1925年，孙中山病重期间，交代完国事家事后，曾一个劲儿地念叨：“我要睡地下。”宋庆龄和其他人都说：“地下冷，不能睡。”接着，孙中山又说：“有冰更好。”当时，大家都听不懂孙中山说的是什么意思，还以为他在说胡话。

直到孙中山去世两年后，他的长子孙科去南洋看望陈粹芬女士，说起这段话时，陈粹芬听了泪如雨下。原来，这是她和孙中山曾经在热恋期间的一段对白。当时他俩租住在屯门，清政府对孙中山的反清言论很不满意。

为了防止清政府的官吏半夜来抓人，有功夫的陈粹芬决定睡在地下，这样一旦来人，躺在地下的她就会早一点听见动静，以便孙中山及早脱身。于是，两人之间曾有了这样一段对白：孙中山提出“我要睡地下。”她说：“地下冷。”孙中山接着又说：“有冰更好。”

通常，一个人临死之前说的一些呓语，往往反映了他一生当中最刻骨铭心的感情。孙中山在弥留之间，还牵挂着陈粹芬，由此可见，他们曾经真心真意爱过。然而，虽然妾室陈粹芬曾跟着孙中山出生入死、竭力奉献，但孙中山曾始终没有在公开场合承认过她的身份。

1912年，孙中山在南京就任中华民国临时大总统后，陈粹芬救国救民的愿望已经达到，她选择功成身退。她自知出身贫苦，知识有限，所以主动愿意和孙中山分离，并非被孙中山抛弃。并且她认为国母只有一个，而她的存在会影响孙中山的形象。

虽然孙中山没有给陈粹芬名分，陈粹芬也不图这个。但在孙氏族人的眼里，陈粹芬也是孙中山的爱人。在孙氏家族的族谱里，陈粹芬排在发妻卢慕贞之后，宋庆龄之前。

作为孙中山的第一位革命伴侣，陈粹芬参与了历次起义的准备工作，前后陪伴孙中山20余年，她为孙中山、为革命付出了很多。陈粹芬因此也赢得了一些国民党元老们深深的敬意，以至于后来孙中山要与卢慕贞离婚，娶宋庆龄时，大家一方面怕有损领袖形象，另一方面也是为陈粹芬和卢慕贞打抱不平而极力反对。

离开孙中山后，陈粹芬辗转过很多地方、澳门、南洋、香港、河南，直到抗战胜利后，又回到了广州。因她与孙中山没有生育，所以当年在南洋的时候领养了一个女儿。

晚年的陈粹芬与孙中山的原配夫人情如姐妹，相处十分和谐，她们经常聚在一起吃饭、聊天。1949年，孙科在澳门为母亲庆祝83岁生日时，陈粹芬也特意前来祝贺。她们两个手挽手下楼梯，关系非常亲密，受到了亲友们的热烈鼓掌欢迎。

1960年10月21日，年迈体弱的陈粹芬在香港溘然长逝，享年88岁。由于种种原因，家人的治丧形式极为简单，不登报，不发讣告，匆匆购地葬于香港九龙荃湾华人永远坟场。陈粹芬女士的胸襟与风范，集中国妇女贤德于一身，亦无愧为中国革命史上的一位奇女子。