关于科举取士的考试内容，利玛窦进行了稍许介绍。他已知道考试内容为四书五经，但他并没有明确地指出四书的具体名称。他认为四书是三位或四位作家的各种道德劝言，五经是孔子修订的《书》、《诗》、《礼》、《易》和孔子撰写的《春秋》的合称，讲的“或是古代君王的德政，或是有关德政的诗歌，或是中国的礼法，或其他处世为人的教训”。

此外，他认为四书五经是“中国最古老的……其中几乎包括了中国所有的字。因为这些书里的言论颇为高明，古代的君王便订立了法律，学者都应以这九部书为其学问之基础；只能理解还不够……而须练习把其中的每一句话，发挥成各式各样的文章。因了每人不可能把这九部书全部读过，以致能以其中任何一句话为题，立刻写成典雅的文章，就像在考试时所要求的；故此每人都须精通四书，至于五经，每人可任选一部，以应考试”。

由上可知，利玛窦关于四书的解释较为模糊，但当时的传教士已知道四书具体指哪些书籍，而且他也知道了科举考试对四书五经的要求。较为深刻的是，利玛窦批判了科举考试内容的狭隘性，并认为它是阻碍明代中国科学不发达的原因。他写到由于科举考试的科目并无科学一门，所以数学、天文学缺失很多，错误不少。而且“物理与形上学以及辩证学等，他们全然不知。此外中国医药全是草药与由经验所得。法律条文短而少，法官多凭己意下判决，中国人的文学也只是一篇美好的作文，和我们的古典文学或修辞学相似。言相似后者，但尚未达到辩证推理的水准”。

但同时他又认识到明朝科学不发达也有国家统治者的原因。他写到朱元璋为了防止百姓造反，禁止除以世袭入选者之外的任何人从事数学、天文学研究，即只有官方指派的钦天监可以研究。“医术没有公开的学校传授，每人自己拜师学习。在南北两京有医学考试（通过太医院的考试），并颁赐学位，但不认真，所以有学位的并不比没有学位的人受人重视；在中国，行医没有管制，只要愿意，无论医学知识多寡，都可行医。”

对于阻碍明代中国科学不发达的原因，李孝德认为，利玛窦只是揭示了这个现象，并没有找到合理的解释。他认为原因在于“文学是士大夫们之间交往必备的工具……文学性的东西，有助于提升人的涵养，有利于提高个人的社会地位，中国人自然乐于从事与文学相关的职业。与受人尊重的文学相比，科技则被认为是雕虫小技，不登大雅之堂”。与此同时，利玛窦也认识到儒家经典作为考试内容的好处，他认为“中国人从小就学写字，一直学习到老。这些复杂的中国文字……消耗许多精力，没有时间纵情恣意，胡作非为。也因此，中国写文章的方式非常高雅美妙”。

清代的耶稣会士李明也对此给予了高度赞扬，并补充到：“这种政策十分有利于统治……学习可以塑造人的心灵，使人彬彬有礼……可以防止（官员）由愚昧无知和心机不纯带来的恶果。”但也有人认为“李明身上存在着过于美化中国科举制度的倾向，究其原因，可能是他确实亲眼目睹了中国的科举考试，也可能是出于东西方对比的需要，还可能是所谓‘护教’的心理在作祟。”

关于孔子，利玛窦介绍到他出生于公元前五五一年，享年七十余岁，他在中国受到极高的尊敬，并创立了儒教。因此，他的后裔不仅受到高度的尊敬，而且孔氏家族族长世代享有统治者给予的尊荣及特殊的豁免权。文官都信奉这一教派，但他们“不承认自己属于一个教派，他们宣称他们……更是一个学术团体，为了恰当地治理国家和国家的普遍利益而组织起来的”。

他们在每座城市的学宫建造一座孔子庙，庙中供着孔像或用巨大的金字书写着孔子名讳的牌位。每月初及月圆，大臣及学子都到孔庙向孔子焚香烧烛和鞠躬跪拜。“每年孔子诞辰以及习惯规定的其它日期，都向孔子供献精美的肴馔，表明他们对他著作中所包含的学说的感激。他们这样做是因为正是靠着这些学说，他们才得到了学位。”每个官员接任第一件事就要去当地孔庙宣誓要行事正当而合法律，并且要克尽职守。

之后的耶稣会士曾德昭对于孔子也有记载，他写到孔子的后裔享有诸侯的称号和国家俸禄，而且为了表示对他的尊敬，孔子出生地的长官始终由他的族人担任。且每当科举考试的年份时，所有秀才都要一同去礼敬他。但是，他把孔子的出生日期弄错了，他认为孔子生于基督前150年，虽然历史上孔子的生辰是不确定的，但一般认为应是公元前551年。