武帝当政期间曾发生过一次内乱，成为巫蛊之乱，因为武帝本人十分排斥巫蛊诅咒这种东西再加上奸臣挑拨，所以才爆发了这次内乱，内乱的焦点和受害者就是当时的太子——戾太子

戾太子逃出京师后，武帝在派人追捕的同时，也没有忘记京师内部的威胁，也就是所谓的太子的党羽。北军使节任安接受了太子的节杖，被认为是怀有二心，司直田仁把太子放走，虽然都是很暧昧的态度，但是对于武帝而言，这两个人不可以留下，于是就杀了。太子的宾客，多被诛杀，有的甚至被族灭。被太子劫掠帮其造反的吏士，都被迁徙到敦煌郡。由于太子尚逃亡在外，武帝又派大量军队屯驻在长安城的各个城门，以防太子回攻长安。对阻止太子造反有功的人，武帝则加官封侯以示奖赏。侍郎弗通因获得反将如侯被封为重合侯;长安男子景建跟随莽通俘获了太于少傅石德，被封为德侯;大鸿胪商丘成通过力战俘获反将张光，被封为程侯。

太子谋反事件发生后，武帝十分愤怒，所以臣下都很恐惧，没有人敢上书为太于中辩，只有一个叫茂的壶关三老向武帝 上书为太子辩白。在奏书中他指出，儿子没有不孝顺的，但做父亲的却不一定能察觉到。戾太子是嗣君，以后将会承继大统。他是皇帝的亲儿子，又肩负社稷之重，没有必要造反。而江充只是一介布衣，天子擢升他并加以重用，使他得以借天子的力量造饰奸诈，逼迫太子，所以父子亲情竟被隔绝。太子上不能自告于天子，下又被乱臣所用，内心的冤屈无处诉说,才心起忿恨杀掉了江充，又因为无以自白而恐惧、逃跑。儿子盗用父亲的军队来救难自免,不会有什么其他的邪心。所以，他劝武帝早罢追捕太子的甲兵，不要让太子在外流亡太久。这封书上奏之后，武帝稍有感悟。

戾太子逃出京师之后，向东跑到湖(今河南阒乡县)，藏在泉鸠里一一个贫苦人家里。主人对他特别好，靠卖鞋换钱供养他。太子有一个故人也在湖，他听说此人家里比较富足，就想求得这人的帮助，派人去和这人联系。这样_来，太子的身份和行藏都暴露了，追捕太子的官兵闻风而至，包围了那户贫民的房子。看到追兵人数众多，太子觉得无论如何都逃不过这一一劫了，一下狠心，他就进到里屋想上吊自杀。有一个男丁见太子自寻短见，心中大惊，于是赶紧打破窗户跳进去把太子救下来，新安令史李寿也在同时赶紧跑进去把太子抱住解下来。太子虽被此二人解救，无奈官兵人数众多，且手持兵刃，在搏斗中还是死于非命，与太子在一起的两个皇孙也都遇害。在戾太子遇害的同时，他的母亲、妻子、儿子、女儿及其家人也几乎全部遇害。卫氏的势利，经过这次打击，从此一蹶不振，再也构不成威胁。

戾太子的家人还有一个孙子活着，名刘洵，巫蛊之祸时才几个月大，所以并没有选择杀死，也算是人性化的一点吧，虽然在襁褓之中，但也被收系在郡邸狱中。当时，邴吉为廷尉监，在郡邸治理巫蛊之事。他可怜曾皇孙无辜，就派人哺养，又帮他躲过后元二年(前87年)武帝所派使者的掩杀，而把他送到其祖母史良娣娘家抚养。

卫氏被灭，武帝虽然除去一块心病，但失子却使他感到无限悲苦，所以当太子被杀的消息传到京师后，他为了表示追悔，而把李寿封为邗侯，把张富昌封为题侯，以嘉奖他们抢救太子之功。几年之后，人们已大都不再相信太子真有巫蛊之事，车千秋也上书为太子申辩。趁此之机，武帝开始笼络人心，并悄悄把矛头又指向李氏一族。 他族灭了江充全家，又把苏文烧死在横桥上。在泉鸠里围困太子时曾用兵刃砍死太子的那个人，一开始做了北地太守,此时也被灭族。不仅如此，他还建造了一座思子宫，并在湖建造了归来望思之台。天下的人听到这些事情，没有不为太子感伤落泪的。

同时，武帝又暗中密切观察李氏的动静。戾太子因巫蛊之事遇害时，李氏一门不仅袖手旁观，而且，作为丞相的刘屈整还在天子玺书的护卫下，光明正大的对太子和卫氏进行剿灭。卫氏一倒，太子的位置又出现空缺，李氏认为有机可乘，就加紧了活动。征和三年(前90年)，贰师将军李广利将带兵攻打何奴，出发时，丞相刘屈警去送他。到渭桥的时候,刘屈警设宴饯行，与本广利告别。酒席宴中，李广利希望刘屈警能早日请求武帝立昌邑王为太子。这样，以后昌邑王即帝位，李氏一族将无后顾之忧。刘屈警许诺一定尽力早办。

武帝在戾太子事变中早就对刘屈鼇心生不满，正愁没有借口,刘屈整却自己送上门来。有一个内者令郭穰对李氏心怀不满，他仔细揣摩了武帝的心意，就在武帝面前告发刘屈氅的夫人因丈夫多次被天子谴责，心生歹意，暗地里指使巫人进行祭祀，诅咒天子，并且言语恶劣。他还告发刘屈整与李广利为使昌邑王继位为帝而共同商议祷祀的事。武帝闻听此言，立即让有司严查此案，最后治了刘届警个大逆不道的罪名,并下诏用装食物的车辆押解刘屈整游街示众，在东市腰斩,刘屈整的妻子则在华阳街被杀头。李广利的妻儿老小也被收捕，单等李广利回来一同治罪。正在前线作战的李广利听到这个消息，自觉回来也难免一死， 就投降了匈奴。这更激怒了武帝，武帝就把他的整个宗族都杀光了。

这样，武帝时期最大的两支外戚力量都被消灭了。但事情并没有结束，在立谁为太子这个问题，长时间内都有纷争出现。