公元1867年，以阿古柏为首的疆人在俄罗斯亚历山大，尼古拉耶维奇的纵容、支持下，发生叛乱，啸雾叛兵，杀害地方官员，新疆官府一筹莫展。当边疆的紧急情况传到大清王朝的殿堂上时，怯弱自私的大臣们还在为边防与海防哪个更重要而争论的面红耳赤。就在此时，一个老人挺身而出，他指出，“天山南北两路粮产丰富，瓜果累累，牛羊遍野，牧马成群。煤、铁、金、银、玉石藏量极为丰富。所谓千里荒漠，实为聚宝之盆。”新疆一旦失去，西北门户洞开，反叛势力和沙俄必将全面发起进攻，那时候大清就危在旦夕。

左公力陈新疆不可弃并指出了新疆的重要性，其疏有云云：“是故重新疆者，所以保蒙古；保蒙古者，所以卫京师。西北臂指相联，形势完整，自无隙可乘。若新疆不固，蒙古不安，匪特甘、陕、山西各边时虞侵轶，防不胜防；即直北关山，亦将无晏眠之日”。左宗棠的据理相争最终得到了清王朝最高统治者慈禧太后的认可，光绪元年左宗堂被仼命为钦差大臣，督办新疆事务，在钱粮短缺弹药不充足的情况下，左宗棠抬着棺材出征了。左公出征新疆一开始是有八万人进行了统一的战前训练，因为这些士兵大部分是湖湘子弟，还有一部分川陕的散兵，大多不适应塞北的作战环境，也不熟悉作战对手，为此进行了将近两年的适应性和针对性训练，所谓“自古关塞用师，在精不在多”，所以最后出疆前，左宗棠裁撤了两万老弱病残，带了六万精锐出嘉峪关。

1876年7月清军进攻古牧地，用先进的开花炸弹将城墙炸开，8月17日佔领古牧地，歼敌六千。11月6日攻占玛纳斯南城。1877年四月，冰河开冻，清军进攻南疆，清军一路凯歌高奏，未及半月即收复吐鲁番等三城，熟知兵法的文人左宗堂当然知道：夫战！勇气也，一鼓作气，再而衰，三而竭，而且帐下战将如云，谋士成群，连日后名滿天下的王闿运都在其下领俸银，历史给了左宗棠机会，而他立即紧紧抓住。要命的是新疆民众开始对阿古柏闹事了，他们紛纷开城门为官军带路，阿古柏民心尽失。

当时左宗棠采取的是“先北后南，缓进急战”的战略。在各族人民的支持下，左宗棠势如破竹，顺利平定了叛乱。这之后面临在眼前的的最大难题就是与沙俄谈判收复伊犁，如果伊犁不收回，那新疆就是去了收复的意义，沙室二世几乎和左宗棠年龄相仿，沙皇傲慢拖延，等待翻本捞梢，而左宗棠决定出金花王炸，左宗棠陈大兵边境地区，而后中俄终于达成协议。为中国挽回二万平方公里土地所有权，新疆全境收复。