日军第43师团是在1943年5月，以第63独立步兵群（辖步兵第118、135、136联队)与留守第3师团特科部队在名古屋组建。第43师团组建后，没有直接参与侵华战争，但其步兵第136联队原来是隶属于日军第109师团。日军第109师团属于乙种师团，参加过太原会战的娘子关战斗，当时的师团长是阿南惟几中将。在太原会战中，阿南惟几集中5个大队急袭包围了山西阎锡山部队的4个师，在连续的攻击下，不仅打垮了对方，还抓了2000个俘虏。不过，阿南惟几虽然是日军中狂热的中坚分子，但对俘虏还是极为宽大的，像对待朋友那样供应甜食和烟酒，对战死者也树碑埋葬加以祭奠。

第43师团组建后，首任师团长是天皇的堂兄贺阳宫恒宪王，但在1944年4月，日军准备将第43师团调往太平洋战场时，天皇为了他哥哥的安全，把贺阳宫恒宪王调到陆军大学任校长，师团长一职，交由斋藤义次中将担任。1944年5月，第43师长便从日本本土启程，开往太平洋战场的重要战略要地塞班岛，两个步兵大队在提尼安岛。塞班岛是马里亚纳群岛的第二大岛，距离美军在中太平洋上最西面的基地埃尼威托克有1000海里，距离珍珠港3500海里，距离美国本土5000海里，守岛日军为第三十一军(司令小畑英良中将)所辖陆军第43师团、第47独立混成旅团等，以及海军中太平洋舰队司令部(司令南云忠一海军中将)所属第55海军警备队、横须贺第1特别陆战队等共4.3万余人，有55艘舰艇和630架飞机，对美国产生了巨大的威胁。

不过，日军第43师团在向塞班岛运送过程中，运送步兵第118联队的舰船，被美军发现，美军出去航空母舰上的所有飞机，对运送步兵第118联队的舰船进行了大规模的空袭，及至步兵第118联队到达塞班岛时，几千人的队伍，所剩无几了。这是第43师团受到的第一次惨重打击。

1944年6月13日，美军开始对塞班岛上的日军阵地进行炮击，15艘战列舰参与共发射了165,000发炮弹，7艘新型快速战列舰运送了2,400枚16英吋（406毫米）炮弹。6月15日，美军第5两栖军(辖第2、第4陆战师等，约7.1万人)在塞班岛西南部查兰卡诺地区登陆，激战至7月6日夜，日军在塞班岛上的最高长官南云忠一中将率第6舰队司令高木武雄中将、第31军参谋长井桁敬治少将、北马里亚纳集团长兼第43师团长斋藤义次中将、南洋厅北部支厅长辻正保海军大佐同时自杀。7月18日，日军大本营下令撤销中太平洋方面舰队、第14航空舰队、第3水雷战队、第5根据地队、第2海上护卫队、第43师团、独立混成第47旅团等部队的番号。