徐恩曾在民国时期一直是个位高权重的人物，他在中统局长这个位置长达15年，对蒋介石也是忠尽耿耿，为蒋介石及其统治立下了汗马功劳。1945年，蒋介石为何突然颁下“撤去徐恩曾本兼各职，永不录用”的手谕？

1941年以前，蒋介石一直认为中统开展工作还可以，但后期在反共活动上却远远落后于军统，因为徐恩曾不像戴笠那样，甘心专心始终如一的以搞特务工作为己任。1941年徐恩曾经吴铁城推荐被任命(兼任)交通部次长以后，蒋介石专门予以召见，谆谆叮嘱他：派你担任交通部次长，目的是要你在全国范围内在交通方面布置一个完整的调查网(“调查”是国民党专用术语，意即特工侦察)。蒋介石的意图很明显，是让徐恩曾借交通部次长的便利条件，强化中统在铁路、公路、轮船、飞机等各个系统的特务统治。然而徐恩曾却经常利用这个特权中饱私囊，蒋其实有所察觉。

1944年4月，在一次“甲种会报”(这是由蒋介石本人主持的军、警、宪、特高级首脑情报会议)上，蒋介石向特务情报机关负责人询问河北、山东中共敌后抗日根据地及中共抗日武装情况，因徐恩曾精力都用到钻营官位上去了，事先没有充分准备，一时张口结舌，左右而言他。而戴笠则精心准备，口若悬河说得头头是道，蒋介石大发脾气，严责徐恩曾没有集中精力办事。

在国民党的一次中央全会开会期间，忽然在国民党中央党部发现一条标语，赫然大书：“总裁独裁，中正不正”。徐恩曾不敢怠慢，马上报告给蒋介石。蒋介石严令徐恩曾必须彻查予以严办。虽然，徐恩曾动员了庞大的特务网，费时日久，始终未能破获此案，也无法向蒋介石交待。这更引起了蒋介石的愤怒，他又一次严厉斥骂徐恩曾：“在我们的心腹重地，出现这等事，既未能事先加以防止，事后又不能查出究竟，实在有忝职守。”

另外，军统一直与中统勾心斗角，不时在蒋面前打小报告，导致蒋介石不信任徐，竟先后安排了孙紫峻、顾建中两个副局长牵制，这也违反蒋介石在特务系统中只委任一个副局长专司其职的做法，可见蒋介石对徐恩曾早已不放心了。加上二陈的见弃，徐恩曾的倒台终于不可避免。

最终导致蒋介石对徐恩曾极大厌恶而终下撤职决心的导火索是因徐参预中印缅边境交通走私，并放纵她的前妻利用中统特权假借抗战物资运输大发国难财。军统局因一直与中统有矛盾，故戴笠一直千方百计搜集徐的不法行为。之前徐的前妻走私劣迹军统局已呈报给蒋，蒋还曾告戒过徐恩曾，要他严加管束。这次蒋极为震怒，终下决心。

老谋深算，藏而不露的中统头子徐恩曾最终因贪图私利被蒋介石抛弃。1949年3月，他与其妻费侠从上海仓惶逃往台湾，开始了他默默无闻的余生，1985年死于台湾。