​黄祖在历史和小说的评价不佳，除了军事上，主要跟两件事情有关。第一件事“黄祖杀弥衡”，建安三年曹操把侮辱曹魏君臣一轮的祢衡送给刘表，祢衡到了荆州依然故我，连刘表也骂，刘表知道江夏太守黄祖性急且是武人出身不怕得罪文人，于是把祢衡送给黄祖。祢衡初与黄祖之子黄射相善，黄祖亦善待祢衡，但祢衡嘴贱毛病不改，多番嘲讪黄祖，受不了的黄祖一怒之下拔剑斩杀祢衡。这个故事给人一种黄祖是易怒武夫的感觉，但弥衡这人天生嘴贱，曹操、刘表他都敢乱喷，连孔融都受不了他，这样的人就算放到刘备手下，大概也有九成机率被关张给宰了。至于说黄祖武人出身，这个说法显然是有问题的。

因为初平三年刘表就任命黄祖负责抵抗孙坚，这时刘表到荆州才不过几年，而且他又是只身入荆州，可说并没有自己的人马。而黄祖一出现就是大将身份，后来还担任江夏太守，以刘表用人向来偏好士族，黄祖不太可能是寻常武人。而且弥衡跟黄祖之子黄射相善，说明黄家的社会地位应该与弥衡相同。综合上述几点来看，黄祖有可能出身江夏黄氏，或是跟江夏黄氏关系深厚。诸葛亮的岳父黄承谚就是江夏黄氏，所以黄祖就算没有饱读诗书，也绝非一般武人。

第二件事“黄祖不识甘宁”，罗贯中，安排了甘宁投奔孙权帮助其大败黄祖，黄祖兵败逃亡遇上甘宁的责问，无言以对，被甘宁杀死，以此显示黄祖的识人不明，咎由自取。可是这么说是否合理？不要忘记，甘宁前身是锦帆贼，江贼出身的他，要在重视家世背景的刘表荆州军中混出头本就困难。并且如果以军事上来看，黄祖不重用甘宁，真的有影响到荆州防务吗？孙权就算得到甘宁，也在建安十二年才大败杀死黄祖，可是此战虽然成果斐然，但是江夏还是没有攻陷，荆州防线还是牢不可破。这说明甘宁说的“舟船战具，顿废不脩，怠于耕农，军无法伍”，并不符合详情。