明朝中期以后，政治日益败坏，尤其是神宗即位，名相张居正病故后，君黯臣佞，宦官当道，以致政治黑暗，军事衰败，财政拮据，而苛征暴敛益形繁重，由于明朝国力渐衰，崛起于关外的满洲贵族也逐渐不服明朝中央政府的管辖，以致成为对明朝的威胁。面临这种国事日非的形势，以顾宪成为首的东林党人，发起东林大会，制定《东林会约》，规定每年举大会一、二次，每月小会一次。东林初兴，本以标榜气节，崇尚实学为目的，他们打击阉党，抨击时政，对于扭转士风起到积极的作用。然而，当顾宪成等人在东林书院讲学议政，影响力日大之时，另一批官僚，也逐渐按籍贯或身份形成若干“党”，比如山东人的齐党，湖北人的楚党，安徽宣城人的宣党，江苏昆山人的昆党，而以浙江人的浙党声势较大。浙党首领沈一贯、方从哲先后出任过内阁首辅。他们在当权期间，依附皇室、勋戚，交结宦官，不断排斥官员；齐、楚、浙、宣、昆等党的重要人物都官居要职。他们为保持自己的权位，以攻击东林党为首务，东林党人则一再抓住对方的弊端加以参劾，于是出现了历史上有名的明末党争。

东林党与对立各派之争，围绕是否拥立朱常洛为皇太子这条主线，在“梃击案”、“红丸案”、“移宫案”三案中激烈争斗。由于东林党人威胁到其他非东林党人的利益，斗争由原来的阁部之争和门户之争逐渐演变为党派斗争，规模进一步升级，性质更加严重，影响也更加恶劣，明代政争急剧恶化。东林党人代表了当时江浙商人和地主豪强的利益，反对朝廷向工商业者收税，并借着崇祯帝清除魏忠贤势力的时机，取消或降低各种税种的税负时，使得明末的财政收入来源更加单一，朝廷的税收来源更加依赖于普通的农民，再加上当时各种天灾不断，造成了大量农民破产，形成大量流民，直接导致了明末的农民大起义。

明亡后，清朝政府和一些明朝遗老，常给以东林党为首的明末党争扣上“明亡于朋党之争”的帽子。这种论调几乎成为近代以来一种主流观点。连出自民主西方的《剑桥中国明代史》也认可了这种观点：“东林支持者抵制任何基本制度上的或财政上的改革观点：他们认为技术性的解决办法过去不成功，也不可能成功。因为他们偏爱行政改革的空想，他们的运动在体制意义上可以被认为是倒退了一大步，是从高拱和张居正所采取的立场的重大退却。”有近代学者在《东林党新论》一文中称：东林党人“从不曾提出过救治国家的政纲”，“长于内争，短于治国、治军”，“他们与齐、楚、浙三党及阉党残余的区别之处，仅在于东林误国，而东林的对立面则害国”。而学者邱以宁在其《风雨如晦，鸡鸣不已：从文化角度看晚明东林党人》一文中认为：“在现实的经验操作过程中，东林党壁垒森严的门户之见，以及意气用事，挑起了晚明剧烈的党争，既给自身带来了毁灭性的打击，也给国家、民族造成巨大的负面影响”。然而，客观而言，明末党争既是一起政治事件，又是一种文化现象。它虽然发生在晚明时期，但无论对当时还是后世都曾产生过深远影响。许多年来，学界一直把它视为明史研究中的重要课题而倍加关注，有关撰述也不绝。推崇它的赞誉为文化盛举，诋毁它的斥责为讽议朝政。而《要略》以为，明末党争之本质，在于刚刚觉醒的士林对近两千年封建专制君权的“自发性”限制和抵制。无论东林党还是其余各党派，均以推翻帝制、推翻皇帝专权、反对内阁专权为己任。君可则臣不可，君不可则臣可，皇帝无论做什么，都一致反对。强力命令、不干杀头的则消极怠工，皇帝无可奈何。明朝的“非君”行动，其实质是为了限制皇帝的权威。然而，明末党争中出现的最重要问题，是各学术思想派别林立，还没有整合出一整套反专权的思想理论体系，以及在实际运用中的经验累积。毕竟中国的专权政治，已经维持2000年之久，根深蒂固，极难动摇。明末的一切特征都显示出一场轰轰烈烈的反帝反专权斗争正在孕育。而所谓“党争亡明”之论何以产生呢？其根本原因，在于清朝取代明朝统治之后，为维护其一族之治，为争取明朝遗民的支持，尤其是为了证明明朝统治的“昏庸”和“无能”，为了给其“有效统治”和“钳制舆论”寻找合理注脚和理由，而有意为之的“伪命题”。