明太祖驾崩后，将其皇位传给了朱允炆，这让燕王朱棣很是不满。因此，在朱允炆当政后，燕王朱棣便打着“靖难”旗号起兵造反，企图攻入皇城。燕王朱棣兵力雄厚，而他本人在军事上的造诣也非常高，于是在他带领的起义军的猛烈的攻势下，朝廷兵马节节败退，燕王兵马直逼京城。最后，这场战役毫无疑问以燕王朱棣攻入京城而告终。

当燕王朱棣的军队浩浩荡荡进入皇宫时，皇宫却突然燃起了大火，火势非常勇猛，浓烟滚滚，基本上都看不清人影。朱棣见此情形，生怕建文帝逃走，于是便骑马进入皇宫，到处去寻找建文帝，但是没有找到。

大火被灭后，经过一番修正，八天后在废墟下发现了一具尸体。这具尸体已经被烧地面目全非了，识别不出人来，但是燕王朱棣却以为这具尸体是建文帝本人。然而经过御医一番检查之后，却发现这具尸体是马皇后。朱棣对这样的结果非常失望，于是便让人继续寻找建文帝的去向，但是经过多年的查找还是没有找到，建文帝的去向成为大明皇朝的一个悬案。

对于建文帝的去向，历史上也没有统一的说法。而据史记记载，在当时有这么一个说法，是大伙最为接受的。在明英宗正统十二年的时候，广西知府下乡视察民情的时候遇到了一个六七十岁疯疯癫癫的和尚，他自称是建文帝，想要回宫。知府听到后非常惊讶，但是他又没办法认出这个和尚是否是建文帝，毕竟建文帝已经失踪了将近50年，现在突然出现不知有何目的。于是，广西知府不敢擅自做主，立即写折子让人快速送往京城向皇帝禀告此事。

皇帝得知这件事之后，立马让广西知府派人把这个和尚送往京城，让人辨认该和尚是否是消失已久的建文帝。但是当这个和尚站在英宗皇帝面前的时候，英宗皇帝却认不出他来，而且当时也没有人能够便辨别出这个和尚的身份。和尚见无人能认出自己，于是便向英宗提议将自己之前的近身太监吴诚过来辨认。

老太监吴诚过来后，也没有认出来，因为50年后的建文帝早已不复年轻，已经变成了暮夕老人了。后来吴诚突然想起建文帝左脚趾头有一颗黑痣，于是便让老和尚脱掉鞋袜，露出左脚趾头给他看，正好有一颗黑痣。这而凭着这颗黑痣，老太监吴诚确认了建文帝的身份，一时抱着建文帝痛声大哭。在确认该和尚便是建文帝之后，英宗便决定将朱允炆安排在大内生活，而后朱允炆便在这度过了他余下的一生。

而对于当年朱允炆是如何逃离皇宫的，建文帝是这么解释的：当燕王朱棣打进京城后，他知道大势已去之后原本想一死了之，但是身边的太监却提起太祖升天时曾给他留下了一个锦囊，在遇到困境的时候方可打开。于是他便让太监取出锦囊的盒子，一看里面放着的是和尚的衣物。于是他跟两位近臣落发为僧，逃到了西南的深山古寺，在那里生活了40多年。

后来，两位近臣也陆续离世，只留下建文帝一个人孤孤单单的。建文帝见此情况，而且多年来的颠沛流离的生活已经使他厌倦，于是便决定从深山中出来，直接回到京城，任凭处置，因为他不想一个人默默无闻凄惨地死去。

这一说法在明代著作中曾有记载，然而是否真实却无从考究。但是史记的确记载到这样的一件事：英宗皇帝将困在高墙内的建文帝小儿子朱文圭释放出去，并派人去照顾。但是，因为朱文圭与世隔绝已久，现在被释放出来后并没有适应这样的生活，不久之后便离世了。