一、奥古斯丁主义
基督教在罗马帝国的核心地带，经历了数百年的与古希腊哲学思想的斗争，最终以吸收融合古希腊哲学思想、并挤占了古希腊哲学思想的主体地位而告终。
到了罗马帝国中后期，占据了主流思想地位的基督教开始统一组织、统一教义。公元325年在尼西亚城召开的基督教大公会议，这场由君士坦丁本人主持召开的会议，召集了整个帝国1800位主教的参与，规模极其盛大，即展现了基督教在当时的实力，也体现了罗马帝国和基督教正统派统一教义和组织的决心。从公元325年的尼西亚公会议开始，历经君士坦丁堡公会议（公元381年）、以弗所公会议（公元431年）和卡尔西顿公会议（公元451年），教会先后谴责了阿利乌派、阿波利拿里派、聂斯脱利派和一性论派等异端思想，最终形成了“基督神人二性结合而互不混淆”的正统教义。在《卡尔西顿信仰宣言》中，不仅谴责了“分裂”基督两种本性的聂斯脱利主义，而且也谴责了“混淆”基督两种本性的优迪克派，形成了基督神、人二性论的经典教义。
如我们前文所说，奥古斯丁主义就是基督教思想统一后正统教义的代表。作为基督教正统教义的代表，奥古斯丁的学说集哲学与神学为一体，在亚里士多德思想重新回流之前一直支配着基督教的教义。奥古斯丁主义与柏拉图的哲学有着明显的继承关系，以至于被人称为“柏拉图-奥古斯丁主义”。但是其实古希腊哲学，特别是柏拉图哲学思想与奥古斯丁主义之间有着巨大的区别。
作为基督教正统教义的集大成者，奥古斯丁主义几乎覆盖了哲学思想的方方面面。包括宇宙论、恩宠论、圣事论、教会论、光照论、种质论、神学、哲学等观点，涵盖了世界观、自然观、伦理观、历史观和社会观，形成了一整套的神学主义哲学观点。奥古斯丁主义作为一种学说派系，当然不止奥古斯丁一个人的秉持和阐释，在奥古斯丁之后，安瑟伦和波那义图拉等人都是该学派重要的代表。作为基督教正统教义，奥古斯丁主义在公元5世纪以后，一直占据基督教主流观点地位，其地位不可动摇。直到13世纪开始衰落。
不管奥古斯丁主义的学说多么的繁杂，其所有观点其实具备统一的哲学观念：承认理性思想的存在和意义，但是将神性置于理性之前。
二、对亚里士多德主义的再认识
亚里士多德著作颇多，仅从古代流传下来的书目来看，其数量是极其惊人的。根据拉尔修所给出的书目，有150种之多，445270行之巨。黑格尔说，我们现存的著作和字数大约只有其四分之一。当然，这么巨大的工作量，很可能不是亚里士多德一个人完成的。
由于亚里士多德和马其顿王室的亲密关系，在雅典和马其顿的冲突过程中，亚里士多德都不得不离开雅典，其著作也受到反对，因此其公开出版的著作如今都佚失了。如今流传下来的亚里士多德的著作是其在学院的讲稿，由其学生保留，很可能有多个抄本，辗转至罗马漫步学派领袖安德罗尼柯手中，经他整理、修订，形成现在的亚里士多德著作的基本编排体例和规模。漫步学派是亚里士多德亲手缔造的学派，其著作虽然经过了此学派的增删和修订，产生了一定的形变，但是可以认为这种改变并不是伤筋动骨的。况且，亚里士多德的著作很可能本身就是整个学派心血的结晶，不存在学生歪曲老师思想的概念。此后，亚里士多德的著作就进入了评注时期。
从公元前1世纪到公元6世纪，进入罗马帝国时期，古希腊哲学的思辨高度已经大不如以往，无论是柏拉图主义还是亚里士多德主义都已经没落。在这段漫长的时间里，对亚里士多德著作进行诠释的主要是新柏拉图主义者，比较著名的有普鲁塔克、波菲利、扬布里克、普罗克鲁斯、辛普利丘等人。可以说公元前1世纪之后，亚里士多德的思想主要存活在新柏拉图主义者的注释中。
新柏拉图主义者对亚里士多德的理解，是从新柏拉图主义哲学的角度来进行的。亚里士多德著作中凡是和柏拉图超验主义思想相抵触的部分，统统被视之为虚妄。在新柏拉图主义者的笔下，亚里士多德是柏拉图忠实的学生和追随者，是一个对心灵、神和永恒的世界进行探讨的亚里士多德，一个典型的新柏拉图主义者，而亚里士多德自己的思想特征却被忽视了。
由于基督教内部的争斗，大批被正统教派认为是异端的学者被迫东迁。公元455年，汪达尔人攻入罗马城，西罗马帝国灭亡。亚里士多德的思想在西欧慢慢被忽视。公元529年，东罗马皇帝查士丁尼封闭了雅典的各哲学团体，迫使希腊学者向更东方迁移。学者的东迁，带去了大量古希腊的著作，大量的著作被翻译成阿拉伯文，古希腊的思想开始在东方的阿拉伯世界传播开来。在东方的伊斯兰世界，亚里士多德的思想却迎来了新生。
在同时期的基督教世界，与奥古斯丁主义相通的柏拉图主义占据古希腊思想的主流，亚里士多德主义几乎被人遗忘。而在东方的伊斯兰世界，亚里士多德不但被认为是与柏拉图比肩的大师，而且一些阿拉伯哲学家认为，亚里士多德主义就是哲学的代名词。阿拉伯世界著名的哲学家阿维洛伊写道：“亚里士多德的学说是最高真理，因为他的理智是人类理智的极限。”在伊斯兰世界，亚里士多德哲学的很多重要主题都得到了深入的探讨和阐释，取得了很高的成就。
11世纪末，西欧开始组织十字军。十字军东征给西欧文明和伊斯兰文明进行接触提供了机会，到了12世纪，亚里士多德的著作开始流入西欧。1204年，十字军攻入君士坦丁堡，大批希腊文经典回传西欧。亚里士多德主义与新生的大学为经院哲学提供了新的思想材料和新的活动天地。可以这样说，13世纪之前，西方是用柏拉图的方式认识世界的，他们不知道还有一种亚里士多德的方式。但是从阿拉伯世界流回的亚里士多德的世界观在僵化的西方世界引起了巨大的反响，带来了强烈的思想碰撞，亚里士多德主义的逻辑性、理性和经验主义色彩给中世纪柏拉图主义的神秘性世界以巨大的冲击。可以说，西方中世纪晚期的经院哲学思想的发展是处在阿拉伯亚里士多德深刻影响下的，而这种亚里士多德主义在晚期经院哲学的至高地位是由阿拉伯思想家所奠定的。13世纪在西方传播的“亚里士多德主义”并不是对古代思想简单的直接学习继承的结果，而是经过阿拉伯哲学家解释的结果。
三、托马斯主义
面对亚里士多德主义来势汹汹，传统的正统的奥古斯丁主义教义不能不感受到威胁。
1210年，巴黎所属的森斯省主教会议在反对异端的文告中宣布：“不准公开或私下阅读亚里士多德关于自然哲学的著作，以及对他们所作的评注，违反者将受到革除教籍的惩罚。”
1215年，教皇代表罗伯特重申：艺学院教师“不能讲授亚里士多德关于形而上学和自然哲学的著作以及对它们的概述。”
1231年，教皇格列高利九世再次重申了巴黎禁令，还指定三人委员会审查亚里士多德的著作。
1263年，教皇乌尔班四世再次重申了巴黎禁令。
1277年，教会通过了著名的迫害亚里士多德主义者的“77禁令”。
然而，这些禁令都没有取得很大成效。
在这场思想争辩中，一般认为：代表亚里士多德主义的是托马斯主义，而代表柏拉图主义的则是以伯纳文图拉主义为核心的传统的奥古斯丁主义。但是托马斯主义其实是一种对于冲突采取折中调和态度的学说。
在面对亚里士多德主义迅猛的冲击时，经院哲学内部形成了三种不同的立场：第一种是持全盘吸收、无条件采纳立场的拉丁亚里士多德主义，将亚里士多德主义推崇为最高真理。当亚里士多德主义与神学发生矛盾时，应该被修正的是神学，而不是哲学；第二种则是持奥古斯丁主义，对亚里士多德主义持彻底否定的态度；第三种则反对上述两种极端的立场，主张吸收、保留、利用其符合教义的部分，修改、摒弃其不符合教义的部分。而托马斯主义则成为这一态度的代表。
托马斯主义是经院哲学最伟大的体系，是中世纪自奥古斯丁体系后又一完备的理论形态。托马斯主义的思想和奥古斯丁主义的思想在某些方面是有所区别，甚至是相互对立的。
比如，在哲学与神学的关系上，奥古斯丁主义将神学置于哲学之前，混淆神学和哲学的概念，将神学视为真正的哲学，将哲学视为神学的理性内容与论证方法。亚里士多德主义者则倾向于将亚里士多德哲学从神学中分离出来，视为独立的一门学科。托马斯一方面明确区分了哲学与神学，另一方面又坚持神学高于哲学的传统立场，彻底杜绝了用哲学批判神学的可能性。
除此之外，托马斯的存在论与奥古斯丁的原型论；托马斯关于形式与质料的学说与奥古斯丁的普遍原型论、种质论、多型论；托马斯的认识论和奥古斯丁的光照论，都是相互对立的。然而，托马斯的学说从内容到方法都显示出鲜明的调和特征。托马斯从没有公开抗衡奥古斯丁主义的意图，实际上也没有公开反驳过任何一位权威人物的意见。托马斯的学说运用了细致、系统的分析和综合的方法，它调和了哲学真理与神学真理、亚里士多德实体理论与柏拉图的理念论、唯名论与实在论、理性主义与意志主义，等等，并非无原则的简单的折中主义。但是归根结底，托马斯主义还是将神性置于理性之前，正如托马斯名言所说：“恩典并不摧毁自然，而是成全自然。”
我们现在很难说，托马斯主义的思想是不是托马斯·阿奎纳本人真实的想法。但是这无关紧要，作为13世纪教会最为重要的神学和哲学理论专家，托马斯·阿奎纳的出现及其托马斯主义的诞生，本身就是正统的奥古斯丁主义教义在阿拉伯的亚里士多德主义的强烈冲击下产生的一种应激反应。传统的奥古斯丁正统教义已经无法应对亚里士多德主义的冲击，托马斯主义的调和也仅能调和于一时，而在这一切压制和调和的背后，是亚里士多德主义的逻辑、理性和经验主义在经院哲学家中有了越来越大的影响力，并最终成为经院哲学的主流。
然而，托马斯主义并没有因此而消失。因为其神学根基、精深的理论，以及调和各种观点的特性和能力，托马斯主义一直是天主教会正统教义最有力的理论武器。托马斯主义不但摆脱了奥古斯丁主义相对简单、混沌的神学理论，而且极好地调和了亚里士多德主义的理性、逻辑和经验，因此在天主教会面对不断演进的现代化的威胁时，托马斯主义被屡屡赋予众望。
1323年，教皇约翰廿二世册封托马斯·阿奎纳为圣徒，肯定“托马斯著作的每一章节都包含有无比的力量。”称托马斯为“照亮整个社会的晨星。”授予他“共有博士”、“天使博士”的称号。
16世纪召开的特兰托主教会议规定托马斯主义为天主教会正统学说，1567年，教皇庇护五世加封托马斯“圣师”称号，与早期教会的四大博士齐名。
1880年，阿奎纳被封为所有天主教教育机构的主保圣人。
阿奎纳的《神学大全》被教会视为最重要的著作之一，在第十九届大公会议上它还被与圣经和教谕并列。他在神学思想发展上的重要性只有圣奥古斯丁能够相提并论。利奥十三世在1879年8月4日的教皇通谕里指出阿奎纳的神学是构成天主教思想的关键著作，并下令将阿奎纳的著作立为天主教会的思想基础。
新托马斯主义是20世纪西方哲学的重要流派之一。新托马斯主义继承了托马斯主义调和、综合的基本特征，不但用托马斯主义调和基督教哲学各派理论，而且试图与近、现代哲学派别，乃至自然科学、社会科学理论融会贯通，为天主教会的现代化提供理论基础。
1980年，教皇保罗二世在世界第八届国际托马斯主义大会上又一次发出适应新时代需要加强托马斯主义研究的号召。
13世纪的经院哲学历史，亚里士多德主义对奥古斯丁-柏拉图主义的冲击是一条主线，不仅促使经院哲学形成托马斯主义，并在14世纪正式取代奥古斯丁主义成为正统教义。自此之后，哲学和神学逐步分道扬镳，哲学将神学留给信仰，而自身则专注于逻辑和科学等领域，14世纪的经院哲学中逻辑和科学的成分明显增加。而且引发了经院哲学在思想上和组织上的分裂，从此经院哲学再也没有一个主流派别，各个宗派都有自己的哲学，即使像托马斯主义这样庞大、完整的思想体系也不能统一、调和各个宗派的思想，经院哲学从此走向无序分裂的下坡道路。
四、亚里士多德-托马斯主义崛起的社会基础
行文至此，我们似乎可以完成对亚里士多德主义回流西欧引起的经院哲学思想领域的巨变。然而事情就是如此简单吗？马列主义认为，经济基础决定上层建筑。思想从来不是简单的思想，而是经济和社会状况的反映。为什么亚里士多德主义在希腊化时代被新柏拉图主义所淹没，中世纪前半段差一点从西方思想界彻底消失？13世纪从阿拉伯世界回流后，亚里士多德主义以迅猛的姿态在西方经院哲学思想领域攻城略地，并最终成为了经院哲学的主流和正统教义。严格来讲，哥白尼和伽利略等16世纪科学家反对的不是基督教基本教义，而是反对亚里士多德主义在科学和逻辑上的权威学说。
考察13世纪西欧的历史，就会发现，当时的西欧与公元5世纪的西欧发生了巨大的变化。西罗马帝国灭亡后，在西欧大地上遍布的封建主义制度已经不再是主流。到了13世纪，由于经济的发展和长期的征战，西欧大地上出现了一批中央集权的王国。
1212年，在阿方索八世的领导下，卡斯蒂利亚王国的军队在拉斯纳瓦斯德托洛萨取得了战胜摩尔人的决定性胜利；此后，又收复了科尔多瓦、塞维利亚、赫雷斯、加的斯等城市，确立了其在西班牙的政治霸权。这个过程同时也是一个国王强化中央集权、打击贵族势力的过程，西班牙成为西欧封建主义中央集权最为强大的国家。
1203年法国征服了诺曼底，合并了安茹等大片领地。路易九世在位期间实行司法财政改革，设立高等法院，审理重大案件，限制封建主法庭的权力。腓力三世在位期间，王权已经在南部地区牢固建立。
13～14世纪，英国封建经济发展到极盛。农业耕作技术改进，城市发展，商品货币经济渗入农村。封建领主要求更多的货币，在农村开始了用货币地租代替劳役或实物地租的“折算”过程。折算使少数富裕农民赎得人身自由，但广大农民群众纷纷破产，沦为农村的雇佣劳动者。14世纪末，英国农奴制实际上已经解体。1272年—1307年在位的英王爱德华一世是英国历史上著名的国王，他使得英国的君主中央集权达到了一个新的高度。他奉行的内外政策都十分积极，使英格兰成为当时欧洲的重要大国。1353年，英格兰国会通过法案，禁止民众向教会法庭上诉及向教皇交纳什一税。
公元962年。德意志国王、萨克森的奥托一世在罗马由教皇约翰十二世加冕称帝（962～973在位），成为罗马的监护人和罗马天主教世界的最高统治者。从1157年起，帝国被称为神圣罗马帝国。帝国统治者以罗马帝国和查理大帝的继承者自命，对外大肆扩张。11～12世纪，神圣罗马帝国皇帝同罗马教皇为争夺主教继任权发生激烈斗争，这不仅是争夺教会控制权的斗争，也是中央王权同地方封建分离主义势力的斗争。
西欧中央集权王国的诞生并非在13世纪突然出现的，经历了一个漫长的过程。然而在此前的几百年，中央集权的国王从来没有获得可以和教权相抗衡的实力和威势。
1154年—1189年在位的英王亨利二世，在英格兰进行一系列改革，加强了王权，同时也将征收盾牌钱固定下来。他采用陪审制，提高王室法庭的地位，把大部分司法权力集中于国王手中。但是1164年，当亨利二世试图把教会的司法权也收回时，他与昔日的密友和顾问，坎特伯雷大主教托马斯·贝克特发生了冲突。1170年12月29日，四个男爵骑士在坎特伯雷大教堂刺杀了贝克特。面对强大的教廷的震怒，亨利二世不得不在1174年，吃了数个月的素斋之后，身穿粗麻衣、披头散发、赤着脚走进坎特伯雷大教堂，匍匐于贝克特圣祀前，请求在场所有主教和僧侣对他进行鞭笞。他的要求得到了满足，在经受了一个接一个的僧侣轮流的鞭打之后，教会将遍体鳞伤的英国国王扔在冰冷的青石板上以示惩戒。
同样的戏码还在亨利二世的儿子约翰一世的身上。约翰一世号称失地王，在英国历史上声名狼藉。但是其实他实际上是继承了父亲亨利二世加强中央集权、将英国变成一个政令统一出于国王的强大国家的遗愿。然而要强化国王的中央集权，就意味着动了教会和贵族的奶酪，最终约翰在教会和贵族的联手打压下，成为英国历史上最臭名昭著的国王。1206年约翰一世拒绝承认兰顿为坎特伯雷大主教，并强行征收教会财产，引发冲突升级。1208年他的王国被教皇英诺森三世支持下的腓力二世剥夺教权，他本人于1209年被逐出教门。约翰无奈，只能再次上演父亲曾经演出过的戏码，向教会负荆请罪。
不仅仅在英国，同样的戏码还在德国上演过。亨利四世是神圣罗马帝国的皇帝，他致力于在帝国境内加强皇帝的权力。然而，实际情况是，德意志诸侯们势力强大且不愿服从任何一位君主，教会则在罗马教廷发起的克吕尼改革中变得越来越有独立性。1075年六月，亨利四世在战场上击溃了萨克森人的反抗。 1075年底，格里高利七世警告亨利四世不要干预米兰总主教职位的确定和授职，否则将受到逐出教会的惩罚。亨利四世坚持要控制德意志和意大利北部所有主教的叙任权，并拒绝让得到教宗支持的米兰总主教就职，为此与教宗格里高利七世发生激烈冲突。格里高利七世于1076年2月22日对亨利四世处以绝罚：开除、废黜和放逐亨利四世。被绝罚者不在一年之内获得教宗的宽恕，他的臣民都要对他解除效忠宣誓。1076年10月，在特雷布尔举行的帝国议会上，大多数诸侯表示如果亨利四世不能在一年之内恢复教籍，他们就不再承认他的合法性。将在1077年2月2日奥格斯堡举行的帝国议会，邀请教皇亲自出席作为裁决者，以见证诸侯们的最终决定。民众也拒绝帮助国王；因为他已被逐出教门。 接着发生的便是著名“卡诺莎悔罪”事件：亨利四世在城堡外的冰天雪地中（据传说，是赤脚）站立了三天；从1月25日到1月27日，恳求教宗原谅他的一切罪过。格里高利七世终究取消了绝罚。
强化中央集权的国王们显然不会满足于教会所宣称的正统教义。因为正统的奥古斯丁主义教义将神学置于一切世俗权力之前，成为笼罩在他们中央集权头顶上的一片不能承受的沉重的乌云。当亚里士多德主义从阿拉伯世界传来的时候，立即在已经相当世俗主义的社会中引起了巨大的共鸣，亚里士多德主义在艺学院流行，而不是在最具权威意义的神学院流行，足以说明亚里士多德主义对奥古斯丁-柏拉图主义的挑战，实际上是已经觉醒的世俗力量对传统的宗教力量的挑战。托马斯主义对奥古斯丁主义的胜利，实际上是世俗权力对宗教权力的胜利。在各个世俗的权力中心——国王王宫中，科学、逻辑和世俗文化的力量都显得异常强大，在国王的宫廷中，理性，而不是神启，成为各种政治、经济和军事决定的基础。当年古希腊理性思维崛起的戏码似乎又一次在西欧大陆上演，但是这显然不是过去简单的重复。
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