宏基因组技术提供了调查各种生态系统微生物组成的工具。然而，想要探索各种微生物在栖息地中的功能作用以及其他种间动态，需要分离和培养微生物。依靠“蛮力”随机分菌的传统培养方法工作量是巨大的。挑菌克隆分离细菌菌株是分离微生物的经典方法，平板上的菌落生长取决于许多因素，包括培养基的组成、大气条件（如氧气水平）、抑制分子的存在（如抗生素）、pH、湿度和附近菌落的扩散代谢物。由于菌株间存在生理差异，可以观察到不同的菌落形态，尽管这些菌落性状很容易量化，但在菌落分离期间很少记录它们。现有的微生物分离方法具有各自的缺陷，通过系统性培养获得全面的菌株仍然是一个重要的挑战。为了克服这些缺点，研究者设计了“自动微生物组成像和分离”（CAMII，Culturomics by Automated Microbiome Imaging and Isolation）的培养组学平台，来使用形态学和基因型数据将培养组学系统化，以进行菌落分离和功能分析。