钱龙锡受到史无端诬蔑，向皇帝声辩，收受贿赂寄存徐本高家，纯属无稽之谈。皇帝不得不承认，这些原本是风闻之词，不再追究。不过事已至此，袁崇焕是否贿赂钱龙锡，钱龙锡是否转移财产，事实的本身已经没有什么意义，皇帝要处死袁崇焕的决定已不可改变。
一波刚平，一波又起。袁崇焕被逮捕入狱的消息引发朝廷上下强烈反响，一些别有用心的人，唯恐天下不乱，乘机制造政治事端。“阉党”余孽上窜下跳，掀起了“钦定逆案”以来第一次翻案风波，并且由袁崇焕牵连到内阁大学士钱龙锡，终于使得袁崇焕的罪状层层加码，丧失了转圜的可能。
原先皇帝下令逮捕袁崇焕时，并没有处死之意，只是“暂时解任听勘”而已。当时朝廷中十分之六七的大臣以为袁崇焕蒙不白之冤，可是慑于皇上的震怒，不敢轻易表白。独有兵科给事中钱家修冒险进言，为袁崇焕鸣冤叫屈，称赞他“义气贯天，忠心捧日”，身为大将，从未为子弟乞求一官半职，自己的住宅、衣食依然朴素如故。这样清正廉明的大臣，希望皇上能够从宽发落，照旧起用。朱由检答复道：等待审问明白，就命他前往边塞立功，重新起用。从中可以窥见皇帝仍旧要他“边塞立功”的心态。
遗憾的是，朝廷中有人硬要把袁崇焕与党争纠缠在一起，使事情复杂到无法收拾的地步。
御史史就是这样的代表人物。他在崇祯三年（1630）八月初六日的奏疏中，捏造事实，诬蔑已经辞官的钱龙锡，支持袁崇焕杀毛文龙，与后金谈判。于是扣上一顶大帽子：“卖国欺君，秦桧莫过。”真是奇谈怪论！与蓟辽督师商量平辽方略，是一个内阁大臣的份内事，居然被定性为“卖国欺君”，并与千古罪人秦桧相提并论，居心险恶之极。他还胡说钱龙锡接受袁崇焕贿赂银子几万两，寄存在姻亲徐本高（已故内阁首辅徐阶的长孙）家中。朱由检接到这份奏疏，怒不可遏，没有核对事实真相，贸然下达谕旨：袁崇焕擅自处死毛文龙，与后金谈判，导致敌军进犯，是欺藐君父、失误封疆的罪状，限刑部在五天之内审结上报。
钱龙锡受到史无端诬蔑，向皇帝声辩，收受贿赂寄存徐本高家，纯属无稽之谈。皇帝不得不承认，这些原本是风闻之词，不再追究。不过事已至此，袁崇焕是否贿赂钱龙锡，钱龙锡是否转移财产，事实的本身已经没有什么意义，皇帝要处死袁崇焕的决定已不可改变。
崇祯三年八月十六日，朱由检在乾清宫暖阁召见内阁大臣，商议处决袁崇焕之事。随即又在平台召见内阁、五府、六部、都察院、通政司、大理寺、翰林院、六科以及锦衣卫堂上官，共同商议对袁崇焕的处决事宜。其实，所谓“商议”不过是官样文章，是走过场的形式，主要是听取皇帝的发落。
朱由检对大臣们说：袁崇焕辜负朕的托付，一味欺骗隐瞒，为了与后金谈判，而处死毛文龙，纵敌长驱直入，顿兵不战，遣散四处勤王援军，种种罪恶，不可胜数。然后用询问的口吻问道：三法司如何判决？
对于如此重大案件，各位大臣都不敢造次，从宽与从严都不相宜，只得一味顿首，听凭皇帝发落。
朱由检以为大家并无异议，便宣布他的决定：“依律磔之！”
所谓“磔”，乃是一种酷刑，即寸寸脔割至死，俗称千刀万剐。至于袁崇焕的家属，他也作了决定：按照法律，原本家属十六岁以上处斩，十五岁以下给功臣家为奴，现在从宽，妻妾子女及兄弟流放至二千里以外，其余人等不加追究。
内阁大学士以下的大臣，没有一个敢于表示不同的意见，一致顿首，表示赞同，表示感谢。
朱由检又追问一句：各位大臣有什么话要讲？
内阁大臣回答：袁崇焕的罪实在不可宽恕。
既然大家意见如此一致，朱由检立即命令刑部侍郎涂国鼎前往监督行刑。待涂国鼎领旨退出后，朱由检振振有辞地从袁崇焕引申开来，教训群臣：诸臣欺罔蒙蔽，从无一份奏疏揭发奸恶，你们都应当洗心涤虑，多为国家考虑。大小臣等连忙叩头引罪。
袁崇焕的命运就这样草率决定了。如果说，他的死是被错杀、冤杀的，那么在场的大臣个个都是帮凶。
他的死，令人惨不忍睹。据张岱《石匮书后集》记载，他被押解到西市，接受磔刑，刽子手从他身上割下一块肉，围观的百姓立即出钱买下，不多久，身上的肉全部割完，竟然开膛破肚，取出里面的肠胃，百姓一哄而上，抢夺一空。得到一块肉的人，喝着烧酒，把肉生吞下肚。面颊上沾满了血迹，还在唾骂不已。有的人拾得骨头，用刀斧斩碎。因为这个缘故，袁崇焕的尸体可以说是“骨肉俱尽”。只剩下一个首级，还得传往长城沿线的九个重镇，警告那些将领，引以为戒
他的死，比熊廷弼要惨多了。一个时代，为国家献身的人，一旦有差错（这种差错本身还有很多疑问），都要死得如此之惨，只能说是国将不国的不祥之兆。呜呼！
袁崇焕死后，他的妻妾兄弟被流放到福建，财产全部充公。其实，他为官清廉，没有积累下什么财产，正如《明史·袁崇焕传》所说：“崇焕无子，家亦无余资，天下冤之。”
袁崇焕之死毫无疑问是一幕悲剧，恐怕任何立场的人都有同感，他或许有这样那样的差错，但罪不至死。他是努尔哈赤、皇太极的死敌，但是清朝人编写的《明史》并没有落井下石，往他身上泼污水。请看《明史·袁崇焕传》的评论：“初，崇焕妄杀文龙；至是，帝误杀崇焕。自崇焕死，边事益无人，明亡决矣。”多么客观公正的议论！如果说袁崇焕杀毛文龙是妄杀，是一大错误；那么朱由检杀袁崇焕便是误杀，错上加错。两者均为亲者痛仇者快，使得皇太极不费吹灰之力除掉了两员难以对付的大帅。大敌当前，本当以大局为重，捐弃前嫌，而不应当自相残杀。对于朱由检而言，杀袁崇焕无异于自斩手足，自毁长城，以后再难谋求足以克敌制胜的帅才，辽事更加难以收拾。所以《明史》要说：“自崇焕死，边事益无人，明亡决矣。”明朝离开灭亡真的不远了。