1948年10月底，国民党国防部参谋次长林蔚秉承蒋介石旨意，计划在长江以南组建30个新军。深受蒋经国器重的贾亦斌，担任“国防部预备干部局陆军预备干部训练第一总队”（简称“预干总队”）总队长。蒋经国希望这支部队成为拱卫蒋家半壁江山的核心和骨干。一贯反对内战的贾亦斌，则早已决心同蒋家王朝分道扬镳。

1948年底，贾亦斌与中共中央上海局接上联系。1949年初，辽沈、淮海、平津三大战役已先后结束。预干总队是蒋经国的嫡系部队，如果在蒋统区的心脏宁沪杭地区起义，政治影响极大；并可以打破蒋介石建立30个新军的计划，对解放军渡江作战，起到配合策应的作用。而就在预干总队起义准备工作逐步深入时，蒋经国派亲信江国栋暗中调查贾亦斌。1949年3月初，蒋经国从溪口打电话明令贾亦斌去见蒋介石。3月中旬，国防部正式下令，将贾亦斌所任三个职务（预干局代局长、预干团团长、预干第一总队总队长）全部撤掉，调为国防部部员。此举是敌人抢先动手的信号。

但预干总队是贾亦斌一手组织起来的队伍，全队4000名学员愿跟着他赴汤蹈火。1949年4月初，上海地下党决定发动预干总队起义，以策应大军渡江。4月3日凌晨，贾亦斌秘密抵达嘉兴。因出现奸细，起义机密泄露，贾亦斌当即决定4月7日凌晨起义。

起义部队刚出发，国民党国防部和京沪警备总司令部就得知情报。蒋经国“为此痛哭流泪向乃父检讨”，蒋介石气得暴跳如雷，痛斥其子“无能”、“用人失策”。蒋介石手令国防部调兵遣将，以几十倍的兵力对起义部队设下重重包围。嘉兴起义失利后，预干总队除一部分牺牲，一部分失散逃脱外，大部分官兵被俘，押回嘉兴原地，被重新编队。这个部队最后被编为厦门要塞守备部队，在解放军进攻厦门时再度起义，为厦门的解放发挥了作用。