明万历三十八年（1610年），58岁的耶稣会士利玛窦在北京病逝。万历皇帝破例将阜成门外二里沟的一处官地赐给他作为墓地。从此这个叫做滕公栅栏的默默无闻之处，成为北京最古老的天主教墓地，先后有数百位西方传教士长眠在这里。

作为明朝二百多年来第一位葬于京郊的外国人，利玛窦的墓地也是中国第一座基督教墓地。《帝京景物略》里这样描述这座别具一格的坟茔：“其坎封也，异中国，封下方而上圜，方若台圯，圆若断木。后虚堂六角，所供纵横十字文。后缘不雕篆而旋纹。”文字毕竟抽象，下面这幅1874年的写生图和1900年前的老照片，清晰地为我们展现了这座中西合璧墓葬的在十九世纪下半叶的风貌。

此后越来越多的传教士被安葬在利玛窦和汤若望的墓前，最终使东、西两片墓地连为一体。这其中就包括著名的宫廷画师，也是圆明园西洋楼的设计者郎世宁。截至1900年，栅栏墓地里已有近百座坟墓，其中74座是耶稣会士墓。通过上面这张照片，我们不难想象当时的景象。

1900年6月义和团进入栅栏墓地，平毁墓碑，挖开墓穴，战争结束后清政府出资一万两白银重修栅栏墓地。在散落于墓地的众多墓碑中，利玛窦、汤若望、南怀仁、徐日升、龙华民、索智能等六位西方传教士的墓碑被集中起来树立，并且加砌灰砖边框用以保护。从上面这张利玛窦墓碑的老照片里，可以看到在墓碑和砖框之间增加了石雕玫瑰花边，极富西方艺术色彩。

道光十八年（1838年），一起地方仇教事件使正福寺墓地首度遭劫。一位名叫孔山林的教徒从山西运送宗教物品到北京，在途中被巡捕扣留，收货人是正福寺的看守人图老五。经过五个月的清查和审讯，他们和另外几个教徒以勾结洋人罪被流放，正福寺则被查抄充公。十字架和墓碑被推倒，墓地沦为废墟。

栅栏墓地重修时，石门也得到了修缮，补齐了右侧的石檐和顶端的火焰宝珠与云板，作为墓地南面的大门。门框中间的门扇常年关闭，两侧另有旁门供人们通行。新修建的诸圣堂恰好位于门内，因此教堂又名石门教堂，墓地也被称为石门墓地。