明代皇帝能亲历战阵的，除朱元璋外恐怕只有朱棣了。元亡以后，一部分蒙古贵族退到蒙古草原及东北等地，还保存了相当大的军事实力。朱元璋曾数次派兵攻打。永乐时，蒙古鬼力赤去元朝国号，自称可汗。当时有三大部：兀良哈部、鞑靼部、瓦刺部。三部时常自相仇杀，也数次出没塞下，对明朝北部边防仍是强大的威胁。

永乐七年(1409)六月，朱棣派往鞑靼部的使臣被杀。七月，朱棣便派丘福 率精骑十万征讨鞑靼部，丘福孤军深入，至胪朐河被鞑靼骑兵包围，全军覆灭。永乐八年，朱棣自将50万大军出塞，直至斡难河，大败鞑靼部，其首领本雅失里仅率7骑逃遁，鞑靼也从此分裂为小部落。阿鲁台向明朝贡马，表示臣服，朱棣封其为和宁王。但到永乐十九年，鞑靼部统一在阿鲁台麾下，又复强盛，仍侵扰内地，朱棣便又于二十年、二十一年、二十三年三次亲征，给鞑靼部以沉重打击，阿鲁台也被瓦剌部袭杀。

永乐六年，瓦剌部贡马请封，第二年，明廷封马哈木等三个首领为王。瓦剌势力逐渐强大后，攻杀了鞑靼部本雅失里，又多次要挟明朝廷，并进兵南下骚扰，朱棣于永乐十二年(1414)亲征，直至土剌河(今蒙古人民共和国境的图拉河)，马哈木战败脱逃，不久死去。经这一次打击，永乐时期瓦剌部一直接受明政府管辖。兀良哈部曾出兵帮助朱棣夺取天下，与朝廷关系良好，其地设三卫，以其头目为卫所官，由朝廷赐给诰印、冠带，统辖形式与其它二部稍有不同 。

朱棣五次出征，沉重打击了蒙古割据势力，加强了对这一地区的管辖，朱棣也于最后一次出征途中，病死在榆木川(内蒙古乌珠穆沁东南)时年六十五岁。当时，太子位不稳，而且远在南京，朱棣的第二个儿子朱高煦一直蓄意夺位，大军在外，也恐生变，于是太监马云与学士杨荣、金幼孜等决定秘不发丧，搜军中锡器溶为棺椁，暂时殓放，每天进膳如故， 杨荣星夜兼程到京上讣告，皇太子命太孙迎梓宫于开平。仓猝之间，竟无印识，只得用太子东宫图书印应付，朱棣死后二十余日始到北京发丧 。