《菌物学报》英文刊名Mycosystema，月刊，1982年创刊，曾用名《真菌学报》（Acta Mycologica Sinica）和《菌物系统》，由中国科学院微生物研究所和中国菌物学会联合主办，主要刊登我国菌物学（包括真菌、黏菌、卵菌）研究领域在理论上和实践上的最新研究成果。报道内容包括菌物多样性、系统分类学、起源与进化、 菌物区系地理学、生态学、遗传学、生理学、生物化学、濒危菌物物种保护生物学以及食药用真菌、 有毒真菌、真菌毒素、人类病原真菌、植物病原真菌、兽医真菌、互惠共生菌物等方面的研究论文、简报和综述。

《菌物学报》是中国自然科学核心期刊，第四届中国精品科技期刊，入选中国精品科技期刊顶尖学术论文F5000项目；五次被评为“中国具国际影响力优秀学术期刊”；2020年科普专栏入选中共中央宣传部学习强国平台（大自然-自然科普和每日物种故事）；2021年入选中国科学技术协会第六届中国科协优秀科技论文遴选计划；在CNKI《中国学术期刊影响因子年报（2022）》中最新影响因子2.406；在《科技期刊世界影响力指数（WJCI）报告（2022）》中世界影响因子1.427。

期刊收录：Scopus; CABI（英国“国际应用生物科学中心”）《农业与生物科学研究文献》《公共卫生数据库》；Abstracts of Mycology (美国“菌物学文摘”)；Index of Fungi (英国“菌物索引”)；Index Copernicus；Review of Plant Pathology（英国“植物病理学文摘”）；Bibliography of Systematic Mycology（英国“系统菌物学文献目录”）；Bibliographie der Pflanzenschutzliteratur（德国“植物保护文献目录”）；Ulrich’s International Periodicals Directory（Ulrich IPD，美国《乌利希国际期刊指南》）；北京大学图书馆《中文核心期刊要目总览》（北大核心）；中国科技论文与引文数据库（CSTPCD核心）；中国科学院文献情报中心《中国科学引文数据库》（CSCD核心）；中国知网（CNKI）；RCCSE中国核心学术期刊（A类）。