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大白菜NHX基因家族的鉴定与表达分析

日期: 来源:生物工程学报收集编辑:王雪花等


■ 导读


王雪花等通过比对拟南芥同源序列,在大白菜(Brassica rapa ssp. Pekinensis)中共鉴定了9个NHX (Na+/H+ antiporter)逆向转运蛋白家族成员,并对这些成员进行了基因结构分析、亚细胞定位预测和逆境响应表达检测等。这些工作异曲同工,都为较大基因组作物的基因功能研究提供了范例。



论文概览


标题



大白菜NHX基因家族的鉴定与表达分析


作者



王雪花,韩佳,马济中,杨曦婷,满华丽,乔亚丽,高雪琴,胡琳莉


引用



王雪花, 韩佳, 马济中, 杨曦婷, 满华丽, 乔亚丽, 高雪琴, 胡琳莉. 大白菜NHX基因家族的鉴定与表达分析[J]. 生物工程学报, 2023, 39(2): 552-565.



要:Na+/H+逆向转运蛋白(Na+/H+antiporter,NHX)基因家族在植物响应盐胁迫中发挥重要作用。本研究鉴定了大白菜NHX基因家族成员,并分析了大白菜NHX基因(Brassica rapa ssp. Pekinensis NHXBrNHXs)响应高温、低温、干旱和盐胁迫等非生物逆境的表达模式。结果表明,在大白菜中共鉴定到9个NHX基因家族成员,分布在大白菜的6条染色体上,其氨基酸数目在513–1154 aa之间,相对分子量集中在56804.22–127856.66 kDa,等电点位于5.35–7.68之间。该基因家族成员主要存在于液泡中,基因结构完整,外显子的数目介于11–22之间。大白菜NHX基因家族编码的蛋白质二级结构都具有α-螺旋、b-转角和不规则卷曲结构,其中α-螺旋发生频率较高。实时荧光定量PCR (quantitative real-time PCR, qRT-PCR)分析显示,该基因家族成员在高温、低温、干旱和盐胁迫下均有不同程度地响应,且在不同时间表达差异显著。以BrNHX02BrNHX09对这4种胁迫的响应最为显著,表达量在处理72 h时均显著上调,可作为候选基因进一步验证其功能。




图片摘要



1 大白菜NHX基因家族染色体定位图


2 大白菜NHX基因家族基因结构分析


3 大白菜NHX基因家族启动子元件分析


4 大白菜NHX基因家族氨基酸保守结构域分析


5 大白菜(●)与拟南芥(○)NHX基因的系统进化树


6 大白菜NHX基因成员在不同胁迫下的时间表达模式


更多内容,详见最下方【阅读原文】




关于本刊

《生物工程学报》(1985年创刊,月刊)是由中国科学院微生物研究所和中国微生物学会共同主办,国内外公开发行的学术期刊。本刊重点报道生物工程领域的最新研究成果与进展,主要栏目有:综述、工业生物技术、合成生物技术、环境生物技术、农业生物技术、食品生物技术、医药生物技术等。《生物工程学报》是北大中文核心期刊、中信所中国科技核心期刊、中国科学引文数据库CSCD核心期刊、中国科技期刊卓越行动计划入选期刊。本刊已被美国医学索引MEDLINE/PubMed、荷兰Scopus、美国化学文摘CA、美国生物学文摘BA、俄罗斯文摘AJ、日本科学技术社数据库JST、英国国际农业与生物科学研究文摘CABI、美国剑桥科学文摘(自然科学卷)CSA(NS)、波兰哥白尼索引IC、荷兰医学文摘EMBASE、中国科学引文数据库(CSCD)、中国知网(CNKI)、万方数据库等国内外多个检索数据库收录。《生物工程学报》曾获得百种中国杰出学术期刊(2012年)、中国精品科技期刊(2014−2017年)、中国科学院科学出版基金科技期刊排行榜三等奖(2015−2018年)等荣誉,并获得中国科协精品科技期刊学术质量提升项目(2015−2017年)、中国科协中文科技期刊精品建设计划“学术创新引领项目”(2018年)、中国科技期刊卓越行动计划项目(2019−2023年)资助。


设计制作:黄弋戈

——期刊新媒体部出品

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