土地增值税开征通俗的说是国家认为你转让土地赚的钱，并非经营有方，而是国家投入了巨额资金做基础设施建设，所以国家要对转让土地的利润除了一般调节外再特殊调节拿走一部分。土地增值税自1994年1月1日开征，《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第二条规定：“转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物（以下简称转让房地产）并取得收入的单位和个人，为土地增值税的纳税义务人（以下简称纳税人），应当依照本条例缴纳土地增值税。”《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》第二条规定，“条例第二条所称的转让国有土地使用权、地上的建筑物及其他附着物并取得收入，是指以出售或者其他方式有偿转让房地产的行为。不包括以继承，赠与方式无偿转让房地产的行为。”
企业为了规避土地增值税，常常会以转让股权的形式转让土地。由于兼并形式的滥用，2000年，总局在《国家税务总局关于以转让股权名义转让房地产行为征收土地增值税问题的批复》（国税函〔2000〕687 号，简称687号文）中回复广西省地税局：《关于以转让股权名义转让房地产行为征收土地增值税问题的请示》（桂地税报〔2000〕32 号）收悉。鉴于深圳市能源集团有限公司和深圳能源投资股份有限公司一次性共同转让深圳能源（钦州）实业有限公司100％的股权，且这些以股权形式表现的资产主要是土地使用权、地上建筑物及附着物，经研究，对此应按土地增值税的规定征税。
甲公司是一集团公司，1997年1月，用子公司M公司名义在某市郊区购进一块地，成本1亿元，1998年6月该地块升值，评估价为5亿元，乙公司是一家房地产开发企业，想在该地块开发销售商品房。
M公司有两种方案：
方案一：M公司将土地直接出售，需要缴纳：
1、印花税，税率5‰，应纳印花税25万；
2、营业税5%，应纳营业税2500万。
3、城建税、教育费附加、地方教育费附加，征收率分别是增值税的7%、3%和2%，税金及附加300万。
4、土地增值税，应纳税额＝增值额×适用税率-扣除项目金额×速算扣除系数，增值率=土地增值额/扣除额=4/（1+5*5.6%）=312.5%，增值额超过扣除项目金额200%的部分，税率为60%，速算扣除系数为35%，应纳税额1.95亿。
5、企业所得税，税率25%，（5-1-0.03-1.95-0.0025）*25%=0.50亿。
以上合计应缴纳2.73亿元。
方案二：甲公司以转让股权的方式转让土地，将M公司100%的股份以5亿元卖掉，需要缴纳：
1、印花税，税率5‰，应纳印花税25万；
2、企业所得税4*25%=1亿
转让股权不缴纳营业税，687号文出台前不征土地增值税。
以上合计应缴纳1亿零25万元。
687号文以后，由于甲企业转让M公司100%股权，实质转让的是土地，对方案二应缴纳土地增值税。
但是，各地执行并不一致，大致分以下三类：
一是按照687号文征税
案例二：
2006年，苏州翡翠公司和新加坡星狮集团的下属子公司共同投资设立了星隆置业公司，翡翠公司占有星隆置业公司20%股份。星隆置业公司成立后购入一块地，而且星隆公司的资产主要表现为这块地。2007年，翡翠公司将股权转让给星狮集团的子公司，此次转让，翡翠公司获取投资收益5527.4223万元，已按规定向国税部门缴付了1381余万元的企业所得税。2014年，苏州工业园区地税局认定翡翠公司的股权转让行为没有缴纳土地增值税、营业税等，构成偷税，需补缴税款加罚款共计9538.64666万元。2015年，翡翠公司不服起诉到法院，姑苏区法院判决维持税务部门的决定，只是将数额调整为8210.780993万元。
二是认为该文件专发广西，仅针对特定案例，比如安徽地税劳务财产处的答复。
三是认为以股权转让方式转让土地，土地增值税并未流失的，不认可687号复函的效力，比如江苏省高级人民法院（2014）苏商再终字第0006号民事判决书载明：
“现行税法没有对涉及土地使用权的项目公司的股权转让作出是否征收土地增值税和契税的规定。根据税收法定主义，税法未规定需要纳税的，当事人即可不交税。且在股权转让时，土地增值税最终并未流失，因为：股权转让也只是股东的变换，土地使用权权属没有变化，股权无论经过多少次转让，土地无论如何增值，公司初始受让土地支付对价的成本不变。但是，只要房地产发生了权属流转，公司就需要按最终的实际房地产销售价与最初的房地产成本价之间的增值部分缴纳土地增值税。因此，涉案股权转让实际上并未逃避土地增值税的征收。高成公司主张涉案股权转让逃避了国家土地增值税征收的理由不能成立。”
结合案例一，方案一中土地购买方乙公司以5亿元直接购买土地：购进土地成本帐面价值5亿元，在开发房地产时，做为企业所得税和土地增值税的成本列支。
如果采用方案二，以股权转让的方式转让土地，乙公司以5亿元购进M公司100%股权，土地成本为历史成本，即M公司帐上的土地成本1亿。4亿的溢价无法消化，只能等将来M公司股权转让时或M公司清算时扣除M公司计税成本5亿，相当于甲公司少交的税递延到乙公司了。
687号文规定的是转让100%的股权，如果转让的不是100%，则无法判断转让的是哪块地，转让的是这块地的哪部分，不符合687号文的征税条件。
甲公司卖乙公司股权时留一部分股份，比如5%，享受M公司的分红用，公司章程约定较高的分红比例。实际出售95%的股份给丙公司，不符合国税函[2000]687号文件规定，不需要征收土地增值税。
丙公司以1000万投资乙公司，乙公司增资扩股。乙公司有两个股东，甲公司占90%，丙公司占10%。甲公司将乙公司90%的股权以1亿元卖给丙公司。
丙公司做分录：
借：长期股权投资—乙公司 1000
贷：银行存款 1000
乙公司做分录：
借：银行存款 1000
贷：实收资本—丙公司
资本公积
此时，乙公司有两个股东，甲公司占90%，丙公司占10%。
第二步，甲公司将乙公司90%的股权以1亿元卖给丙公司
借：银行存款 10000
贷：长期股权投资 10000
对丙公司来说，仍然购买了乙公司100%的股份，对甲公司来说转让的是乙公司90%的股份，创造了非100%股份。
甲公司将控股公司A公司注册在西藏地区，A公司在土地所在地成立项目公司M公司购进土地，升值后西藏A公司以出售M公司100%股权方式出卖土地，西藏的基本税率为15%，地方分享部分直接减免，实际税负为9%。
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