晋代出现了一种新的制曲法，即在酒曲中加入草药。晋代人嵇含的《南方草木状》中，就记载有制曲时加入植物枝叶及汁液的方法，这样制出的酒曲中的微生物长得更好。用这种曲酿出的酒，也别有风味。今天，我国有不少名酒酿造用的小曲中，就加有中草药植物，如白酒中的白董酒、桂林三花酒、绍兴酒等等。

红曲，是红曲霉寄生在粳米上而成的曲。红曲霉虽然耐酸、耐较浓的酒精、耐缺氧，但生长的慢，只有在较高的温度下才能繁殖，所以成为我国南方福建、广东、台湾一带酿酒的重要酒曲。宋代我国已以能较普遍地制作红曲了。

红曲制作工艺难度较高，稍有不慎红曲霉就很容易被繁殖迅速的其它菌所压倒。