1856年9月，接到洪秀全“诛杨密诏”后，正在江西前线督师北王韦昌辉召集本部3000精兵，星夜兼程赶回天京勤王。在陈承瑢配合下，3000勤王军顺利进入京城，而后直奔东王府，手起刀落解决了杨秀清。次日，韦昌辉、秦日纲与傅学贤率领的东殿士兵在京城大战，双方互有胜负，战局呈现拉锯状态。为了铲除在京东殿势力，韦昌辉以“北燕受刑”为名，吸引东殿余党前来观刑，而后将其一网打尽，6000余东殿将士全部被杀。此后，韦昌辉继续搜捕东王余党，将事变扩大化，违背了之前与石达开约定，并得到天王同意的“只杀东王一人，及兄弟仨，其余皆不得多杀”之诺言。（《李秀成自述》中提到）

闻知天京事变扩大化，石达开心急如焚，于是带着曾锦谦、张遂谋等一起回到天京劝阻韦昌辉，希望他能就此罢手，不要滥杀无辜，便宜了清妖。谁知，韦昌辉杀红了眼，连石达开都要干掉；石达开逃跑后，韦昌辉派燕王秦日纲带兵追杀，追不上时，直接拿翼王府开刀，杀了全府2000余人。此时，韦昌辉还觉得不过瘾，于是又带兵围攻天王府，想捉拿洪秀全。谁知，天王府不好攻打，韦昌辉不但拿不下洪秀全，还被天王府数千女兵追击，反被捉拿归案，被大卸八块，首级送往宁国给石达开。到此，历时近三个月，死亡2万余人的天京事变终于告一段落，太平天国也元气大伤，由盛转衰。

根据李秀成《自述》，韦昌辉与洪秀全、石达开是战略同盟关系，一起合力对抗最大实力派，集政权、军权、教权于一身的东王杨秀清。自述中提起：“东、北、翼三人不和，北、翼二人同心，一怨於东，後被北王将东王杀害。原是北与翼王二人密议独杀东王一人，因东王，天王实信权托太重，过度要逼天王封其万岁。那时权柄皆在东王一人手上，不得不封，逼天王亲到东王府封其万岁。北翼两王不服，君臣不别，东欲专尊，後北与翼计杀东王。翼与北王密议，杀东一人，杀其兄弟三人，原清辅而已，除此以外，俱不得多杀。”由此可知，诛杀杨秀清是三人共同之约定，但不能殃及无辜，扩大事态。

既然如此，韦昌辉杀了杨秀清后，为何还有追杀石达开，围攻洪秀全，向自己的盟友下黑手呢？杀杨秀清好理解，这是三人之“协定”，也是“奉命”行事，而追杀石达开，围攻洪秀全，则难以理解了。对此，传统观点认为，地主阶级出身的北王韦昌辉是混进革命阵营的害虫，其恶劣之本质，必然会仇视革命，乃至破坏之。但是，仔细研究起来，此观点压根占不住脚，因为韦昌辉根本就不想扩大事态，他也想就此收手，平息事态。要知道，北王韦昌辉是太平天国最大的赞助商，没有他倾囊相助，金田起义搞不起来，他没必要毁了自己产业，毕竟自己是大股东之一。此外，弟弟韦俊受困武昌，形势不妙，此时扩大事态，对他又有什么好处呢？所以，韦昌辉追杀石达开，围攻洪秀全，应该另有原因，即是他非常无奈，被迫如此。

按照李秀成所说，诛杀杨秀清是洪、韦、石三人共同之协定，韦昌辉是“奉诏勤王”，讨伐乱臣贼子，清君侧。正因为有约在先，且接到密诏，所以韦昌辉才敢率3000兵马回京“勤王”，向最大实力派东殿开刀，否则自己一人动手，区区3000兵马，就算杀了杨秀清，但依然会被在京东殿势力干掉。可以说，韦昌辉对盟友洪秀全、石达开是相当信任，他相信杀了杨秀清后，洪秀全会发布圣旨，指责杨秀清罪名，承认事变合法性，为天京事变画上句号；石达开也会支持自己，站到同一条战线，威慑东王余党，让他们接受既成事实。可惜，韦昌辉错了，他成了枪手，本是“奉诏讨贼”，事变后，自己反而成了“贼”。

出于维护拜上帝教信仰以及削弱各大实力派之需要，洪秀全并未宣布享有“天父代言”的杨秀清罪名，承认事变合法性，而是坐山观虎斗，保持沉默。如此一来，韦昌辉处境相当被动，自己成了“贼”，是残杀东王杨秀清之主谋，成为众人攻击之对象，在京东殿势力必然会展开报复。事实的确如此，傅学贤、吉成子等东殿尚书看不到洪秀全诏令，立刻率兵与韦昌辉展开激战，北王差点撑不住，若不是秦日纲及时投入战斗，韦昌辉估计早挂了。没办法，东殿力量太强大了，为了自己安全，韦昌辉只好先下手为强，通过陈承瑢之手假传“北燕受刑”诏令，诱骗东王余党前来观刑，而后全部屠杀。

东王余党被杀后，若是洪秀全能“壮士断腕”，承认事变合法性，估计事情还有回旋之余地。可惜，洪秀全依然保持沉默，韦昌辉如同热锅上之蚂蚁，急得团团转，不知如何是好。此时，石达开从武昌前线赶回，韦昌辉很高兴，如同“久旱逢甘霖”，认为有盟友石达开支持，不怕天王不发诏书，承认事变合法性。俗话说得好，“希望越大失望也就越大”，这话用在韦昌辉身上相当合适。石达开下车伊始，直奔北王府，劈头盖脸指责韦昌辉滥杀无辜，“其何罪之有，安得如此滥杀，岂不便宜清妖”，还将杨辅清保护起来，公然站在东王余党立场，抛弃了自己盟友。这就有意思了，说好一起行动，石达开晚来也就算，此时还站在东王余党立场，让韦昌辉情何以堪？韦昌辉可以容忍石达开“来迟”，也不想知道“来迟”之原因，韦昌辉需要的立场，是支持，而不是对错，更不是指责。

无天王诏书，没石达开支持，韦昌辉彻底孤立，彻底绝望，自己现在就是太平天国的乱臣贼子，人人得而诛之。为此，韦昌辉只能先下手为强，派秦日纲追杀石达开（难不成让石达开带“靖难之师”回京杀了自己），而后屠戮翼王府，率军围攻洪秀全，希望能擒拿天王，达到“挟天子以令诸侯”之目的。可以说，韦昌辉也很无奈，他本不想毁了自己产业，可身不由己。