孙恩占据会稽郡后，并没有确立自己的政治主张，也没有建设自己的根据地，而是自称为征东将军，将部下称为“长生人”，对东晋朝廷可能发动的反击没做丝毫准备。同时，孙恩还是个暴虐残忍的人，部下有不少人拖儿带女，影响了行军的速度。

孙恩就下令把孩子全扔到水里淹死，还说什么“孩子们去了仙境，我们大家很快也会去。”隆安三年（339）十二月，东晋徐州刺史谢琰（谢安的儿子），北府兵名将刘牢之率领大军向起义军发起猛攻。

孙恩一看晋军攻势猛烈，立刻下令全军撤退，他丢下了二十几万追随者，自己带着亲信和子女又逃回了海岛。孙恩撤回海岛，就没有死心，开始整顿人马，准备杀个回马枪。

东晋朝廷也怕孙恩东山再起，就派谢琰为会稽太守，都督会稽，新安，临海，东阳，永嘉五郡军事，负责防御东晋的东南沿海。隆安四年（400），恢复了实力的孙恩从涞口（今浙江镇海东南）登陆，再次攻占上虞。

谢琰亲自率领大军与孙恩决战，可没了北府兵和刘牢之的帮忙，谢琰根本不是孙恩的对手，不但两个儿子死于乱军之中，几万大军也被孙恩消灭。东晋朝廷急忙任命刘牢之为都督会稽等五郡军事，率领大军再攻孙恩。

孙恩一看老冤家刘牢之又来了，急忙带着部下再次逃往海岛。隆安五年（401），孙恩再次渡海登陆，一度发展到了十几万人，有楼船千余艘，兵锋直指建康。东晋朝廷急忙调来刘牢之的部下刘裕抵挡孙恩。

孙恩再次战败，退回海岛。元兴元年（402），孙恩率众攻临海，在强敌面前再次失败，在绝望中投海自杀。很多五斗米道的信徒都认为孙恩没死，而是化成了水仙，就随同孙恩一起跳海。

孙恩死后，他的妹夫卢循继续领导义军作战。义熙七年（411），走投无路的卢循同孙恩一样，选择了跳海这一方式结束了自己的生命，绵延了12年的战火终于被扑灭。

参考文献：《晋书》