Physics Reports速递:非平衡态粗粒化建模

摘要

活性物质、响应性(“智能”)材料和时变负载下的材料,是偏离热平衡的系统。为了构建此类系统的粗粒化模型,需要对随时间演化的微观状态分布进行积分。这是一项具有挑战性的任务。作为这一主题的准备,8月19日最新发表于 Physics Reports 的综述文章首先回顾平衡态粗粒化方法,包括理论和数值计算,如投影算子形式化(projection operator formalism)、联合原子模拟(united atom simulation)、内存数值重建以及马尔可夫状态建模(Markov State Modelling);然后回顾了非平衡态粗粒化问题的理论方法的最新进展,特别是时变投影算子形式化、动态密度泛函理论和幂泛函理论(power functional theory),以及构建显式时变内存核的数值格式。

研究领域:多尺度建模,非平衡统计物理,粗粒化

论文题目:

Coarse-grained modelling out of equilibrium

论文地址:

https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0370157322001314

除了基本粒子物理学,物理学家几乎从不用微观自由度描述系统,而是依赖有效的粗粒化模型。通常使用这样的模型是合理的,因为研究的过程发生在较大的时间、长度和能量尺度上,可以明显地从微观尺度分离。然而,原则上,我们应该能够通过对底层微观动力学做积分,抛除掉无关的自由度,严格推导出每个有效的模型。粗粒化的任务,即是系统地整合微观自由度以推导出有效的模型。

我们之所以关注粗粒化,除了是希望严格地推导模型这一基本愿望,还因为经常会遇到这样的现象:尺度分离没有给出,只在一个尺度上有效的模型,其实际使用受到限制。然后我们就会求助于多尺度建模(multiscale modelling)。多尺度建模的概念应用于工程、物理和生命科学的许多分支,在教科书中却并没有唯一定义,而是被广泛用于一系列不同的数值方法。

因此,最新发表于 Physics Reports 的综述在计算物理的语境下讨论了建模和粗粒化,包括在生物物理学和材料科学中的应用。论文作者假设,研究者从哈密顿运动方程对给定系统的微观描述出发,并试图从某些有效自由度的角度获得关于系统演化的预测。

第一部分,第1节首先简要回顾布朗运动这一典型的粗粒化问题;

第二部分,2.1-2.5节回顾了平衡和稳态条件下粗粒化的理论方法,包括投影算子形式化(projection operator formalism)、非线性朗之万方程、投影算符和随机过程。2.6节给出了数值方法的简要回顾,主要用于软材料和生物分子的粗粒度模拟。

第三部分,3.1节涵盖了弛豫到平衡态的理论方法,包括动态密度泛函理论、时变投影算子形式化、一般 Fokker–Planck 方程;3.2节讨论了具有显式时变的传播子和可观测量的完全非平衡(full non-equilibrium)问题。

文章综述了幂泛函理论、构造非稳态内存核的数值方法,和非平衡马尔可夫状态建模方案。

图1. 典型粗粒化问题的布朗运动:溶剂颗粒(绿色小圆)的自由度积分得到溶质粒子(蓝色大圆)的有效运动方程

图2. 当一组原子被所谓的“联合原子”替代时,需要确定这些粗粒化单元之间的有效相互作用。

一般来说,这些相互作用是不可能精确计算的,需要近似方法。

图3. 生物物理中粗粒化模型的例子:生理盐水中的胰蛋白酶-苯甲脒复合物。

左:原子形式;右:以结构模体的方式呈现。


梁金 | 作者

邓一雪 | 编辑

商务合作及投稿转载|swarma@swarma.org
◆ ◆ ◆

搜索公众号:集智俱乐部

加入“没有围墙的研究所”

让苹果砸得更猛烈些吧!

发表评论
留言与评论(共有 0 条评论) “”
   
验证码:

相关文章

推荐文章