【主要内容】详细内容见下文日程表
1.宏基因组生信文章解读与报告解读;
2.R和Rstudio软件安装,宏基因组与代谢组/脂质组学联合分析实操;
3.生信SCI文章实用数据处理与图片导出。
【会议预期】

本课程通过两天的时间学习,让我们对宏基因组肠道菌群分析,代谢组脂质组小分子分析,以及组学整合数据处理分析,有一个全面的了解。并使用R语言进行分析及可视化作图,得到SCI水平的图片。

【讲师简介】
宋伟博士
成果:参与完成了近百篇软件著作权和发明专利的撰写和申请;肺癌、胰腺癌、骨肉瘤、胃癌等数据库的分析和构建;完成个体基因检测流程和无创唐筛流程的开发。
研究方向:有近十年的生信分析经验,擅长方向有转录组测序分析、芯片数据分析、疾病机理研究分析、疾病预后与基因关联分析、项目分析思路设计以及个性化分析等,精通perl、R等编程语言。
培训经历:在上海、北京、广州、沈阳、南京等城市举办过几十场现场培训班。
主办方:上海循掘生物科技中心
会议时间2023年3月25-26日
会议地点:线上:腾讯会议网络会议室

收费标准:会务费:线上:2800元/人;
优惠政策:
1.提前确认报名及转账的,可以提前拿到学习材料
2.三人组团报名,每人优惠100元
3.四人组团报名,每人优惠200元,
4.六人组团报名缴费,可免1人会务费! 
可以开正规会务发票,纸质邀请函(盖红章)。
注意事项:必须携带win10以上系统的电脑,现场不得录音录像。上课软件为R和Rstudio。会后主办方会统一提供录屏作为复习资料。

交费方式:
A:银行转账
账户名称:上海遐锦生物科技有限公司   
账户号:21050179400000001610
开 户 行:中国建设银行上海马陆支行
B:支付宝转账
收款人:yonghong1028@126.com户  名:金永红
C:公务卡支付

报名方式:

【会议日程】

宏基因组与代谢组学R语言分析及可视化会议日程

时间安排

课程表

介绍

第一天

上午

9:00- 10:15

生信分析思路

  1.     生信简介;

  2.      宏基因组,代谢组,脂质组简介;

  3.    宏基因组生信文献解读;

  4.      宏基因组与其他组学整合文献解读;

  5.     国自然宏基因组代谢组撰写思路;

10:30-12:00

R语言基础

  1.         R软件与Rstudio软件安装;

  2.     R基础——类与对象(元素、向量、矩阵);

  3.        R基础——函数;

  4.        R基础——路径修改、

  5.     R基础——文件导入;文件保存(图表等);

  6.        R基础——R包及安装(后续实操)

第一天

下午

13:30- 15:15

标准报告解读

  1.  16s测序分析报告解读;

  2.  宏基因组测序分析报告解读;

  3.   代谢组分析报告解读;

  4.   脂质组分析及报告解读

15:30-17:30

宏基因组生信分析R实操(一)

  1.       α多样性分析;

  2.        β多样性分析;

  3.         物种组成柱状图;

  4.        物种热图分析(纲目科属)

  5.     LeFse分析树形图分析。


第二天

上午

9:00-10:15

宏基因组生信分析R实操(二)

  1.        菌群无监督PCA分析;

  2.        菌群有监督OPLS/DA分析

  3.         差异菌群分析(logFC ,  Pvalue);

  4.      差异菌火山图与差异菌基因热图;

10:30-12:00

代谢组脂质组生信分析R实操

  1.      液相色谱LCMS的阳离子(POS)阴离子(NEG)模式分析;

  2.       代谢物的有监督和无监督聚类;

  3.       差异代谢物分析(logFC  , Pvalue, VIP)

  4.      差异代谢物火山图与差异菌基因热图;

第二天

下午

13:30-15:15

宏基因组与代谢组数据多组学整合生信分析(R实操)

  1.        功能通路富集分析气泡图

  2.       16s与代谢组整合共表达分析。

  3.       桑基图分析;

15:30-17:00

宏基因组与代谢组数据多组学整合生信分析(在线工具实操)

  1.        metaboAnalyst数据库通路富集;

  2.        Venn图在线工具;

  3.        Pathway map图制作

  4.        疾病与菌属关联Disbiome  database

  5.       gutMDisorder | 疾病和干预中肠道微生物群失调的综合数据库

  6.        GMrepo数据库

17:15-17:30

答疑


示例图展示

示例图箱线图


示例图PCoA图

示例图物种组成柱状图

示例图热图

示例图 venn图

示例图PCA分析

示例图 差异结果

示例图 代谢物的pathway map图

示例图 Lefse树状图

示例图桑基图



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