1889年，22岁的蔡元培考中举人后，迎娶了他的第一位夫人王昭。王昭有洁癖，什么都要弄得干干净净，凡坐席、食器、衣巾等都禁止别人触摸。蔡元培似乎难以接受自己的妻子，这样一晃过了7年，直到王昭为他陆续生下了2个儿子，他们才慢慢找到了夫妻生活的感觉。

1900年，接受了西方新思想的蔡元培开始重新思考女权的定义，他写出了《夫妻公约》，重新调整与妻子王昭的关系，这对结婚10多年的夫妻在这时找到了恋爱的感觉。

蔡元培与王昭的婚姻，完全是父母之命、媒妁之言的产物。可这样一桩旧式婚姻，并不像世人想的那样糟。相反，一段时间的磨合后，蔡元培庆幸自己娶到了王昭。起初，婚姻的契约只让蔡元培义务性地待在妻子身边。可王昭善良、勤劳，操持有方，日渐赢得了他的好感。

两个儿子的相继到来，更是让夫妻关系趋于和谐。蔡元培还不无得意地写信告诉朋友：“伉俪之爱，视新婚有加焉。”然而，好景不长。由于长年奔波劳累，身体虚弱的王昭因病去世，年仅35岁。蔡元培忍着伤痛，写了祭文，称她有“超俗之识与劲直之气”。

蔡元培给亡妻的挽联也见深情：“维新党人吾所默许，乃不及于难，鹿车南返、鹪巢暂栖，尚有青毡，博得工资同一饱;自由主义君始与闻，而未能免俗，天足将完、鬼车渐破，俄焉属纩，不堪遗恨竟终身。”

王昭去世时,蔡元培33岁。这时的他在江浙一带的知识界已颇有名气,很多文人志士纷纷上门来给他说媒。蔡元培贴出了“征婚启事”:第一，不缠足。第二，识字。第三，男子不娶妾，不娶姨太太。第四，丈夫死后，妻子可以改嫁。第五，意见不合,可以离婚。这份“征婚启事”在当时可算惊世骇俗,上门的人顿时退避三舍。

1901年的一天，蔡元培在朋友家看到一幅工笔画，线条秀丽、题字极有功底,画出自出身书香门第的黄仲玉之手。黄仲玉是江西名士黄尔轩的女儿，当地有名的才女。她没有缠足、识字、还精通书画、孝敬父母、完全符合蔡元培的择偶标准。

1902年元旦,蔡元培在杭州举办了一生中的第二次婚礼。1920年底,蔡元培在欧洲考察，第二任妻子黄仲玉病逝。

在蔡元培55岁时，时任北大校长的他决定续娶，他再次提出自己的条件：一、具备相当的文化素质；二、年龄略大；三、熟谙英文，能成为研究助手。

这时，一位名叫周峻的女子，走进了他的生活。周峻是蔡元培先生原来在上海成立爱国女校的一位学生，这位学生对蔡元培先生一直抱有敬佩与热爱的情感，她一直到33岁还没有结婚，这在当时的中国是难以想象的。蔡元培和周峻两人年龄相差22岁。在挚友的介绍撮合下，1923年7月10日,蔡元培与周峻女士在苏州留园举行了结婚典礼。