乾隆晚年，各地虽有叛乱，倒一不至于一发不可收拾。嘉庆即位之后，对皇权没有足够的控制的他，艰难的驾驶着清朝这艘大船下滑速度是越来越快。

贻误军机的和琳虽然被处死，然而川楚陕白莲教起义并不因和琳之死而取胜。直到嘉庆五年十二月，皇帝在上中也不得不承认“自邪匪滋事以来，剿办已及五载，总无藏事之时”，“看来年内藏功之说又成虚愿”。“现在各路征兵不下十万，军威不为不盛”，“即如陕西省南山内伍逆余匪，所剩不过二百余人，而官兵现在万余”，“伊等尚得借口于兵力不足”“似此辗转奔逐，年复一年，何时始能剿尽”？

正像他在《蜀中余匪尚未荡平诗志忧闷》中所表述的，“兵能迅速斯能扫，机患因循不患迟”，“将疲士懈皆予罪，宵旰焦愁莫我知”。最让嘉庆牵挂的就是平定白莲教的战事，都过去五个年头了，仍然是师期未了。一份来自河南的奏报令嘉庆兴奋不已，那个掀起吞舟巨浪的刘之协在河南叶县落网。

刘之协在从扶沟逃脱后，一直藏匿在新野一带，东藏西躲，在躲藏六年后，他准备去湖北同那里的白莲教徒联合起来，在行至叶县时被清廷抓获，时为嘉庆五年六月。一个月后刘之协被押至北京处死。

刘之协的伏法的确让嘉庆皇帝出了一口恶气，但清军同白莲教的战争却仍在继续着。“白莲余孽尚纷驰”的局面，并不会因刘之协被处死就能结束。正像嘉庆在《述忧诗二十韵》中所描绘的：

一身承祖业，莅政已五年。

改元兴教匪，由楚及陕川。

倡言贪官逼，过劫肆白莲。

执迷弗悔悟，抢掠如火燃。

哀哉我赤子，亿兆沟渠填。

选将调劲旅，练勇堡筑坚。

三策堵剿抚，羽檄听夕传。

逆首虽屡执，余党自蔓延。

昼伏夜出劫，鬼或狐鼠蜷。

徒劳兵勇力，疲于奔命焉。

此贼何日灭，乎吁扣上天!

这一年年底，嘉庆帝在给军机处大臣的谕令再次谈到“剿办已及五载，总无蒇事之日。近据各路奏报，贼匪仍复东奔西窜，官兵虽随处追击，总不能扼其一路，归并一处，聚而歼洗。看来年内蒇事之说又成虚愿。”

何以同白莲教的战争久拖而不决

有的人认为:“带兵大员及各督抚等仍存此疆彼界之见，只将贼匪驱逼出境即为尽职，并不协力会剿，以致川、楚陕三省窜匪出此入彼，来往自如。即被一路防堵官兵剿杀杀贼无多，而前无拦截，后无迫摄，沿途裹挟，又成大股仍与未经剿杀者无异。”

也有人认为:白莲教在服饰上与平民百姓无异，“良莠难分”，而彼等“生长深山，登峰便捷”，掠食于民，无需转饷，故能转战数省，旋灭旋起

还有人认为:白莲教采用机动灵活的战术“或分或合聚散无常，或往或来，出没无定。使我之兵，日疲于奔命使我之财，日耗于粮饷;使我之民，转徙流亡，不得耕种以为生

上述种种，只是一些表面现象，问题的关键是当今皇帝对局势失去控制能力，无论是对将士，还是对教徒，尽管这是嘉庆不愿承认的。将领的杀良冒功、杀降冒功，已经是公开的秘密，例如四川总督福宁在围剿来风县的旗鼓寨时，有三千被裹挟的难民到清军营地投降，福宁把千余妇女儿童释放后，把剩下的二千余人杀害，竟以“节次擒获贼匪俱随时正法”上报……

虽然嘉庆盼来王廷昭(嘉庆六年初)、高天德(同年四月)、冉天士(同年八月)、樊人杰(嘉庆七年六月)等被歼的捷音，但一支支白莲教的队伍仍然出没在深山老林，虽说是强弩之末，但这“末”还要持续多久？

嘉庆九年九月，最后一支白莲教被消灭的战报终于抵达北京。嘉庆当然清楚为此所付出的沉重代价:

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动用军队十一万七千六百六十二名;使用战马四万二千五百六十三匹(不包括各省所购买的);调拨饷银二亿两，从川楚陕三省调拨的粮食截止到嘉庆七年将近四百万石。

长达九年的战事，使得清帝国库存的粮饷进一步糜费川、楚、陕等省的百姓则长期挣扎在死亡的边缘上。而如何医治战争的创伤、如何恢复饱受摧残的经济以及如何妥善遣返在平定白莲教中立下汗马功劳的乡勇，也都是很棘手的问题。

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