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计算机辅助药物设计分子对接的特点和优点

日期: 来源:生物医学科研之家收集编辑:医药加

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计算机辅助药物设计分子对接的特点和优点


计算机辅助药物设计(分子对接)是一种利用计算机模拟技术对药物分子与靶标分子之间的相互作用进行研究的方法。其主要特点和优点如下:


特点:

1. 高效性:计算机辅助药物设计可以快速筛选出大量的分子,并对其进行分析和优化,大大提高了药物研发的效率。

2. 精准性:计算机模拟技术可以对药物分子与靶标分子之间的相互作用进行精确的计算和预测,为药物研发提供了更加准确的指导。

3. 经济性:相较于传统的药物研发方法,计算机辅助药物设计的成本更低,可以节省大量的时间和资源。


优点:

1. 可以预测药物的活性和选择性:通过计算机模拟技术,可以预测药物分子与靶标分子之间的相互作用,从而预测药物的活性和选择性。

2. 可以优化药物分子结构:通过计算机模拟技术,可以对药物分子的结构进行优化,从而提高药物的活性和选择性。

3. 可以加速药物研发进程:通过计算机辅助药物设计,可以快速筛选出具有潜在活性的分子,从而加速药物研发进程。


计算机辅助药物设计是一种高效、精准、经济的药物研发方法,具有预测药物活性和选择性、优化药物分子结构、加速药物研发进程等优点。


计算机辅助药物设计(分子对接)网络学习班

医药加科研培训中心,2023年4月15日-16日  腾讯会议

近年来,随着计算机科学及相关基础学科的发展与进步,基于计算机图形学、数据库技术、人工智能等新技术的药物分子设计手段正日臻成熟,不断取得突破性进展,有力推动药物设计领域日趋完善。这不仅为新药创制事业提供了新利器,更有效加速了新药成功开发的概率、缩短新药上市周期,更好地满足临床需求。

计算机辅助药物设计(computer-aided drug design,CADD)通过计算机模拟等计算方法,预测药物与受体生物大分子之间的关系,设计和优化先导化合物。这种方法大大加快了新药设计的速度,节省了药物发现的人力和物力,使药物学家能够以理论为指导,有目的地开发新药。同时,在药物机制的研究中,在用实验方法验证药物与受体的相互作用之前,通常会用分子对接的方法预测药物与靶标的结合,以节省实验花费。计算机辅助药物设计已经成为新药开发、药物机制研究中重要的研究手段之一。

一、时间地点:3月11日-12日腾讯会议

二、学习目标:

本课程系统讲解计算机辅助药物设计的关键技术,配合案例解析边讲边练,使学员能运用模拟软件针对每个技术点进行上机操作。学习班全部采用免费数据库、免费软件、和在线分析工具,学员不需要编写程序。适合零基础学员,做到课程学完,就能独立进行蛋白质结构同源建模、分子对接、虚拟筛选等计算分析。

三、授课方式:

本学习班全程在线电脑实战教学,90%以上为上机指导操作,无繁琐的理论授课。建立专属班级交流平台,学员学完后可以继续在班级群与老师同学交流问题,巩固学习内容。

四、参会对象:

各级医院临床医生、药师、科研单位研究人员、高校老师、硕/博士研究生、对计算机辅助药物设计感兴趣的广大师生(尤其适合初学者和无基础的学员,无需任何基础,也无需学习任何编程语言)。

五、主讲专家:

本次主讲老师是生物信息学博士,大学教授, 从事计算生物学、生物信息学方向研究十余年,主持参与了多项国家自然基金项目,发表数十篇SCI论文,含多篇5分以上的文章。讲课效果好,深得学员好评。

六、课程安排:


时间

授课内容

第1天

9:00-12:00

1. 分子对接基础知识

2. 分子结构文件的获取和处理

  •   化合物结构的获取

  •   化合物ADMET性质预测

  •   多肽结构的获取

  •   蛋白结构的获取

  •   蛋白结构的同源建模

  •   不同格式结构文件的转换

  • 软件介绍

  •   蛋白对象的操作、展现、隐藏、标记、测量

  •   分子对接结果的美化展示

13:30-17:00

1. 配体-受体结合位点可视化分析工具介绍

2. 用AutoDock及autoDock vina进行小分子与蛋白对接

  •   准备工作

  •   准备受体文件

  •   准备配体文件

  •   确定对接盒子

  •   蛋白受体格点计算

  •   设置对接参数

  •   用AutoDock作分子对接

  •   结果查看与分析

  •   用AutoDock vina 作对接

  •   确定对接盒子的其他方法

第2天

9:00-12:00

    1.  用AutoDock Vina 作虚拟筛选

    1. l  蛋白活性口袋的预测

    2. l  化合物的下载与处理

    3. l  AutoDock vina 进行一对多或多对多的对接

    4. l  计算redocking多个pose的RMSD

    2.  金属酶蛋白与小分子对接

    1. l  用AutoDock4Zn作对接的方法

    用AotoDock vina作对接的方法

13:30-17:00

  1. 1.  蛋白-多肽对接

  2. l  用免费在线平台作对接

  3. l  用ADCP作对接—结合位点已知的情况

  4. l  用ADCP作对接—结合位点未知的情况

  5. l  用autoDock vina 作对接

  6. 2.  蛋白-蛋白对接

用免费在线平台作对接

备注:自带笔记本电脑,安装WINDOWS 64位操作系统。


学习费用

学费 3000元/每位(两天集中网络授课,互动性好,可开发票,可回放)


优惠政策

1. 疫情过后,可补差价参加医药加线下同名班

2. 参加过医药加同名线下班的学员,只要300元复听费用(推荐新学员的,免收复听费用)

3. 办理了SCI或者国自然VIP年卡的学员是免费参加。

4. 新学员分享朋友圈,支付一人,可以来两人参加或者赠送一个复听名额。


付款方式:

A:银行转账

账户名称:上海遐锦生物科技有限公司 

账户号:31050179400000001610

开 户 行:中国建设银行上海马陆支行

B:支付宝转账

收款人:yonghong1028@126.com

户  名:金永红

C:公务卡微信支付



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2023-03-01





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