康熙二十五年（1686年）七月，第二次雅克萨之战爆发。清黑龙江将军萨布素率2000大军，分水陆两队向再次盘踞雅克萨的沙俄入侵者发起猛攻。几乎与此同时，康熙皇帝继续向俄国政府提出举行谈判的建议。清军进抵雅克萨后，在城外挖掘壕沟，构筑堡垒等防御工事围困城中之敌。从城中出击或突围的沙俄军队多次被清军击溃。清军围攻雅克萨长达两个月，双方发生过好多次激烈战斗，沙俄入侵者内缺粮草，外无援兵，死伤惨重，就连匪首托尔布津也被清军击毙，最后只剩100多残兵败将龟缩在城内困兽犹斗，苦苦支撑。清军已经准备发起最后的强攻，取得彻底胜利已经指日可待了。

迫于清军强大的攻势，俄方不得不答应康熙的建议，同意通过谈判和平解决边界争端问题。清军接到命令，于这年12月10日主动撤围，等待两国谈判的结果。

双方各自委派全权代表进行过多次谈判，作为胜者的康熙授意清方代表作出了一些让步，目的是安抚贪得无厌且侵略成性的沙俄，以便腾出手来彻底解决漠西厄鲁特蒙古准噶尔部头领噶尔丹发动的武装叛乱。康熙二十八年（1689年 ）9月7日，清俄双方达成了和平解决边界问题的协议，这就是著名的《尼布楚条约》。据说这是清代对外签署的唯一一份平等条约。然而，从内容以及具体细则看，康熙在清军大获全胜的有利形势下却对沙俄作出了极大的让步，或曰让利。

条约规定，两国以外兴安岭至鄂霍次克海、格尔必齐河至额尔古纳河为界，确认了黑龙江与乌苏里江流域都是中国领土。清朝将尼布楚地区以及原属中国的东西伯利亚广袤之地划给了沙俄。条约的内容，曾用满、汉、蒙、俄、 拉丁5种文字镌刻成界碑，耸立在中俄边界上。

东西伯利亚本为中国属地，举世闻名的贝加尔湖就在其南部，该湖号称世界第一深湖、欧亚大陆最大淡水湖，面积为3.15万平方公里，平均水深730米，水产资源丰富。

贝加尔湖在中国古文献中被称作北海，曾是中国北方各游牧民族的主要活动地区，汉朝时“苏武牧羊”的故事就发生在这里，清朝时这片地区短暂为其辖地，《尼布楚条约》签订后，东西伯利亚以及位于其南部的这片巨大的、取之不竭的优质天然淡水资源都归了沙俄。直到今天，贝加尔湖地区的主体民族仍以蒙古族的支系布里亚特人居多。

从《尼布楚条约》签订的时代背景看，其实清朝占尽优势，康熙“以打促和”的战略手段已经基本实现，但是表面平等实则“吃亏”边界条约的达成就在于两国对出海口重要性的认知以及国策、最高领导人眼界有所不同或差异巨大，沙俄之所以能从东欧一路扩张到东亚，其实和其一向孜孜不倦地往东西方向寻找出海口有关，竭力从对外军事扩张以及海外贸易上获取利益，所以逐渐走上了一条东征西伐的殖民崛起之路；而封闭保守的清王朝则认为原属黑龙江的雅克萨以及东西伯利亚地区本为荒凉苦寒的不毛之地，对一个闭关锁国、能自给自足的古老封建农业帝国来说，无法耕种还要派兵守护的极北荒僻之地其实本无关紧要。

可以这么看，雅克萨之战的结果表明当时的清朝综合国力暂时比沙俄强；而《尼布楚条约》的签订，预示着沙俄很快就会迎头赶上并彻底超越满清。