等位基因多态性控制流感病毒抗体的自身反应性和保护效果

撰文 | 望夜


抗体的多样性极高,据估计人体B细胞受体(BCR)库的规模可达1012数量级【1】。每种BCR有其独特构象及由抗体可变区(V)基因编码的抗原互补决定区(CDR)。抗体的多样性尤其体现在高度变异的CDRH3,常决定对抗原的识别【2】。某些高度变异的病毒,如人类免疫缺陷病毒(HIV)和流感病毒(IAV),可建立复杂的免疫优势等级(immunodominance hierarchies),阻碍靶向其易感的保守表位的广谱中和抗体(bnAb)的可重复扩展【3】,导致CDRH3-主导的抗原识别无法均匀触及整个抗原空间。另有一些人源bnAb依赖V基因编码的CDR结合抗原,产生可遗传重复或“公共”发育途径【4】,催生出种系刺激疫苗的开发,如最近报道的IAV疫苗设计【5】,通过理性设计的抗原选择性扩增某一谱系的bnAb。


依照系统发育关系和抗原特征,IAV可分为两个群(1和2)。IAV囊膜表面的血凝素(HA)是典型的I型病毒蛋白,其结构包括可变的头部区和相对不变的靠近囊膜的茎部区,后者带有一个保守的疏水沟槽可结合群特异的bnAb【6】。但在病毒感染或常规HA疫苗接种后,茎部区bnAb通常是免疫隐性的,需要理性设计的免疫原方可诱导出高滴度的茎部区bnAb。


人体中确实存在一类特异性靶向1群IAV HA茎部区表位的bnAb,由抗体VH基因IGHV1-69编码的CDRH2负责识别;非人灵长类中也有靶向该表位的类似VH基因。IGHV1-69具有多态性,编码的等位基因变异分为两类,区别在于CDRH2的54位为苯丙氨酸(F54)或亮氨酸(L54),该尖端关键残基负责与HA茎部区形成初始接触【7】。大部分人源IGHV1-69茎部区bnAb源于F54等位基因,当然在人体中也存在L54型茎部区bnAb,尽管其在B细胞记忆中被显著抑制,且在血液中的滴度更低【7】


为系统研究IGHV1-69基因在应对IAV感染中的差异,2022年8月10日,美国麻省总医院Ragon研究所的Daniel Lingwood团队在Immunity杂志上发表了文章Allelic polymorphism controls autoreactivity and vaccine elicitation of human broadly neutralizing antibodies against influenza virus。研究人员使用人源化小鼠探究两种等位基因在种系扩展中的差异,发现尽管它们都编码bnAb前体,但使用仅含茎部区的纳米颗粒疫苗免疫小鼠时,只有F54 IGHV1-69可产生有保护效果的血清bnAb;L54 IGHV1-69无法产生保护效果,编码无能的B细胞或自身反应性的茎部区抗体,无法产生免疫记忆。作者发现人源的茎部区抗体也显示L54依赖的自身反应性。




作者首先在公共数据库中检索发现L54等位基因的使用频率约为13%,且在不同人种间存在差异:对纯合子而言,各人口族裔显著地偏向使用F54/F54,但南非人更偏向带有L54/L54;杂合子中,包括南非在内的大多数人至少带有一个拷贝的F54。


那么两种抗体在表位识别上是否存在差异?F54 IGHV1-69茎部区bnAb此前已有结构报道【8】,确认主要通过CDRH2上疏水的I53和F54及CDRH3上的酪氨酸与HA茎部的Kabat位点(98-100)形成氢键相互作用。本文中,作者通过冷冻电镜解析两株不同供者来源的L54茎部区bnAb(310-39G10和310-63E6)结合HA的结构,发现两株抗体的轻链几乎不参与结合,主要通过VH结合配体:310-39G10主要通过CDRH2上的I53和CDRH3上的Y98参与结合;310-63E6的表位范围更广,重链的CDRH1、FR3和CDRH3均参与结合。结构对比发现,IGHV1-69抗体的结合角度是相似的,彼此重叠的部分正好是L54、F54识别的位点。


接着,作者使用带有纯合HC2基因座的人源化小鼠,评估疫苗免疫后的抗体产生差异。HC2将抗体限定于特定的VH基因,同时保证抗体CDRH3产生与人体中类似的多样性【9】。在本研究中,VH被限定于IGHV1-69*01 (F54) 或IGHV1-69*09 (L54),这是F54和L54等位基因常用形式。利用深度测序验证初始IgM BCR池,反映抗体CDRH3的长度分布和氨基酸组成。然后,作者评估两种等位基因产生在靶抗体的能力,使用3种IGHV1-69基因型的HC2小鼠——纯合子F54/F54、L54/L54,及杂合子F54/L54。通过特异识别F54基序的G6抗体染色,确认F54/F54小鼠中的BCR全部为G6+型,F54/L54小鼠中50%为G6+,而L54/L54不含有G6+BCR。随后,使用探针检测前体B细胞组成,发现F54 IGHV1-69的使用频率和数量都显著提升,尽管提升幅度较L54小得多。说明在靶频率的差异与非正常B细胞和T细胞的数目没有相关性,是由功能性B细胞亚群维持的。


接下来,作者使用仅含HA茎部区的纳米颗粒抗原SS-np免疫HC2小鼠,该抗原可在F54/F54基因型动物中诱导产生广谱的保护性反应【10】。作者发现,仅带有F54等位基因的小鼠可产生靶向bnAb表位的血清抗体,且可中和多种1群的IAV毒株,包括与免疫抗原同种的NC99 H1N1毒株、同亚型其他毒株(H1N1大流行毒株CA09)、及另一亚型毒株(禽源H5N1 VN04)。杂合子小鼠产生的bnAb中和活性降低,L54/L54小鼠中的bnAb中和活性最低。换用致死性H5N1禽源流感病毒攻毒,也可产生F54依赖的疫苗保护效果,而带有L54基因型时保护效果显著降低。


紧接着,作者发现L54型抗体比F54型抗体显示出更高的多反应性(polyreactivity),表现在与双链DNA、人源重组胰岛素和细菌LPS的反应水平升高。由于抗磷脂类抗体往往具备自身免疫性(autoreactivity)【11】,作者检测抗体对鞘磷脂、POPC(1-棕榈-2-油酰-3-磷酸胆碱)和心磷脂的反应能力,发现L54抗体对这些脂质的结合能力都显著上升,对Hep-2细胞的结合能力也增强。而将L54的差异氨基酸突变回F54(L54F、L54F/R49G、L54F/R49G/I56T),可削弱其多反应性和自身反应性。此外,作者还从人体外周血单核细胞(PBMC)中分离出F54和L54型在靶抗体,发现L54型抗体同样表现出广谱的多反应性及自身反应能力。


L54抗体的自身反应性是如何获得的?作者首先排除由于HA茎部区糖基化修饰诱导的可能。对SS-np进行去糖基化处理后,作者发现L54抗体的反应性增强,说明茎部区糖修饰自身不足以支持多反应性和自身反应性。其次研究B细胞发育过程的影响,分别评估骨髓中的未成熟B细胞、外周的过渡性和成熟B细胞。作者发现L54/L54和F54/F54基因型小鼠中各阶段的B细胞数目相当,但L54 B细胞表面IgM减少约50%,这种减少可以追溯至骨髓,在外周的过渡性T1、T2和T3亚群中持续存在,并最终导致L54 B细胞中受体触发减少。此外,研究显示,当抗体重链出现自身反应特征时,lambda链(IgL)的使用频率显著升高以改变受体多样性,促进免疫耐受【12】,作者在小鼠骨髓和脾的L54 B细胞中观察到IgL使用率升高。


那么疫苗扩增的L54 B细胞最终命运如何?作者继续检测SS-np疫苗免疫小鼠后抗原特异性B细胞的扩增情况,使用H1-HA和H5-HA作为探针进行流式细胞分析,发现F54基因型小鼠的B细胞可以扩增,L54/L54小鼠的B细胞起初可以扩增,但随后被清除掉。如果引入一条F54等位基因,即在F54/L54杂合小鼠中,茎部区特异B细胞的积累获得重建。进一步观察发现,小鼠每次接触SS-np时B细胞均会进入生发中心(GC),但不会在此积累,仅带有F54基因型的记忆B细胞获得积累,而L54/L54小鼠未能形成记忆B细胞。作者发现L54型克隆通过体细胞超突变(SHM)积累突变,增强其多反应性和自身反应性,暗示在外周存在一种免疫耐受和清除的基础。


记忆B细胞的清除似乎可以解释L54/L54小鼠中观察到的抗体二次应答减少的现象。为此,作者使用不同长度的HA抗原接续免疫IGHV1-69 HC2小鼠,包括全长HA的HA-np、SS-np、及仅包括三聚体受体结合区(RBD)的RBD-np,结果显示包含茎部区的免疫原(HA-np或SS-np)产生的IgG抗体滴度显著降低。


最后,作者尝试可否重建L54型的抗体反应。首先分析L54抗体上介导自身反应性的位点(L54/R49/I56),发现在前述L54抗体复合物结构中,这些位点或者发生突变或者不参与结合配体,即这些位点不影响抗体对1群bnAb表位的结合。而上述位点的变异也说明L54茎部区抗体在这些位点上可适应一系列的氨基酸突变,那么是否有些突变可以支持克隆赎回(clonal redemption)?答案是肯定的,前述310-39G10和310-63E6抗体就失去自身反应性,此外SHM也可消除L54编码的自身反应性。因此,尽管L54 IGHV1-69可编码具有多反应性和自身反应性的BCR,但可以通过生化方法将这类抗体其分离去除,且在某些情况下,可用SHM“拯救”这一谱系。作者进一步还发现,使用抗体阻断免疫调节受体CTLA-4可以重建L54的抗体对HA茎部区的二次应答。


回顾全文,作者利用人源化小鼠分析IGHV1-69诱导bnAb产生的过程,发现F54和L54型等位基因均编码针对流感病毒的人源bnAb;但仅F54型可产生疫苗扩增的高滴度bnAb。L54型IGHV1-69产生的是多反应性和自身反应性的B细胞,会被清除而无法产生记忆B细胞。免疫检查点抑制剂可以重建L54型IGHV1-69基因的抗体反应。因此,IGHV1-69多态性决定流感病毒bnAb的耐受性和疫苗可扩展性。



原文链接:

https://doi.org/10.1016/j.immuni.2022.07.006


制版人:十一



参考文献


1. Alberts, B. et al. The Generation of Antibody Diversity (Garland Science, New York, 2002).

2. Xu, J.L., and Davis, M.M. (2000). Diversity in the CDR3 region of V(H) is sufficient for most antibody specificities. Immunity 13, 37–45.

3. Altman, M.O., et al. (2018). Antibody immunodominance: the key to understanding influenza virus antigenic drift. Viral Immunol. 31, 142–149.

4. Henry Dunand, C.J., and Wilson, P.C. (2015). Restricted, canonical, stereotyped and convergent immunoglobulin responses. Philos. Trans. R. Soc. Lond. B Biol. Sci. 370.

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9. Sangesland, M., et al. (2020). A single human VH-gene allows for a broad-spectrum antibody response targeting bacterial lipopolysaccharides in the blood. Cell Rep. 32, 108065.

10. Amitai, A., et al. (2020). Defining and manipulating B cell immunodominance hierarchies to elicit broadly neutralizing antibody responses against influenza virus. Cell Syst. 11, 573–588.e9.

11. Delgado Alves, J., et al. (2002). Antibodies to high-density lipoprotein and beta2-glycoprotein I are inversely correlated with paraoxonase activity in systemic lupus erythematosus and primary antiphospholipid syndrome. Arthritis Rheum. 46, 2686–2694.

12. Luning Prak, E.T., et al. (2011). B cell receptor editing in tolerance and autoimmunity. Ann. N. Y. Acad. Sci. 1217, 96–121.

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