GenRAIT 利用 Filecoin 网络提高基因组数据的可见性、访问和存储


- GenRAIT为科学家提供了分析基因组数据、产生科学突破和大规模实验所需的平台,所有这些都在一个统一的生态系统中。在 GenRAIT 生态系统中,科学家在数据和分析流程方面保持完全的自主权和灵活性。

- GenRAIT 最初将在 Filecoin 网络上托管超过 100 TB 的基因组研究数据,并使科学家和研究人员能够上传他们自己的基因组文件,然后他们可以检索、分析并付诸行动。

- GenRAIT 目前使用开源接口Estuary将基因组数据上传到 Filecoin 网络,利用基于区块链的技术作为具有成本效益的存储解决方案。对于 GenRAITFilecoin 网络是一个 Web3 解决方案,可以随其数据扩展。

- 阅读完整的GenRAIT 案例研究。

生物技术领域的数据存储需求

自首次绘制人类基因组图以来的 20 年间,基因组数据呈爆炸式增长,估计每年产生 400 亿千兆字节的基因组数据。数据中心一直在努力容纳这些海量数据,并继续面对高存储容量水平和飞涨的价格。几家科学巨头已经探索了如何处理这一庞大的信息储备,但问题仍未解决——没有统一的生态系统使科学企业能够安全地存储、访问、共享、分析和使用这个垂直领域的独特数据。

GenRAIT Taylor CapitoRazib Khan Santanu Das 2021 12 月创立,是一个平台,可将科学家所需的架构、工具和数据放在手边,以便分析基因组信息、取得科学突破和大规模实验。该平台为具有端到端经验的科学家和研究人员提供了一个生态系统,通过高级分析涵盖数据管理,并且 GenRAIT 平台提供了与当今可用的其他分析平台不同的自主权。通过利用去中心化存储和其他 web3 技术,GenRAIT 架构促进并使用户能够在整个社区中安全、可扩展地共享数据。

GenRAIT 团队设想了一个世界,在这个世界中,每个人都可以使用基因组数据作为医疗保健的组成部分,贯穿所有主要生命时刻:生育、出生、疾病、预防、治愈和死亡。该公司的领导团队认为,基因组学可以开启个性化医疗和福祉的未来,GenRAIT 提供的解决方案为更广泛地获取基因组数据打开了大门。与现有解决方案不同,GenRAIT 并不倾向于采用黑盒方法,即一旦上传数据,研究人员就会失去对其数据的授权。在 GenRAIT 平台上,所有用户在整个过程中保持自主权,以便数据保持可访问性和可操作性。

科学界的数据量呈指数级增长,每个人类基因组每个文件都有数十(如果不是数百)千兆字节,迫使科学家压缩原始文件或只保存基因组的子集——这是一个巨大的损失. 通常,为了使用相同的数据,科学家必须重新排序(如果他们足够幸运还有样本),或者数据必须被丢弃。据估计,研究人员 80% 的时间经常浪费在“数据争论”上,只剩下 20% 的时间用于进行研究和分析,因此 GenRAIT 平台的一大重点是提供一站式商店来存储这些数据。GenRAIT 创始人相信,通过提供科学家存储和分析数据所需的工具,科学家可以专注于研究和创新。

GenRAIT 平台允许访问主动信息而不是被动信息

GenRAIT 的首席执行官兼联合创始人 Taylor Capito 在年轻时经历了一系列健康恐慌后,受到启发,决定改变基因组学行业。多年来,她一直在努力解决炎症性健康和自身免疫问题。在 20 岁的四次骨科手术和多次医院就诊的过程中,卡皮托自己对为什么会发生这种情况进行了一些研究。在与医生长时间会面并进行自己的研究和测试后,她形成了关于她的基因如何与某些触发因素相互作用的假设。她进行了纠正生活方式的改变,以改善她的健康状况。它奏效了,大约八年后,她身体健康,测试结果正常,她的人生观也完全改变了。

Capito 认为,由于她的科学背景、研究经验和医生家庭,她拥有其他人无法获得的机会。而且,虽然她自己能够查看她的数据,但她知道还有其他有类似健康问题的人没有那么幸运。在 Capito 主动对她的病情采取纠正措施后,她意识到,如果基因组数据的力量能够得到释放,个人将有巨大的潜力来更多地了解他们的健康挑战。

凭借她在技术行业的经验,Capito 希望有所作为并改变预测和预防医学的进程。她认识到基因组数据的力量,并打算让 GenRAIT 为科学家释放这种潜力。为此,泰勒还计划让数据更易于访问。这就是 Web3 的用武之地。

启用安全存储检测

GenRAIT 构建了自己的 Web3 管理层,但发现传统的云存储提供商要为存储数百和数百 TB 的数据付出高昂的代价,更不用说高额的出口费用了。在搜索基于 Web3 的解决方案时,GenRAIT 找到了 Filecoin 网络。创始人立即发现在 Filecoin 网络上存储是负担得起的,即使对于生物技术大小的文件也是如此,并且是存储这种改变生命的数据的有前途的解决方案。

GenRAIT 通过去中心化存储开始其工作,将非敏感社区数据上传到 Filecoin 网络,稍后它将扩展到更高风险的基因组研究数据。GenRAIT 平台旨在为科学家和研究人员节省时间和金钱,同时提供端到端的安全性和可访问性。Filecoin 网络将成为 GenRAIT 的非敏感基因组学和科学研究数据的默认存档,为公司大规模存储数据提供解决方案。

“我们希望科学家保留他们的数据,而不必删除它;我们还希望创建一个系统,让他们能够使用他们的数据,而不是像当前许多解决方案那样抑制基因组数据的使用,”Capito 说。“为了启用该系统,我们认为像 Filecoin 这样的解决方案在扩展人类基因组等大型数据文件的存储方面具有开创性。”

GenRAIT 目前正在 Filecoin 网络上加载超过 100 TB 的数据,并希望在未来,个人和医疗保健提供者可以上传文件,然后他们可以检索并付诸行动。这前 100 TB 只是 GenRAIT 利用 Filecoin 网络工作的开始,GenRAIT 预测之后还会有更多。

Capito 说:“我们已经实现了无缝的数据摄取,客户、Filecoin 和云之间的通信以一种安全和加密的方式进行。我们将 Filecoin 等存储解决方案视为数据可以增长的未来的推动者。我们认为,研究人员需要这种现代化的存储解决方案来激励他们存储数据,使他们能够正确使用数据进行最丰富、最强大的实验。我们看到了 Filecoin 网络的美好未来,并认为 Web3 的未来是光明的,因为它具有数据存储的扩展潜力。”

GenRAIT 团队

GenRAIT 的创始团队拥有多元化的互补技能,这些技能专为该领域量身定制,涵盖产品、业务、科学(核心客户理解)和技术。该团队的 CTO CEO 有着共同合作并解决有趣问题的良好记录。

首席执行官 — Taylor Capito — 在识别技术和产品开发方面的差距和构思解决方案方面经验丰富。她领导了大数据和生产力方面的计划,并召集了合适的人来构建和启动它们。正如上面的文章所述,不仅仅是激情,而是需要驱使她解决这个问题。

首席技术官 — Santanu Das — NASAVerizonPalo Alto Networks Cisco 任职,担任 ML/AI 和基础设施工程领导者。Santanu 领导的团队、构建产品和构建系统都专注于发现。他对数据和发现充满热情,他希望使科学家们需要的相关数据和技术的访问民主化,使他们能够取得突破。

CXO — Razib Khan — 有成就的遗传学家曾在 EmbarkFamily Tree DNA 和其他几家遗传学企业工作作为基因组学社区的作家和公众人物,具有广泛的行业影响力。作为一名遗传学家,Razib 经历了GenRAIT 希望解决的许多挑战。他认为,解决这些问题将为人类带来更光明的未来。

长途合作伙伴

GenRAIT 已经在 Filecoin 网络上看到了其开源和非敏感科学研究数据用例的成功,以及现在可以负担得起的大量数据加载的可能性。随着公司进入更敏感和医疗保健用例,GenRAIT 看到 Filecoin 网络和其他Web3 技术的强劲增长前景。

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