1949年12月，广西全省解放，李天佑被任命为广西军区副司令员，主管军事。

广西是桂系经营多年的老巢，国民党特务和土匪成灾。刚刚解放之际，社会一片混乱，1950年新年一过，国民党“反共救国军”总司令钟祖培煽动群众闹事，纠集几千名土匪恭城暴乱，高喊着“反北老”、“反征粮”，聚众攻打县城，抢劫公粮，闹了个“新年乱”。

在湖南的友邻部队的驰援下，李天佑平息了恭城暴乱，并且擒住了匪首钟祖培。

谁知恭城平暴后，平乐、玉林、柳州等地发生规模更大的土匪暴乱。几百股土匪，聚集了9万多人马，声势浩大。李天佑派兵围剿，在3个月内，剿灭土匪4万，剩余的5万多人马才溃散，有的逃进了深山和岩洞里。3个月后，美军入侵朝鲜的消息传到广西，土匪们以为美国佬又来帮助蒋介石了，匪乱发展到最高潮，全省102个县土匪蔓延到了97个县，500多人被杀，公粮2800多万斤、牲畜2.6万多头被抢。土匪如此猖獗，李天佑天天剿匪，忙了个不亦乐乎，但是，土匪还是多如牛毛，剿灭不尽。

广西严重的匪患终于引起了毛泽东的关注。8月份，他亲自起草一份电报，严厉批评说：“广西是全国剿匪工作成绩最差的一个省”，“领导方法上有严重的缺点”。无疑，主抓全省军事的李天佑对此负有主要责任。

李天佑戎马征战20多年，指挥打仗几乎是不打则罢，打则必胜；为什么这次剿匪“成绩”这么差呢？其实，这并不能完全怪他本人。关键是广西省委对待土匪的政策出了问题，在政策上，省委对土匪“镇压不力”，存在“宽大无边”的偏向。恭城暴乱的土匪头子钟祖培罪恶累累，在抓住后只是教育释放了事；其他匪首也是抓了就放，释放后，他们更加变本加厉，重聚匪众。另外，省委规定每县只杀一个首恶分子，而且只能由省委批准，而实际上罪恶深重的匪首很多，一地只杀一人，民愤难平，群众也发动不起来。因此，尽管李天佑天天忙于剿匪，全省土匪却“愈剿愈多”。为了帮助广西纠正剿匪工作中的缺点，11月10日，毛泽东又亲自来电，限期广西省委要在1951年5月1日前完成肃清全省股匪的任务。5日后，他再次来电，毫不客气地说：

广西解放在西南之前，而剿匪成绩则落在西南之后，为什么这样？请你们加以检讨，并以结果告诉我们。……务使全省匪患在几个月内基本解决。

毛泽东的批评使广西省委和广西军区党委大为震动，他们立即召开常委会，既做检查，又研究今后的工作方针和计划，并且电报毛泽东。几天后，毛泽东又回电说：“同意你们对广西工作的初步检讨和方针计划，望照此去做，取得成绩，以利主动地应付时局。”

毛泽东4封电报，就是4道金牌战令！他的批评和鞭策，使李天佑大受触动，说：“打了一辈子仗，没想到却在这土匪问题上摔了跟头，毛主席的批评像鞭子抽打着我！”他连夜制订了《广西省委四个月剿匪计划》和《全剿瑶山土匪计划》。

计划制订好后，为了实现毛泽东“在1951年5月1日以前完成肃清全省股匪的任务”的要求，他又和军区政治部副主任栗在山，带上3名参谋、一名秘书和一个警卫排，离开南宁，乘吉普车前往贵县，亲赴剿匪第一线。

李天佑亲自指挥瑶山剿匪，2月底胜利结束，前后历时50天。主要匪首杨创奇、甘竟生、林秀山被活捉，韩蒙轩被击毙，其他骨干分子全部被歼，无一漏网，3.8万多名土匪全部被剿。大瑶山获得了彻底解放。

随后，李天佑指挥部队回师桂西北，收回了放弃的地区。

1951年4月，广西共歼灭土匪33万多人，其中，军（纵队）级以上匪首190人或被捉或被毙，收缴各种武器38万余件，李天佑终于如期完成了毛泽东规定的肃清全省股匪的任务。为此，毛泽东两次致电进行嘉奖。

剿匪工作完成后，37岁的李天佑升任广西军区司令员。