朱元璋

朱元璋为确保朱允炆顺利登基，肃清了明朝开国功臣，封自己的儿子为王，分封在全国各个要塞，留下《皇明祖训》作为遗训要求对后来的皇帝尽忠。 但对于皇太孙朱允炆而言，他的叔父们 也就是各藩王的存在才是最大的威胁。尤其是朱棣，不但拥有军事、政治才能，还得到过朱元璋的认可。为了政权稳定，朱允炆觉得有必要除掉燕王朱棣。

洪武三十一年（公元1398年）闰五月，朱元璋作为一名孤独的专政者走完了他七十一年的人生。其后不久，明朝第二位皇帝朱允炆的战争就开始了。为了斩断朱棣的手足，朱允炆在年号未改、尚属洪武那年就消灭了开封的周王（朱元璋第五子朱橚），公元1399年改年号为建文之后，陆续剥夺了山东青州齐王、山西大同代王、湖广荆州湘王、云南珉王的王族身份。

朱允炆

建文元年三月，朱允炆将燕王府的警护兵编入边境守备军，又将身为护卫指挥官的指挥使一个个召回南京。朱棣身边为方位蒙古而聚集的军队这时大部分已被解体了。为了不给皇帝剥夺其王族身份的口实，朱棣不得不接受这些命令。建文元年四月，即朱元璋一周年忌日那天，朱棣虽然明知会被当做人质扣押，但还是把他的三个儿子送到南京参加典礼。

已经去世的朱元璋创造了把所有权利与军事统率权集中于皇帝的体质。朱允炆即位伊始就处于统率全国卫所的地位，在数量上拥有绝对优势。因此，朱允炆也放松了警惕，朱棣的儿子们被平安送回。然而另一方面废掉燕王身份的准备工作在一步一步的进行。

先是燕王护卫百户被抓，在严刑拷打下被逼问燕王府内情，为制作罪状所需的情报被送往南京。处于劣势的燕王府内部也出现了向南京告密的奸细。朱棣欲装疯掩人耳目，但这一伪装也被内应报告给南京，终于到了派遣官员前去抓捕燕王府相关人士的阶段。南京派来的都指挥室包围了燕王府，朱棣被逼的走投无路。

建文元年（公元1399年）七月四日，朱棣举办宴会庆祝病愈，并招待包围燕王府官兵的指挥官。该指挥官认为逮捕燕王万无一失，放心接受邀请，却被啥还在宴席上。与此同时，朱棣的心腹们打败了失去指挥官而陷入混乱的官军，几乎控制了整座城市，整备了阵容。朱棣立刻发布檄文，文中宣称此次军事政变不是针对皇帝的叛乱而是为了铲除皇帝身边的奸佞之臣，并以此声称“为君主靖难”，后来此次战争就被称做“靖难之役”。

朱棣

朱棣主张的依据是朱元璋对诸王制定的《皇明祖训》第十三条：“朝中无能臣，内有奸恶，则亲王训兵待命，天子密诏诸王，统领镇兵讨平之。即平之后，收兵于营，王朝天子而还。”虽然朱棣说是为了清君侧而辩解其起兵的正当性，但他并没有得到皇帝的密令。

靖难之役

朱棣与朱允炆之间的战争持续了三年，使得整个华北平原荒废，直到建文四年（公元1402年）六月南京陷落，处于劣势的朱棣得以最终取得胜利，最大的原因就是朱元璋肃清功臣导致皇帝周围没有得力的将帅。朱棣即位后，取消建文年号，定位洪武三十三年，次年正月起开始使用永乐年号。