乾隆晚年爆发了规模浩大的白莲教起义，白莲教是民间较为盛行的一个秘密组织，其实在清初期、中期就一直存在，起初是以“日月复来”为宗旨，频繁地开展反清复明的活动，但遭到顺治、康熙、雍正和乾隆的持续镇压，始终影响不大。

乾隆后期，吏治腐败，对百姓的盘剥欺压加重，土地兼并愈演愈烈，人口迅速增长造成了中原各地大批农民无地无粮。加上自然灾害频发，尖锐的阶级矛盾为白莲教起义埋下了伏笔。

嘉庆元年（1796年），湖北荆州的聂杰人、张正谟，襄阳的王聪儿、姚之富率领两支起义军率先举兵。紧接着，四川达岭的徐天德、王三槐起兵响应，不到数月，起义军增至十几支，他们深得百姓拥护，所到之处，百姓提供给他们居住，接济他们衣服、粮食、火药、草料等。

白莲教起义迅速蔓延至河南、陕西、甘肃一带，攻陷了数十个州县，控制了大片农村地区。中部五省告急，举朝为之震惊。时为太上皇的乾隆与嘉庆帝急忙派人镇压，先后调集陕西、广西、山东、湖北、四川、直隶、山西、湖南等省的重兵，赴前线与起义军作战。

然而，三年过去了，朝廷仍未平定白莲教起义，嘉庆四年（1799年）正月，太上皇乾隆在弥留之际，握着嘉庆帝的手，频频望向南方，自诩“十全武功”的乾隆帝留下了两行眼泪，带着遗憾离开了人世。

嘉庆亲政后，吸取了乾隆朝的教训，决心将这场起义镇压下去。他首先针对起义军“官逼民反”的口号，处置了百姓痛恨的贪官和珅，然后，他又撤换了一批出征不利的将领，改任勒保为经略大臣，节制五省军务。

嘉庆帝大力推行乡勇、团练、保甲制度，增强清兵的战斗力，又采取坚壁清野的做法，使起义军失去了粮食、物资的接济，同时嘉庆帝还宣称对悔罪投诚的起义兵既往不咎。这一系列举措逐渐发挥了作用。

而在起义军内部也出现了问题，他们没有统一的领导，也没有攻取城市，或提出更高的革命目标，造成起义军各自为战，力量分散。一批起义军首领先后死去，自嘉庆五年（1800年）起，起义军开始处于不利的地位。

尽管如此，清军仍然不能在短期内消灭起义军，起义军的分散出击和流动作战战术仍然能取得一些主动，消灭了数量可观的清兵。而八旗、绿营兵士的战斗力已经很弱，军队腐败非常严重，因此双方处于一个僵持阶段。

嘉庆八年（1803年），起义军在清军坚壁清野的困境下，已经元气大伤，只剩下几支残余部队仍然坚持抗清。在极其艰苦的环境下，余下的起义军又顽守了一年。嘉庆九年，起义军余部的首领苟朝九、王世贵被捕，最后一名首领苟文润被叛徒所杀。至此，白莲教起义被彻底镇压。

这场轰轰烈烈的起义坚持了9年，波及四川、湖北、河南、陕西、甘肃五省，转战大半个中国，攻占州、县204个，抗击了朝廷从16个省调来的大批兵力，击毙一品、二品将领和官员20余名。

为了镇压白莲教起义，清政府所付出的代价是极其惨重的，数年时间直接耗费了国库存银2亿两，几乎是4年的财政收入，其他间接损失更是无法计算，而且还牺牲了大将数十名，士兵无数，军事力量严重受损。

白莲教起义让康、雍、乾三代皇帝百余年积淀的政局、经济、人口等优势毁于一旦，康乾盛世彻底落下帷幕，大清从此由强盛转向衰落。