ACS Catal.│含有锰原卟啉IX的P450通过激活分子氧生成化合物I的锰类似物

今天推送的文章发表在ACS Catalysis的“A P450 Harboring Manganese Protoporphyrin IX Generates a Manganese Analogue of Compound I by Activating Dioxygen”,通讯作者为名古屋大学研究生院化学系的Osami Shoji。

P450作为合成化学领域有前景的生物催化剂而受到越来越多的关注,因为它们可以催化大量具有挑战性的氧化反应,包括区域选择性和立体选择性激活一系列非活性C-H键在P450氧化反应中,由天然铁卟啉辅因子(血红素)生成的活性物质Fe(IV)-氧代卟啉阳离子自由基通常称为“化合物I”。由于化合物I的反应性高度依赖于辅因子的物理化学性质,在许多研究中已将血红素与合成卟啉进行交换,以调节P450的性质。将几种合成金属络合物,例如铱、锰、钴、钼、锌、和铝卟啉,引入P450s的血红素结合位点,特别是铱卟啉被证明赋予P450s非天然活性。然而,这种方法通常伴随着P450s原始氧化功能的丧失,仅有少数关于替代P450中的血红素保留天然氧化反应的报道,且没有一个表现出与野生型酶同等的活性。只有有限数量的含锰人造金属蛋白对C-H活化反应具有活性。光谱分析揭示了在Mn-PPIX重组的P450cam和HRP中,添加氧化剂后形成了Mn(IV)-氧代卟啉物。已知这种 Mn(IV)-氧代卟啉物对C-H活化反应的活性显着降低,可以解释为什么锰取代的 P450 对 C-H 活化的活性降低。

与大多数报道的锰取代血红蛋白不同,作者在之前的研究中显示含有Mn-PPIX (Mn-BM3) 的全长P450BM3保留其对氧化C-H的活性,表明Mn-BM3可以激活分子氧。尽管之前的结果表明形成了以锰为中心的活性物质,但其详细的反应性尚未得到充分研究。在这项研究中,作者测试了Mn-BM3的反应范围,并结合自由基时钟实验和DFT研究获得了对其活性氧物的机理见解。

Mn-BM3的制备及其催化活性

作者开发了一种方法来制备包含非天然辅因子的全长P450BM3,使用转肽酶分选酶A将重组的血红素结构域与其还原酶结构域融合(图1)。如果与P450BM3的还原酶结构域融合,Mn-PPIX可能表现O2活化活性。用Mn-PPIX重构的BM3血红素结构域的光谱与其他报道的光谱相同,意味着Mn-PPIX在活性位点与半胱氨酸连接。且Mn-BM3在O2存在时显示单加氧酶活性,在O2不存在时没有活性;也就是说,Mn-BM3需要O2才能进行催化。

为了进一步支持溶解氧在催化过程中的作用,以环己烷为底物进行了18O标记实验(图 2)。GC-MS分析表明18O被掺入羟基化产物(环己醇)中,证明Mn-BM3以与天然P450相同的方式催化O2活化/羟基化反应,且还原酶结构域作为电子介质以与天然含血红素的P450BM3相同的方式激活O2。Mn-PPIX结合BM3血红素域 (Mn-BM3h)的还原电位也支持域间电子转移的可能性。Mn-BM3h的还原电位相对于标准氢电极为-302 mV,足够允许电子从FMN域转移(表1)。

为了测试Mn-BM3的活性物质的反应范围,作者制备了I401P突变体,据报道它对各种非天然底物表现出更高的反应性。结果发现Mn-BM3的I401P突变体对天然底物类似物10-pNCA 的催化效率高于野生型Mn-BM3,因此I401P突变体适合后续研究。对I401P突变体的晶体学分析表明,活性位点结构与野生型Mn-BM3的报告结构相同(图3)。

为了进一步提高对各种非天然底物的反应性,作者采用了先前报道的底物类似物(诱饵分子)。据报道,诱饵分子可激活P450BM3氧化非天然底物,例如乙烷、苯、环己烷和苯乙烯,并调节前手性底物的立体选择性。在诱饵分子存在的情况下,Mn-BM3 I401P对多种底物表现出活性,能够催化硫代苯甲醚的磺化氧化、苯乙烯的环氧化以及脂肪族、芳香族和苄基 C-H键的羟基化(图4)。Mn-BM3 I401P还能够催化乙烷的羟基化,这一反应因高C-H键解离能而具有挑战性。这意味着Mn-BM3 I401P的活性物至少与天然P450BM3 (Fe-BM3)的化合物I一样具有活性。

自由基时钟实验

为了获得有关活性氧物的更多信息,作者使用自由基时钟1-甲基-2-苯基环丙烷1和去甲卡拉烷2进行了实验。当化合物I从1的甲基中提取一个氢原子时,环丙基甲基自由基 [1a•] 经历快速自由基重排,形成重排中间体 [1b•](方案 1)。由于Fe-化合物I的OH重组过程与自由基重排一样快,因此得到了未重排的1a和重排的1b产物。根据未重排/重排产物 [U]/[R] 的比率,可以估计C-O键的形成率(rebound ratekrebound)和底物自由基的平均寿命(自由基寿命 τ)。

作者进行了全长Mn-BM3 I401P与自由基时钟1的反应,并观察到产物1a和1b;然而,1b 与1a的比率高于野生型Fe-BM3及其I401P突变体。重排产物1b形成的增加证明了Mn-BM3 I401P的活性物以与包含Fe-BM3的含血红素的P450相同的“H原子提取/•OH重组”方式进行羟基化反应。Fe-BM3 I401P的平均自由基寿命要比Mn-BM3 I401P短得多(表2)。

在合成锰卟啉催化的氧化反应中,通常观察到相对缓慢的rebound过程,这归因于Mn(V)-氧代卟啉物。先前的研究对•OH与Mn(IV)-OH和Fe(IV)-OH的转移反应进行了比较研究,证明•OH转移率因中心金属(铁和锰)而异。本研究的实验结果表明,仅通过将中心金属从铁更改为锰即可显着改变rebound反应速率。作为Mn-卟啉的活性物,已知在添加过氧化物时会生成Mn(V)-和 Mn(IV)-oxo。众所周知,许多Mn(V)-ox能够通过“H原子提取/•OH重组”对C-H键进行羟基化。相比之下,据报道Mn(IV)-氧代卟啉物与 Mn(V)-氧代物不同,可能通过非rebound途径进行氧化反应。反应机理的这一特性支持了Mn(V)-oxo参与了Mn-BM3的反应。基于获得的结果和先前报道的Mn-oxo物的反应性,作者描述了由Mn-BM3 I401P催化的羟基化反应的合理机制(方案2)。

随后进行了与去甲卡拉烷2的反应(方案3,表3),观察到未重排产物2a和自由基重排产物2b,而没有观察到离子C-H裂解后通过阳离子中间体形成的七元环产物。从2a和2b的比率来看,Mn-BM3的自由基的平均寿命也明显高于野生型Fe-BM3。

此外,观察到的Mn-BM3 I401P的rebound率快于报道的Mn-卟啉。与报道的合成锰卟啉相比,这种更快的rebound速率可能是由于P450BM3的狭窄反应空间阻碍了自由基笼的逃逸,因此加快了rebound速率。这一假设与之前的研究一致,表明P450s的rebound过程受底物结合方向的影响。诱饵分子调节P450s中活性位点腔的形状和大小,从而影响自由基时钟底物的结合模式。基于这些结果,作者引入了F87A突变(图5),它增加了活性位点腔的大小。预计这会导致 2结合不那么紧密,从而导致rebound速率下降。如预期那样,Mn-BM3 I401P的F87A突变体的自由基寿命增加了三倍(表3)。此外,该实验表明,可以通过修改活性位点腔来控制自由基寿命。由于rebound速率的微调对于开发杂原子rebound速率反应(例如卤化反应)的催化剂具有重要意义,这些发现将有利于发展人工P450催化杂原子rebound反应。

计算研究

尽管对锰卟啉的反应性进行了大量的计算研究,但对硫醇盐连接的锰卟啉的计算研究却很少。基于激进时钟实验提出的“H 原子抽象/OH 重组”机制,作者对Mn-BM3进行了密度泛函理论 (DFT)计算(图6)。该计算研究在巯基甲基连接的Fe/Mn-卟啉系统上进行,该系统近似于实际半胱氨酸连接的铁/锰-原卟啉IX系统。先前对Mn(V)(OH)oxo porphyrin系统的研究报告了闭壳单重态基态,而作者对Mn(V)(SCH3)oxo卟啉系统的计算研究表明了五重基态,这可能是由于硫醇盐配体的给电子性质。

在rebound步骤中,Fe(IV)-羟基卟啉物质在其二重态显示出几乎无屏障的通路,在其四重态显示出小的反应能垒,这被称为“双态反应性”,这归因于其超快的rebound过程。相比之下,Mn(IV)-羟基卟啉需要更高的活化能(五重态为5.4 kcal mol-1,三重态为13.1 kcal mol-1),这与在自由基时钟实验中观察到的缓慢自由基rebound一致。

DFT研究还表明,在H原子提取步骤中存在潜在的系统间交叉途径,对于Mn(V)-oxo的三重态,计算的活化能垒为ΔΔG = 18.3 kcal mol-1,比四重态低10.2 kcal mol-1。因此,预计H原子提取步骤将发生在三重态。然而,这种三重态的rebound能垒比五重态高7.7 kcal mol-1,这表明硫醇盐连接的Mn-卟啉可能通过系统间交叉发生三重态/五重态转变以最小化活化能垒。尽管如此,Mn-oxo在rebound步骤中经历了更高的活化能,因此这项计算研究与在自由基时钟实验中获得的结果一致。

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