蒙古人同宋朝的战争始终伴随着严重的疫灾。宋蒙战争五十年,大致可以分为三个阶段：其一宪宗时期,主要以攻打四川为主,严重的疫灾也正出现在这里。《元史》记载：乙未夏,驻合州之钓鱼山,军中大疫,方议班师。还有：且诸军疾疫已十四五,又延引月日,冬春之交,疫必大作,恐欲还不能。

波斯人拉施德在其历史名著《史集》中也记载了这次疫病：当蒙哥合罕正在围攻上述城堡时,随着下夏天的到来和炎热的加剧,由于那个地区的气候恶劣,他的起赤痢来了,在蒙古军中也出现了霍乱,他们中间死了很多人世界的君主用酒来对付霍乱,并坚持饮酒但突然,他的健康状况恶化,病已到了危急之时,于是在相当于伊斯兰教历年月公元年月日至月日的牛年,他在那座不祥的城堡下去世了。足见疫病的厉害,蒙古人的皇帝都难逃此劫。

宋蒙战争的第二阶段,也就是始祖时长期的在今天襄樊周围的拉锯战,前后历时几十年,其间也出现了较为严重的疫病。正史记载较少,而元人王挥在其著作《乌台笔补》里说：伏见襄阳之役,以十万众顿坚城之下,经今四年署天炎瘴,攻守暴露,不战而疫死者无日无之。可见疫情也不轻。宋蒙战争的第三个阶段,也就是灭宋的战争,其间也有严重的疫病发生。《元史》记载：江东大饥,民大疫,伯颜随贩救之,民赖以安。还有：居贞曰“……江陵要地,……闻诸将不睦,迁徒之民盈城,复皆疾疫”。

元朝的对外战争也都伴随着严重的疫灾,对战争的影响当然也很严重。在元朝攻打现在的越南时,《元史》记载：会将士多疫不能进,而诸蛮复叛加以瘴病流毒,肠炎,吏士触冒饥疫过半。在征讨缅甸和八百媳妇时,疫灾也很严重,其记述在陈邦瞻的《元朝记事本末》里记述较为详尽,这里不在列举。而元朝征讨日本时,对其疫情的记载较少,对战争的影响,也很少被人提及。而在《从书集成》第册《元朝伴史元代征楼记》里记载较为详细：元军舰内恶疫发生,当时不知防疫之法,传染甚速,将士死者三千余人。同样元朝在对西方的征讨战争中,也导致了严重的疫病,一般认为瘟疫导致了欧洲当时,“有4/1的欧洲人口,约万人因黑丝病而死去”。

英国历史学家罗伯特玛格塔的《医学的历史》里说：卡法被围攻了三年,这期间鞋担人之间开始流行瘟疫,死尸被炮弹打到城墙里。元朝后期,我国战争又大规模的爆发,疫灾也就随之而严重的爆发起来。比如至正十八年的疫灾,至少我们知道在大都死有二十多万人。《元史续编》记载比较的详尽：“时河南北、山东皆被兵,民携老幼流入京师,重以饥疫,死者相枕籍官者保布哈请市地痊之上赐钞千锭,皇后及皇太后赐金银及他物有差省院官施他物无算保布哈出金玉带各一,银钞米麦以为费择地南北二城,抵卢沟桥,掘深及泉,男女异扩人以尸至者随给以钞,弃负相踵,凡痪二十万又修水陆会三昼夜,居民病者给药,不能丧者给棺”。

可以看到官府掩埋的流民的尸体己有二十万,而有家有主的没有统计在内,估计也不少。我们还可以通过上面的资料统计表看到,元末主要的战争发生地都有疫灾发生,而且都是严重的“大疫”。整个元朝与战争有关的疫病记载确凿的有二十六次,近占总数三分之一。而且疫灾多出现在战争最残酷、杀戮最厉害的时间。由上材料我们可以认识到战争对元代疫灾的形成起着重要的作用,战争使人们四处凉慌流散,战争使人们无房屋遮蔽风寒,无食物果腹,战争也使大量的人员拥挤一起,死者无处掩埋,这就给疫灾的爆发提供了条件。

这里的极端即包括当地气候的反常,也包括外来人对当地气候的严重不适应。前者比如年疫灾,从正月开始北方就开始出现水灾,即“汁梁,归德水”,然后水灾一直延续到七月,即“河决祀县浦口”。然后六月开始出现局部旱灾,即“河间,大名旱”,然后旱灾在北方延续到十月,即“历阳,合肥,梁县及安丰之蒙城,霍丘自春及秋不雨”。还如1307,1308年疫灾,在1307年浙江的雨水天气由春天开始,最少延续到了十月,而到了1308年春开始出现旱灾,可见气候十分异常。

后者则多是北方士兵深入南方,对南方气候不适应多出现疫病,如攻打安南,两次攻打缅甸,都出现了大的疫病,以致称两广及以南地区为“烟瘴之地”,行成了“行部者多不躬之”的“故事”。整个元朝的气候都很极端,有时冷热气团常年对峙,有时又相互深入。如泰定年间,海洋的湿热空气始终无法跨过太行山,以致陕西连续数年干早,最终酿成陕西大的饥疫。而这也是元朝出现很多官员不去边远赴任而导致吏治不整现象的重要一个原因,而国家行政管理的缺失,往往导致当地的混乱,甚至战争,从而为疫灾的发生造就了社会条件。