1643年，皇太极在沈阳清宁宫内猝死，史书记载为“端坐无疾而终”。历史记载皇太极有“热血症”，人很胖而且怕热，即使大冬天行军打仗衣服也穿的很少，猜测应该是心脏病或者脑溢血之类的疾病，反正皇太极没有留下任何遗言就突然死了。

皇太极死在沈阳，这时李自成还没打进北京，清兵也没有入关，崇祯还在紫禁城里活蹦乱跳的指挥平叛。皇太极没有留下一句遗言就突然猝死，对于何人继位的问题，就成了大麻烦。皇太极长子豪格和皇太极弟弟多尔衮都有资格继位。这时皇太极生前统领的正黄旗与镶黄旗拥立豪格，而多尔衮自领的正白旗与镶白旗则拥立多尔衮。此时的鳌拜以勇力和忠诚著称，作为皇太极亲卫镶黄旗护军统领手握重兵的鳌拜自然是旗帜鲜明的支持豪格。

代善召集会议讨论继承人的问题。当会议之中争论不休时，鳌拜起身离座，按剑而前，对多尔衮说道：“我们这些臣子，吃的是先帝的饭，穿的是先帝的衣，先帝对我们的养育之恩有如天高海深。如果不立先帝之子，我们宁可从死先帝于地下!”。

四百年前蒙古大汗蒙哥死在钓鱼城下，两个弟弟忽必烈和阿里不哥为了争夺继承权大打出手，最终导致蒙古帝国分裂的前车之鉴摆在眼前。选择动武只会两败俱伤，最后双方达成妥协，豪格和多尔衮都不当皇帝，选择拥立皇太极第九子，当时才六岁的福临为皇帝，年号顺治，由多尔衮辅政。皇子派系得到皇帝的名分，弟弟多尔衮得到权利，双方各退一步。

两大军事集团达成一致意见后，次年挥师入关，秋风扫落叶一般很快的解决掉了李自成，张献忠，以及南明政权统一了中国。解决了外部敌人，顺治年幼无知，多尔衮大权在握，便构陷罪名削爵幽禁赐死豪格，同时大肆打击迫害包括鳌拜在内的支持豪格的两黄旗势力，多尔衮气焰最盛时，孝庄太后为了保全儿子不得不委身多尔衮，顺治皇帝本人也不得不称多尔衮为“皇父摄政王”。鳌拜唯恐顺治被多尔衮加害，每有风吹草动，就整夜按剑长坐于顺治寝宫门前。

顺治十三岁时，多尔衮病死在出门狩猎途中，也有说法是狩猎途中被刺杀。总之大权在握的多尔衮死了，鳌拜迎来了仕途上的新生成为辅政大臣之一帮助顺治处理政务。

鳌拜作为皇太极的亲卫队长，镶黄旗的主要将领，忠心事主，始终不渝，皇太极去世后拥立其子为皇位继承人，最终争得福临继位。为此和多尔衮结怨，在后者摄政期间，遭受残酷打击。鳌拜完全可以为谋求个人利益而党附多尔衮，这在古往今来的官场上是司空见惯之事。但鳌拜面对如此险恶处境，却仍然不屈不挠，忠心护主。作为顺治朝的臣子，鳌拜是忠贞不二的。