在文殊经典中处处体现出文殊法门的殊胜之处，有许多关于他以智慧开导行者的故事。他曾经以“仗剑逼佛”的权宜示现，来晓喻那些疑悔不安、不能悟入如幻深法的菩萨。《大宝积经》记载，灵山会上五百比丘，得通未得忍，以宿命智，各见多生多劫前，杀父害母及诸重罪，于自心内，生起大怖畏，忧愁恐惧，于甚深法，不能得入。文殊菩萨知道后，在大众面前仗剑逼佛。依佛教五逆罪来说，出佛身血是极重之罪。佛见文殊执剑刺来，就说：“文殊住住！”世界诸法如幻如化，我的身体同样如此虚幻不实。如果没有实在的主体，无我无人，试问你执剑能杀哪位？将来谁又能受到果报？五百比丘言下顿悟，了法如梦，皆得法忍。为感激文殊这一善巧手段，他们说偈赞曰：“文殊大智士，深达法源底，手自握利剑，逼持如来身。如剑佛亦尔，一相无有二，无相无所生，是中云何杀？”文殊用杀佛的办法，来教育五百比丘，使之悟解大乘宗义，诸法空性，证得法忍。

世尊一日见文殊在门外立，便召唤说：“文殊入来。”文殊说：“我不见有一法在门外，为何如来让我入门？”

又有一次，世尊教文殊入不思议解脱三昧，文殊说：“我即是不思议，云何更入不思议耶！”

还有一次世尊自恣日，文殊三处过夏，违反了僧制，迦叶以长老的身份，想拿起槌子把文殊赶出去。当迦叶刚拿起槌子时，见千百亿文殊顿时出现，迦叶这时用尽一切力气，拿不起槌子。此时佛对迦叶说：“迦叶，这么多文殊，你要摈除那一个。”

文殊也经常用反诘、否定、突兀的语言或行动，来警醒众生。例如《阿阇世王经》载，阿阇世王造了杀父的五逆罪，内心深感罪恶深重，疑悔不安，而请文殊说法，希望能解脱他内心的疑悔。文殊却对他说：“若恒河边沙等佛，也不能为汝说是狐疑！”阿阇世王应时惊怖，竟从座上跌下来。这不是文殊师利使阿阇世王绝望，而是为王说：“佛陀觉了一切法如虚空，本来清净，不是可染污的，也没有染污可除。”

在大乘佛教里，文殊菩萨开出的是重视第一义谛、不拘寻常格式的善巧法门。