光绪二十三年（1897年），董福祥在平定河湟回乱之后，奉命率甘军进京。随后被编入荣禄的武卫军，与袁世凯的新建陆军、聂士成的“武毅军”共称北洋三军，驻防河北、山西。过了两年，再次复任甘肃提督。

自甲午战争之后，大清的国际地位一落千丈，列强加快了瓜分中国的步伐，百姓不堪清廷和外国的经济掠夺，于是出现了暴力运动“义和团”。义和团是从反教会开始的，主要针对耶稣教，他们拔电杆、毁铁路、烧教堂、杀洋人和教民。列强遂要求清廷出兵镇压，如果清廷不镇压，他们就出兵镇压。清廷当然惹不起洋大人，比起来捏义和团要容易得多，于是答应每国进京兵力不超过30人，实际上进京兵力远远超过了这个数。

为了加强京畿防卫，慈禧遂召董福祥入京。1900年6月9日，董福祥率部进入北京，驻守永安门。11日，日本使馆书记生杉山彬乘车欲出城郊探望进京保护使馆的日本警卫队24人，董福祥部营官喝问“何人”，杉山彬据实回答，然而，话未说完即被营官抽刀刺杀，并以马粪侮辱其尸。事后，慈禧赶紧派荣禄及启秀到日本使馆致歉，并召董福祥及端郡王载漪面斥，准备惩治凶手，但李鸿章认为，如果惩罚董部，恐怕引起甘军哗变，慈禧一想也是，镇压陕甘回乱，董福祥立下汗马功劳，于是作罢。载漪事后称董福祥是了不起的好汉！

也就是在6月11日这一天，英国海军中将西摩尔率领八国联军2000多人乘坐火车由天津驶往北京。12日，义和团与董福祥、聂士成部联合阻击，切断了侵略军与天津的联系，将其包围在廊坊、落岱、杨村一带，打死打伤敌军300余名，西摩尔溃不成军，被迫退回天津。

联军当然不肯罢休，16日夜里10点左右，联军舰队向天津大沽炮台的清军守将罗荣光读了最后通牒，限令中国守军在次日凌晨2点之前必须让出南北炮台，以便联军进驻，否则将开炮夺取。罗荣光当即拒绝了最后通牒。在距通牒最后时间70分钟的时候，联军开始向大沽炮台开炮，清军立即还击，战争正式爆发。结果清军仅抵抗了6个小时后，南北炮台即相继陷落。

慈禧知道先要有大清国，才有她的统治地位。于是听信了义和团能够刀枪不入的神话，在主战派官员占多数的情况下，遂于光绪二十六年（1900年）6月21日正式对七国宣战（因为这时日本还未参加），命令荣禄攻打使馆区。荣禄因怕当替罪羊，先是装病交出兵权，后因懿旨难违，便命只装备有土炮的董福祥部围攻东交民巷使馆区，而按下自己有德式装备的武卫中军。也就在这一天，德国公使克林德离开东交民巷，前往清政府总理衙门交涉公使撤离之事，在途中恰好遇上载漪的虎神营官兵巡逻，克林德也被清军击毙，这就是著名的“克林德事件”。

7月14日，七国联军完全占领了天津。然后各国主张增兵后才进攻北京，遂同意日本加入。于是日军第5师团8000余人赶到天津。因为德国坚持要等到自己的远征军到达后再前进，所以向北京进发的实为“七国联军”。

8月14日，16000余联军轻松攻进北京，10余万清兵防御完全崩溃，然后蛮夷开始大肆烧杀淫掠，放火了烧了圆明园，劫掠一空！董福祥率军在广渠门与英国军队作战。下午2点，广渠门被攻占，董福祥后撤至东便门、朝阳门、正阳门一带继续抵抗，击毙了沙俄军团长安宁科夫，击伤其将军。清军兵败如山倒，8月15日，慈禧携光绪帝西逃，董福祥以随扈大臣护驾。呜呼！唯一一个能打的将军在亡国时刻却被慈禧老妖婆调去当了保安。

慈禧一路西逃，餐风宿露，终于尝了一回难民的生活。先是到了山西太原，随后继续向西，于10月26日抵达西安。于是派李鸿章议和，接下来就是割地、赔款、签合同及惩办主战派官员，120余名主战官员被杀。董福祥自然被指控为“首凶”，要求清廷将其处死。慈禧在维护统治方面倒也不糊涂，因为董福禄护驾有功，于是百般回护，最终以革职永不叙用论处。董福祥对此决定非常不满，一度计划自行招募军队赴山西继续战斗。慈禧恐其破坏和谈，令光绪帝赐其手书：“他日闻鼙鼓思将帅，舍尔其谁属哉！”要求他守时待变，以图再举。于是董福祥回到宁夏固原，终老田园。但比起被杀的官员，也算不错的结局了。

等到李鸿章在北京把一切都摆平了，洋兵也退出了北京。1901年10月6日，在西安住了一年多的慈禧开始鸾驾返京，像打了胜仗似的吹吹打打地回到了北京。