洋务运动时期，旅顺因为是我国渤海的门户，所以成为了北洋水师的大本营。李鸿章在此地投资数千万，建成了具有强大军事实力的重镇，那里船坞、炮台应有尽有。就因如此，旅顺当时成了日本人的眼中钉、肉中刺。

清朝光绪元年，由于洋务派的多次谏言，光绪皇帝命令北洋大臣李鸿章创建北洋水师，当时旅顺成为海军基地。李鸿章在英国定制了两艘巡洋舰扬威号、超勇号，又在德国定制了两艘铁甲舰定远号、镇远号。随着投资逐渐加大，北洋水师最终有军舰25艘，辅助军舰50艘，运输船30艘，官兵40000余人。而北洋水师的规模在当时是东亚第一，世界第九，成为东亚第一海军强国。

1894年，中日甲午海战爆发，日本侵略者为了谋取在东北的利益，对具有重要军事战略意义的旅顺进行了4天3夜的大屠杀，旅顺城里20000名手无寸铁的市民被日军残忍屠杀，整座城市只有36名收尸的人幸存（一说800多名），史称“旅顺大屠杀”。

在这次屠杀中，能够幸免于难的中国人，全市中只剩36人（后考察生还者约800余人）。而这36人，完全是为驱使他们掩埋其同胞的尸体而留下的。”维利尔斯统计的旅顺大屠杀遇难中国人数字为两万。当屠杀的报道终于浮现时，日本社会也为之震惊。

经过战后的长时间修整，旅顺慢慢的恢复了当年的人气和繁荣，因为旅顺美丽的自然风光和独特的历史，使旅顺成为了一个旅游胜地，大量的中外游客涌入了这个饱受磨难的城市，旅顺的收入也随之猛烈增长。但是旅顺人民没有被利益熏了眼，他们时刻记着当年日本人的罪行以及对日本的仇恨。

然而即使到现在，日本对于这起屠杀也坚决不承认，那批幸存的旅顺难民后代，于是集体立下一个规定：只要日本一天不承认大屠杀，日本人就禁止进入旅顺，就算是日本天皇也不行。和旅顺大屠杀一样，日本对于南京大屠杀、慰安妇等恶行坚决否认，他们不敢正视那段历史，而数万被杀的中国同胞，至今还未等到日本的道歉。