“就在这1578年万历十五年，辽东巡抚注意到一个建州酋长正在逐渐开拓疆土，吞并附近的部落。他察觉到养虎将要贻患，就派兵征讨，但是出师不利。他认为失败的原因，在其部下开原道参政不照命令行事，而坚持七个人改剿为抚的主张。

巡抚参劾这参政的奏折一到北京，被参者反而得到了京中检察官的同情，他们又出来参劾这位主剿的巡抚。申时行认为这完全是一件小事，不值得引起内外文官的不睦；所以他又以和事佬的身份出面调停，建议皇帝视双方的互相参劾业已彼此对消，也不再作是非可否的追究。

于是这位酋长今后得以为所欲为，而且还能够继续利用本朝内外官员的不和来发展他自己的千秋大业，此事后话，也不再本书叙述范围之内。这位酋长并非别人，据当日记录称，他名叫努尔哈赤。若干年之后，他的庙号为清太祖。”

这件不在书中讲述范围的事件，就是以后导致明朝覆灭，清朝崛起的种子。

历史长流内的细枝末节，往往容易衍生成巨大的变动。《万历十五年》抒写的主旨明朝文官制度和中央权力失衡的论证。往往为官者，特别是高层设计者，是否耳聪目明，是否心明如镜，从细枝末节判断处理方法，都会影响到整个国家的命脉。

在此处，申时行明显地没有远见的眼光，洞察不到事件的往后发展局面。他关注的还是如何让文官与皇帝之间如何权力平衡，国家机构平稳操作的处理。张居正的彻底改革行不通，申时行的“和稀泥”也行不通，没有办法从根本上解决明皇朝的危难。

此时的明朝，或许像被白蚁蛀咬的参天大树，外面看起来还是绿叶满冠，实则只是外强中干的空心朽木。与其说努尔哈赤得到了天赐的时机，倒不如说朱氏皇朝早已把摧毁的时机拱手相让；与其说努尔哈赤摧毁了大明，倒不如说大明造就了努尔哈赤。