SU57有两个串联的内武器舱，每个舱约长4.6米，宽1.0米，两个小型三角形武器舱位于翼根部附近的机身下方。内部运输武器可以保护飞机的隐身性并显着降低空气动力阻力，从而保持运动性能与外部商店的性能相比。 与其前任相比，SU57的高巡航速度有望大大提高武器效能。还包括两个弹射发射器：用于重达300公斤的导弹和UVKU-50L炸弹和用于重达700公斤的UVKU-50U炸弹。该飞机有一个内部安装的9A1-4071K GSh30毫米炮，靠近右边的换气出口根部。

对于空中对空中作战，SU57预计将在其两个主要武器舱和两个短程导弹的翼根武器舱中装载四枚超限距导弹。主要中程导弹是主动雷达制导型K-77M180，这是一款带有A导引头和传统后鳍的升级版R-77K导弹。近程导弹是红外IR寻热型K-74M2（760），它是一种升级的R-74变体，其横截面减小，用于装入武器舱室内部运输。目前正在开发一种名为K-MD（izdel300）的变程导弹，以最终取代K-74M2。对于更远距离上使用的武器，可以携带四个大型KI-810超视距导弹，每个主武器舱都有两发。

主舱还可以容纳Kh-68M等空中对地面导弹，以及多个250千克（550磅）KAB-250或500千克或者1,100磅级KAB-5200高度智能精确性制导炸弹。 该机还预计将携带Kh-35YE（AST-20）反舰导弹和Kh-59UShK（AST-11）反波动导弹的进一步开发和改进型号。对于不需要隐匿攻击的任务，SU57可以在其六个外部硬件上携带商店。根据SU57相关设计师亚法瓦·达科说，SU57及其FGFA额外武器舱内可以安装布拉尔斯特超高速型巡航导弹是可能的; 由于布拉尔斯特的重量很大，只能携带一两枚这样的导弹。

Su-57配有两个38KUY多功能扩散式导弹，类似于Su-37计划中的装备。它还采用了NPP Zvezda K-36D-5弹武器综合调控系统和SOZhE-50火力支持系统，该系统由数据计算发生和调配系统组成。火力综合支持系统将使驾驶员每次可以执行长达9秒的火力倾泻行动，而新的VKK-17偏导套件将允许在高达23公里的高度安全地使用任何武器。