其实在元末农民起义爆发没多久，元朝就已经大势已去了。你别看烽烟四起挺热闹，其实都是江南的起义军们自己打来打去，几个造反头子很容易就从元朝手里抢来了大量地盘。有了地盘之后没有一个人想着北伐中原，反而都是咬着牙必须把同行们干掉，否则北伐后不好分赃，反正此时的大元朝廷也无力南征，什么时候打都行。

经过几番兼并收购，张士诚、陈友谅、方世珍这些人纷纷退市，朱元璋成为绝对控股人。而在南方朱元璋陈友谅打的天昏地暗的时候，北边的元顺帝在干嘛呢，一个鸟样，也在闹内讧。等到朱元璋开始北伐，没怎么抵抗就逃走了。对他们来说，反正也不是自己的地方，占了这么多年也算是够本了，逃走也不丢人，大片的草原在向他招手。元顺帝一逃走，驻守在西北、西南、东北一带仍有元将也没什么心思死磕了，基本上明军一来就放弃抵抗了。

不过那些蒙古贵族好歹是带着文武大臣，整建制的退回大漠，除了地盘和子民其他东西都还在一件不少。所以大元帝国的名号还留着，维持了二十多年，史称“北元”。赵匡胤说得好，卧榻之侧岂容他人酣睡，明朝决意彻底消灭元朝残余,便派遣徐达屡次率军征讨北元。

1388年,大将蓝玉率领十万明朝大军，在合勒卡河和克鲁伦河之间、贝尔湖南岸大败脱古思的军队，北元的各位王爷，还有平章以下官员三千多人，加上军士七万余人被俘，主将脱木思帖木儿逃走后被其部将缢杀。要是成吉思汗知道自己的子孙熊成这个样子，估计得从棺材里蹦出来。在中国平原干不过起义军，你有粮饷、地形、指挥等一系列因素，虽然丢了地盘但有情可原也没多大损失。可这是在草原啊，你们的老家主场作战，这可是当年成吉思汗扬名立威的地方，一帮蒙古骑兵干不过农民军，实在是丢人。

这次的失败使黄金家族颜面扫地，忽必烈一系的残元政权丧失了在蒙古人中至高无上的地位,以至于大多数蒙古部落宣布脱离它而自立。1399年,分布在叶尼塞河上游沿岸的乞儿吉斯部首领贵力赤,否认了最后一任残元皇帝孛儿只斤·额勒伯克的宗主权,将其打败并杀死,取得了统治各部的霸权。至此,苟延残喘了29年的残元政权灭亡了。

不过塞北到底是蒙古人的发源地,此处适合蒙古游牧骑兵活动，明军虽然可以击败他们的军队，但不可能彻底消灭蒙古人的势力。终明朝二百余年,汉人与蒙古人始终处于南北对峙的状态。后来,塞北蒙古人分化为鞑靶和瓦刺两部,与明朝时战时和。

直到明朝末年,蒙古部落分为三部分，被女真族努尔哈赤相继征服，在大清康熙年间，康熙皇帝清除贵族势力，蒙古便再一次统一，但是失去统治贵族后，再也翻不起什么大浪了。这也算是报了当年蒙古攻打金国，逼死金哀宗完颜守绪的大仇了。

北亚的蒙古人，是彻底消停了。而早年随成吉思汗西征的蒙古人攻取中亚、西亚、东欧一带后,试图向埃及和西欧进军。埃及和西欧诸国奋勇抵抗,蒙古人进攻受挫,势力没有向非洲和西欧扩张。后来, “四大汗国”各自为政,彼此既有联合,又有矛盾,除金帐汗国外的其余三汗国，于14世纪因内外交困而被突厥人建立的帖木儿帝国消灭,蒙古人与当地各民族融合在一起。

统治区域在今俄罗斯、乌克兰一带的金帐汗国由于国内矛盾重重终于在15世纪末灭亡,分裂为克里米亚汗国、阿斯特拉罕汗国、喀山汗国、西伯利亚汗国等,直到16世纪被崛起的俄罗斯帝国摧毁。本来过去的蒙古人就很少，再加上分配带这么打的一片区域，没过多久就彻底消失了。就这样,这个横跨欧亚大陆称雄多年的大帝国最终烟消云散,只留下蒙古高原上那些住着蒙古包的汉子们，吟唱着祖先的荣耀和光芒。