1941年1月，皖南事变爆发，原1支队1团和2支队3团这两个老团全部损失，殊为可惜。2月，奉中央军委命令，以苏北指挥部组建新四军第1师，原指挥陈毅升任新四军代军长，副指挥粟裕任1师师长，政委刘炎，政治部主任钟期光，原3个纵队依次改编为第1、2、3旅，全师组建之初共1.2万人。

第1旅，旅长兼政委叶飞，参谋长张藩，政治部主任吉洛（姬鹏飞），下辖第1、2、3团和特务营。

第2旅旅长王必成，政委刘培善，副旅长段焕竞，参谋长杜屏，政治部主任陈时夫，下辖第4、5、6团和特务营。

第3旅旅长陶勇，政委刘先胜，参谋长张震东，政治部主任卢胜，下辖第7、8、9团和特务营。

从以上历程和演变看，新四军成立之初的4个支队，有两个编进了1师，最老的9个团中，1师还保留有3个，即1旅1团（老3支队6团）、2旅4团（老1支队2团）、3旅7团（老2支队4团）。

新四军在苏北盐城重建时，为迅速组成新四军新的领导机关，原苏北指挥部即作为新四军军部的部分基础，留给1师师部的，连粟裕在内官兵共24人，显得特别精干、灵活、有效率。1师番号上叫师，实际上已是军的建制。

部队整编尚未就绪，1月11日下午，日军以飞机17架空袭我盐城。同时，日军3000人占领我黄桥，不久又占曲塘、海安、东台等主要城镇和交通干线，开始了对我苏中地区的"扫荡"。2月上旬，国民党苏鲁皖边游击副总指挥李长江率部1万余人在泰州公开投敌，通电就任伪军"第1集团军总司令"，其部由泰州经兴化向东北，日军由东台向北，合击盐城。2月18日，新四军1师分三路出击，19日即连克姜堰、石家垡、苏陈庄，20日攻克泰州城。李长江猝不及防，士无斗志，兵败城破，扔下佩剑，翻墙脱逃。新四军乘胜追至界沟、塘头。三天作战，歼伪军3000余人，并接受两团伪军反正。打垮李部时，日军逼近泰州，1师迅速撤出战场，各旅以团为单位，分散到农村，避敌锋芒，另以主力一部转移至东台以北，打击北犯日军。日军虽先后占领了我海安、东台、泰州三城及其沿线许多集镇，也占领了国民党江苏省主席韩德勤统治的兴化等地，但伙同李长江合击盐城的计划被打破了。

讨李战役和第一次反"扫荡"的胜利，沉重打击了叛国投敌的民族败类和日本侵略者，警告了投降派、亲日派。苏中抗战军民受到胜利的鼓舞，为深入农村开展根据地建设创造了有利的条件。

1941年4月，苏中军区成立，军区指挥机关由新四军1师机关兼，粟裕和刘炎兼任司令员和政委。当时苏中军区下辖第3、第4军分区和苏中行政委员会警卫团、泰东警卫团、联合抗日司令部等（以后相继组建了第2、1、5、6军分区）。