2016年的夏天，穆里尼奥是曼联主帅，俱乐部刚刚打破了世界转会纪录，在完成1亿欧的转会后，博格巴从尤文回到曼联，他说：“这是我希望在比赛中实现一切的正确的俱乐部。”穆里尼奥补充说：“他有机会在未来10年甚至更长时间里成为俱乐部的核心。”这是一笔在社交媒体上引起轰动的交易，这本该是一个特别的开始。

但是博格巴无法激励曼联重现昔日的辉煌。2017年的联赛杯和欧联杯是他6个赛季的唯一奖杯。博格巴在4月对阵诺维奇被嘘下，在利物浦小腿受伤，现在他将第2次离开俱乐部。曼联的失败不能完全归咎于他，但他的离开标志着1场承诺如此之多的转会结束了。当他的合同到期，他即将回到尤文时，事情怎么会变得如此糟糕呢?他管理不善?还是博格巴犯了错?

2016/17赛季，博格巴出场51次打进9球送出6次助攻，帮助曼联夺得的联赛杯和欧联杯冠军。在那些决赛中，他以4-2-3-1阵型的双轴首发，但在整个赛季中，他经常出现在3人中场的左手边。博格巴创造了57次机会，完成了1852次传球和2839次触球，这是他在俱乐部6个赛季以来的最高纪录。

博格巴在2017/18赛季的大部分时间里都扮演着核心角色，曼联亚军输给了曼城，足总杯决赛输给了切尔西，但在穆里尼奥任期即将结束时，随着两人关系的恶化，博格巴偶尔出现。在索尔斯克亚的帮助下，博格巴重新融入了球队，他的表现也有所提高。在2018/19赛季，博格巴在各项赛事中贡献了16球和11次助攻，这是他在进球方面最好的一次回归。在穆里尼奥被解雇之前，他已经在英超中打进3球，在索尔斯克亚手下打进10球，最终成为曼联最佳射手。

博格巴的回归无疑是他个人巅峰，但这也表明他一直在努力创造这样的水平，并发挥他的潜力。在2019/20赛季因伤和新冠军肺炎中断后，他在2020/21赛季的所有比赛中出场42次，曼联在英超排名第2，在欧联杯决赛中输给了比利亚雷亚尔。

近年来，索尔斯克亚和朗尼克都更喜欢4-2-3-1阵型，然而博格巴却不可能在他喜欢的位置上发挥作用。博格巴曾在索尔斯克亚执教时占据过10号位置，但这个位置也被费尔南德斯填补了。博格巴在接受法国采访时表示：“在曼联，我真的有位置吗?我问了这个问题，但我没有答案。”

随着博格巴在曼联生涯的结束，争论很快转向了他的下一个进球。尽管有报道称曼城、皇马和大巴黎对他感兴趣，但前东家尤文已经达成协议将他带回意大利。博格巴在曼联226次出场中贡献了39球和51次助攻，但只获得了两个冠军。曼联有时也会混过去，在英超排名第6。大家都接受了曼联需要改进的观点，并认为他们会改进。然而距离曼联上次夺冠已经过去5年了。