189年，董卓废汉少帝刘辩，立时年9岁的刘协为皇帝。从此，刘协开始了他作为傀儡皇帝的漫长生涯。刘协登基后，董卓自封为丞相，后又加封为太师，完全控制了中央政权。

第二年的春天，各地的州郡牧守以讨伐董卓的名义纷纷起兵。由于起兵的州郡都在关东，所以叫“关东联军”。很多地方豪强都响应了这次起兵，带着自己的私兵万里相赴，自此正式拉开了东汉末年军阀混战的序幕。关东联军共推渤海太守袁绍为盟主，从北、东、西三面来包围洛阳。董卓因受关东军的威胁，挟持刘协由洛阳迁都长安。

二年之后，192年董卓被吕布刺死。董卓死后，朝政由王允、吕布二人把持，刘协还是一个傀儡皇帝的。王允得手后，骄傲自满，加上气量狭小，未能维持住关中的局势。不到一个月，就被董卓残部李傕、郭汜等人击败吕布，占领长安，杀死王允，控制了东汉政权。

195年，李傕杀樊稠而与郭汜在长安城中各自拥兵相攻。刘协派尚书、侍中去为李、郭二人和解，二人不从。为了争得政治上的主动权，郭汜阴谋将刘协劫持到自己的军营，不料未等郭汜下手，消息已经走漏，李傕抢在前面，派兵将刘协、皇后、宫人及大臣们劫去。李傕、郭汜相攻数月，死者万数，长安城几乎变成一片废墟。不久，刘协在原李傕部将杨奉、牛辅部曲董承等的护卫下，摆脱了李、郭的控制，逃往弘农，进驻安邑。又辗转东行。

196年，时任兖州刺史的曹操迎接刘协入驻洛阳。这时中原地区袁绍和曹操两大势力正进行着频繁的政治和军事斗争。孙策占据了江东，刘表占据了荆州，刘璋割据益州，凉州为韩遂、马腾占有，公孙度盘踞辽东。刘协东还，无疑是一面可利用的旗帜。曹操抢先率军进驻洛阳，取得了“挟天子以令诸侯”的地位。刘协赐曹操节钺，标志着了曹操“奉天子以令不臣”时代的开始。

随后曹操胁持刘协迁都到许，改称许都。但刘协依然是一个没有实权的皇帝。曹操虽然利用刘协来试图实现他统一中国的目的，却不敢直接取代他而自立为皇帝。

直到220年，魏王曹操去世，世子曹丕继位。曹丕逼迫刘协禅让帝位给他，刘协告祭祖庙，使张音奏玺绶诏册，禅位于曹丕。曹丕在繁阳亭登上受禅坛，接受玉玺，即皇帝位。随即进入许都，改延康元年为黄初元年，国号为魏，追尊曹操为武皇帝，庙号太祖，封刘协为山阳公，允许他在其封地奉汉正朔和服色，建汉宗庙以奉汉祀。曹丕还同时给刘协留了句客气话：“天下的好东西，我跟你可以一起享受。”

远在益州的刘备便以汉室宗亲的身份即皇帝位，追谥刘协为“孝愍皇帝”，刘协还没死就有了谥号。

234年4月21日，刘协寿终正寝，魏明帝曹叡率群臣亲自哭祭。八月壬申，以汉天子礼仪葬于禅陵。谥号为孝献皇帝。