一、DP-GEN简介
DP-GEN(Deep Generator)是一款用 Python 编写的软件,可生成基于深度学习的原子间势能和力场模型。DP-GEN 依赖于DeepMD-kit,通过与VASP、CP2K等分子模拟软件的高度可扩展接口,DP-GEN 能够自动生成脚本并在高性能集群上维护作业队列和分析结果。
DP-GEN 目前支持 HPC 系统(Slurm、PBS、LSF 和云端机器),DeePMD-kit 的 Deep Potential 接口,LAMMPS的 MD 接口,Gromacs 和VASP、PWSCF、CP2K、SIESTA 和 Gaussian的从头计算接口等。
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使用该软件的用户需要引用以下参考文献:
Yuzhi Zhang, Haidi Wang, Weijie Chen, Jinzhe Zeng, Linfeng Zhang, Han Wang, and Weinan E, DP-GEN: A concurrent learning platform for the generation of reliable deep learning based potential energy models, Computer Physics Communications, 2020, 107206.
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二、DP-GEN软件功能
准确和高效:能够对上千万个结构进行采样,并且只选择少数几个进行第一性原理计算,最终获得准确模型。
开发环境友好:可以轻松安装 DP-GEN。一旦成功运行,DP-GEN 可以调度和处理 HPC 上的所有作业。
高度可扩展性:通过模块化的代码结构,用户和开发人员可以轻松扩展 DP-GEN 以满足相关需求。
三、DP-GEN软件架构
data:准备体材料(bulk)和表面体系(surf)初始数据的源代码;
generator:深度生成器主进程的源代码;
auto_test:材料特性分析的源代码;
remote and dispatcher:自动提交脚本、维护作业队列和收集结果的源代码, 已集成到dpdispatcher;
database:用于收集DP-GEN生成的数据并与数据库接口的源代码。
四、命令与格式
dpgen TASK PARAM MACHINE
TASK是关键字,PARAM和MACHINE都是JSON格式文件。
init_bulk : 生成bulk体系的初始数据;
init_surf : 生成表面材料的初始数据;
run : 深度生成器的主程序;
test: 深度势的自动测试;
db: 收集DP-GEN的数据。
可以通过下面的脚本检查json合理性。
import json#Specify machine parameters in machine.jsonjson.load(open("machine.json"))
四、下载与安装
git clone https://github.com/deepmodeling/dpgen.git
然后执行下面的步骤:
cd dpgenpip install --user .
默认安装路径为:
$HOME/.local/bin/dpgen将安装路径加入环境变量:
export PATH=$HOME/.local/bin:$PATH可以用命令查询:
dpgen -h本文内容由官网翻译而来,可以到官网查询对照的英文:
https://github.com/deepmodeling/dpgen
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