朱元璋百万子孙的说法，应该是有些夸大了，但最保守估计到了明朝崇祯末年，朱姓皇族几十万的人口规模也是有的。在杀戮朱家子孙的动机上，李自成多是因为赤贫农民和皇族的阶级矛盾，满清则是出于对前朝皇室复辟的政治防范。

朱姓皇族优厚待遇造就的国家财政负担、阶级矛盾。朱元璋出身贫苦家庭，早年的困顿使得他在登临皇位后，对家族子孙给予了很多优厚的政治经济待遇。亲王、郡王、镇国将军、辅国将军、奉国将军、镇国中尉、辅国中尉、奉国中尉，一级级下来每一代都有丰厚的物资供应。朱棣靖难成功后，剥夺了藩王的军权，也不许他们参加科举进仕途，甚至日常活动都有朝廷官员的监视，但在经济待遇上却依旧优待。

这些王爷、将军们饱食终日、无事可做，浑身的精力都放在了生儿育女上面，于是朱家的子孙数量呈几何级模式增长，他们的日常供应造成了明朝严重的财政负担。对土地的大量占有，和在盐引等方面的经济特权，使得皇族成为与地主、官僚一起兼并土地、占据社会财富的重要群体，农民阶级对其积怨日益加深，皇族成为了农民起义军最具标志性的革命对象。

李自成等各路农民起义军杀宗室泄民愤、抢占财富。200多年以来，分散在全国各地的宗室藩王积聚了大量的财富，宏伟的王府、巨大的财产使得藩王们很容易成为起义军们攻击的目标。比如万历皇帝的儿子福旺朱常洵，民间流传他被起义军抓住后，李自成将他洗卦干净，和一头鹿一起放到大锅里炖煮后和将领们分着吃。 无论“福禄（鹿）宴”的真实性如何，但其中反映的农民阶层对宗室藩王的痛恨，却是确实无疑的。

另一个农民起义军杀藩王的重要原因，就是为了掠夺他们的巨额财富。为了获得陕西以外地区农民队伍的广泛支持，李自成做出了不向农民征税的承诺，于是就出现了“闯王来了不纳粮”的口号。但是养兵、作战都是日费斗金的事，不征税就只能通过从宗室、地主、官僚手中掠夺的方式获取军饷，而财富最多的宗室藩王则是最佳的掠夺对象。

满清朝廷为巩固政权稳定，对前明皇室斩草除根。清兵入关定都北京后，足足花了17年才平定南明的弘光、隆武、鲁王、绍武、永历诸个割据政权，对于有着极大号召力的前明皇室子孙，满清朝廷历来十分忌惮，视其为必须铲除的潜在政治敌对势力。

除了早期被清军俘获、被诱降杀掉的弘光皇帝朱由崧、隆武皇帝朱聿键、永历皇帝朱由榔以外，最有名的就是躲过战火、隐姓埋名活到花甲之年的崇祯皇帝的朱三太子，但即使是这样一个毫无谋反之心的老头子，康熙也放心不下他身体里的朱姓血统，下令斩草除根杀了全家祖孙三代。

有必要指出的是，李自成和满清杀掉的大多数是高层的藩王和南明政权的皇帝，其余家道中落的皇族成员由于没有政治号召力和财富实力，并没有成为攻击杀戮的对象。顺治时期清廷以诏令的形式终结了前明皇室的经济特权，雍正皇帝又扶植出一位朱姓后裔封为“延恩候”，算是延续了朱元璋的香火。